PDB-7ana: A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ana

タイトル

A single sulfatase is required for metabolism of colonic mucin O-glycans and intestinal colonization by a symbiotic human gut bacterium (BT1622-S1_20)

要素

N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate sulfatase / mucin / microbiome / bacteroides

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sofia de Jesus Vaz Luis, A. / Basle, A. / Martens, E.C. / Cartmell, A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A single sulfatase is required to access colonic mucin by a gut bacterium.
著者: Luis, A.S. / Jin, C. / Pereira, G.V. / Glowacki, R.W.P. / Gugel, S.R. / Singh, S. / Byrne, D.P. / Pudlo, N.A. / London, J.A. / Basle, A. / Reihill, M. / Oscarson, S. / Eyers, P.A. / Czjzek, M. ...

履歴

登録	2020年10月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / refine / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ana.cif.gz	372.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ana.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ana.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ana_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ana_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7ana_validation.xml.gz	34.8 KB	表示
CIF形式データ	7ana_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7ana ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/7ana	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7allC 7an1C 7anbC 7oqdC 7ani 7pv0 7pv1 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7anb-2 4mru-2 7anb-1 6gmo-1 5od2-3 6s20-d 6htt-2 3pnt-2 7ana-2 5u2b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

BBB: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: N-acetylgalactosamine-6-sulfatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.246, 83.246, 390.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 26 - 500 / Label seq-ID: 29 - 503

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	N-acetylgalactosamine-6-sulfatase 分子量: 56825.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 遺伝子: BT_1622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A7A3

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 糖

ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 糖

ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 170分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.66 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20 % PEG 3350, 0.2 M sodium citrate 30 mg/ml BT1622 with 100 mM GalNAc.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→70.221 Å / Num. obs: 62514 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / Num. unique obs: 4532 / CC_1/2: 0.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: BT1624

解像度: 2.3→70.221 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.227 / WR_factor R_work: 0.208 / SU B: 14.473 / SU ML: 0.167 / Average fsc free: 0.9133 / Average fsc work: 0.9177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2347	3080	4.932 %
R_work	0.2111	59372	-
all	0.212	-	-
obs	-	62452	99.898 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.047 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.07 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.141 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→70.221 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7570	0	51	167	7788

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	7858
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	7086
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.349	1.662	10664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.162	1.588	16389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.074	5	950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.647	22.676	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.117	15	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.828	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9026
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	6577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.905	3.146	3803
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.905	3.145	3802
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.492	4.717	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.492	4.717	4753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.004	3.239	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.004	3.239	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.673	4.81	5912
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.673	4.81	5913
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.513	35.835	8537
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.509	35.789	8527
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.05	0.05	16368

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05041	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05041	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.306	213	0.289	4314	X-RAY DIFFRACTION	99.9338
2.36-2.424	0.275	215	0.28	4167	X-RAY DIFFRACTION	99.8405
2.424-2.495	0.301	217	0.279	4089	X-RAY DIFFRACTION	99.9072
2.495-2.571	0.297	197	0.259	3993	X-RAY DIFFRACTION	99.857
2.571-2.656	0.256	203	0.242	3842	X-RAY DIFFRACTION	99.9506
2.656-2.749	0.253	193	0.23	3743	X-RAY DIFFRACTION	99.9238
2.749-2.853	0.251	194	0.224	3613	X-RAY DIFFRACTION	99.8165
2.853-2.969	0.271	187	0.226	3479	X-RAY DIFFRACTION	99.891
2.969-3.101	0.258	192	0.233	3354	X-RAY DIFFRACTION	99.9155
3.101-3.253	0.246	178	0.239	3161	X-RAY DIFFRACTION	99.9401
3.253-3.429	0.252	159	0.23	3060	X-RAY DIFFRACTION	99.9379
3.429-3.637	0.236	137	0.227	2934	X-RAY DIFFRACTION	99.9349
3.637-3.888	0.244	130	0.207	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.8957
3.888-4.199	0.209	140	0.18	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.199-4.6	0.218	122	0.162	2374	X-RAY DIFFRACTION	99.9199
4.6-5.143	0.184	122	0.159	2160	X-RAY DIFFRACTION	99.9124
5.143-5.938	0.216	91	0.182	1955	X-RAY DIFFRACTION	99.9511
5.938-7.272	0.202	77	0.198	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
7.272-10.283	0.165	70	0.177	1343	X-RAY DIFFRACTION	99.9293
10.283-70.221	0.29	43	0.271	801	X-RAY DIFFRACTION	98.829

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1007	0.5704	2.0118	1.0055	0.6286	3.1417	0.0896	0.5094	-0.2392	-0.2579	0.1511	-0.2482	0.161	0.8056	-0.2407	0.319	0.0777	-0.006	0.5063	-0.0485	0.0824	7.4878	-33.1266	0.2635
2	1.2728	-0.1002	-0.2491	1.8379	-0.0438	1.7609	-0.0502	-0.0555	-0.0321	-0.0305	0.0925	0.1084	-0.1621	-0.0747	-0.0424	0.2598	0.0234	-0.0485	0.019	0.0058	0.0195	-25.4473	-35.9183	-40.2112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	26 - 500
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AaA	601
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	26 - 500
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BaB	601

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-
糖 , 2種, 3分子

-
非ポリマー , 3種, 170分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-糖 , 2種, 3分子

-非ポリマー , 3種, 170分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-
糖 , 2種, 3分子

-
非ポリマー , 3種, 170分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)