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- PDB-7anm: Nudaurelia capensis omega virus capsid: virus-like particles expr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7anm
タイトルNudaurelia capensis omega virus capsid: virus-like particles expressed in Nicotiana benthamiana
要素(p70) x 2
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / ICOSAHEDRAL VIRUS / AUTO-CATALYTIC CLEAVAGE / VIRUS MATURATION / TRANSIENT EXPRESSION
機能・相同性Peptidase N2 / Peptidase family A21 / Viral coat protein subunit / p70
機能・相同性情報
生物種Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Castells-Graells, R. / Ribeiro, J.R.S. / Domitrovic, T. / Hesketh, E.L. / Scarff, C.A. / Johnson, J.E. / Ranson, N.A. / Lawson, D.M. / Lomonossoff, G.P.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9794 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L014130/1 英国
John Innes FoundationNone 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Plant-expressed virus-like particles reveal the intricate maturation process of a eukaryotic virus.
著者: Roger Castells-Graells / Jonas R S Ribeiro / Tatiana Domitrovic / Emma L Hesketh / Charlotte A Scarff / John E Johnson / Neil A Ranson / David M Lawson / George P Lomonossoff /
要旨: Many virus capsids undergo exquisitely choreographed maturation processes in their host cells to produce infectious virions, and these remain poorly understood. As a tool for studying virus ...Many virus capsids undergo exquisitely choreographed maturation processes in their host cells to produce infectious virions, and these remain poorly understood. As a tool for studying virus maturation, we transiently expressed the capsid protein of the insect virus Nudaurelia capensis omega virus (NωV) in Nicotiana benthamiana and were able to purify both immature procapsids and mature capsids from infiltrated leaves by varying the expression time. Cryo-EM analysis of the plant-produced procapsids and mature capsids to 6.6 Å and 2.7 Å resolution, respectively, reveals that in addition to large scale rigid body motions, internal regions of the subunits are extensively remodelled during maturation, creating the active site required for autocatalytic cleavage and infectivity. The mature particles are biologically active in terms of their ability to lyse membranes and have a structure that is essentially identical to authentic virus. The ability to faithfully recapitulate and visualize a complex maturation process in plants, including the autocatalytic cleavage of the capsid protein, has revealed a ~30 Å translation-rotation of the subunits during maturation as well as conformational rearrangements in the N and C-terminal helical regions of each subunit.
履歴
登録2020年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11830
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11830
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p70
aa: p70
B: p70
bb: p70
C: p70
cc: p70
D: p70
dd: p70


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,6408
ポリマ－279,6408
非ポリマー00
水00
1
A: p70
aa: p70
B: p70
bb: p70
C: p70
cc: p70
D: p70
dd: p70
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,778,383480
ポリマ－16,778,383480
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質
p70


分子量: 62094.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: There is an autocatalytic cleavage between Asn570 and Phe571. Terminal oxygen has been added to Asn570. There is an autocatalytic cleavage between Asn570 and Phe571. Terminal oxygen has been added to Asn570.
由来: (組換発現) Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: Q4TVS9
#2: タンパク質
p70


分子量: 7815.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: There is an autocatalytic cleavage between Asn570 and Phe571. Terminal oxygen has been added to Asn570. There is an autocatalytic cleavage between Asn570 and Phe571. Terminal oxygen has been added to Asn570.
由来: (組換発現) Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: Q4TVS9
構成要素の詳細There is an autocatalytic cleavage between Asn570 and Phe571. Terminal oxygen has been added to ...There is an autocatalytic cleavage between Asn570 and Phe571. Terminal oxygen has been added to Asn570. There is an autocatalytic cleavage between Asn570 and Phe571. Terminal oxygen has been added to Asn570.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nudaurelia capensis omega virus / タイプ: VIRUS
詳細: The codon-optimized sequence was transiently expressed in Nicotiana benthamiana
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 16.76 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 細胞: leaf tissue / プラスミド: pEAQ-HT
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Gonimbrasia cytherea
ウイルス殻名称: coat / 直径: 420 nm / 三角数 (T数): 4
緩衝液pH: 5 / 詳細: NULL
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: NULL
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 79.5 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2788 / 詳細: NULL

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION2.1粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
8Coot0.9モデルフィッティング
10PHENIX1.18.2モデル精密化
11RELION2.1初期オイラー角割当
12RELION2.1最終オイラー角割当
13RELION2.1分類
14RELION2.1３次元再構成
画像処理詳細: NULL
CTF補正詳細: NULL / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21395 / 詳細: NULL / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 18.9 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient / 詳細: NULL
原子モデル構築PDB-ID: 1OHF

1ohf


Accession code: 1OHF / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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