PDB-7anb: A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7anb

タイトル

A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-glycans and intestinal colonization by a symbiotic human gut bacterium (BT1622-S1_20)

要素

N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate sulfatase / mucin / microbiome / bacteroides

機能・相同性

: / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / hydrolase activity / metal ion binding / N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Sofia de Jesus Vaz Luis, A. / Basle, A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A single sulfatase is required to access colonic mucin by a gut bacterium.
著者: Luis, A.S. / Jin, C. / Pereira, G.V. / Glowacki, R.W.P. / Gugel, S.R. / Singh, S. / Byrne, D.P. / Pudlo, N.A. / London, J.A. / Basle, A. / Reihill, M. / Oscarson, S. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. ...

履歴

登録	2020年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月3日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_database_proc
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7anb.cif.gz	363.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7anb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7anb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7anb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7allC 7an1C 7anaC 7oqdC 7ani C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7anb-2 3mq3-d 7oqd-d 1r5h-d 3fdh-d 4mru-2 2w6n-1 1fag-3 4mv4-d 4h24-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

BBB: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.268, 81.268, 383.735
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 26 - 500 / Label seq-ID: 29 - 503

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	N-acetylgalactosamine-6-sulfatase 分子量: 56825.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_1622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A7A3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M Sodium citrate, 25 mg/ml BT1622 and 10 mM LacNAc.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→96.118 Å / Num. obs: 40144 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.71 Å / Num. unique obs: 4376 / CC_1/2: 0.344

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: BT1624

解像度: 2.6→95.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 32.844 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.586 / ESU R Free: 0.292 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2448	1975	4.936 %
R_work	0.2187	38040	-
all	0.22	-	-
obs	-	40015	97.614 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.279 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.003 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→95.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7570	0	24	29	7623

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	7815
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.654	10600
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.129	1.58	16297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.398	5	948
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.258	22.736	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.265	15	1244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.037	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1862
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	6799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	3701
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3356
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.179	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.379	2.133	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.379	2.132	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.672	3.198	4744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.672	3.199	4745
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.32	2.166	4017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.32	2.166	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.572	3.23	5856
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.572	3.231	5857
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.879	24.426	8578
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.875	24.422	8578
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.049	0.05	16425

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04875	0.0501
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04875	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.667	0.358	143	0.38	2700	X-RAY DIFFRACTION	96.3402
2.667-2.741	0.395	151	0.362	2614	X-RAY DIFFRACTION	95.148
2.741-2.82	0.398	129	0.335	2602	X-RAY DIFFRACTION	97.3966
2.82-2.907	0.314	125	0.312	2520	X-RAY DIFFRACTION	96.4976
2.907-3.002	0.294	140	0.303	2394	X-RAY DIFFRACTION	96.0576
3.002-3.107	0.309	120	0.282	2343	X-RAY DIFFRACTION	95.4651
3.107-3.225	0.352	116	0.257	2281	X-RAY DIFFRACTION	96.42
3.225-3.356	0.259	112	0.246	2175	X-RAY DIFFRACTION	95.6104
3.356-3.506	0.251	116	0.218	2128	X-RAY DIFFRACTION	96.6408
3.506-3.677	0.235	111	0.2	2061	X-RAY DIFFRACTION	98.2805
3.677-3.876	0.23	102	0.194	2018	X-RAY DIFFRACTION	99.6241
3.876-4.111	0.192	125	0.181	1869	X-RAY DIFFRACTION	99.8498
4.111-4.394	0.194	92	0.169	1785	X-RAY DIFFRACTION	100
4.394-4.747	0.159	85	0.146	1699	X-RAY DIFFRACTION	99.888
4.747-5.199	0.192	73	0.161	1581	X-RAY DIFFRACTION	100
5.199-5.813	0.22	72	0.179	1441	X-RAY DIFFRACTION	100
5.813-6.712	0.233	53	0.186	1284	X-RAY DIFFRACTION	100
6.712-8.22	0.211	46	0.186	1119	X-RAY DIFFRACTION	100
8.22-11.622	0.194	42	0.166	883	X-RAY DIFFRACTION	100
11.622-95.93	0.25	22	0.292	543	X-RAY DIFFRACTION	99.4718

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2776	0.3899	1.2107	1.1503	0.1201	2.1168	0.0583	0.3512	-0.1817	-0.1517	0.0428	-0.203	0.1249	0.3457	-0.1011	0.5206	0.0684	-0.0283	0.5284	0.0067	0.094	11.5657	-28.6424	-0.2226
2	2.0503	0.2655	-0.5941	2.2466	-0.4373	1.5135	-0.0001	0.0029	-0.0539	0.0509	0.1032	0.0259	-0.1456	-0.0894	-0.1031	0.4235	0.0237	-0.0559	0.3365	0.0068	0.0233	-24.1615	-28.3352	-38.2511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	26 - 500
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	601
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	602
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	26 - 500
5	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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