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- PDB-7an4: MlghB, GDP-mannoheptose C3,5 epimerase from Campylobacter jejuni ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7an4
タイトルMlghB, GDP-mannoheptose C3,5 epimerase from Campylobacter jejuni complex with GDP-mannose
要素Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / epimerise / sugar nucleotide / cupin fold / enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Naismith, J.H. / Woodward, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust100209/Z/12/Z) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MghlB with GDP
著者: Naismith, J.H. / Woodward, L.
履歴
登録2020年10月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
B: Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
C: Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
D: Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7468
ポリマ－84,9734
非ポリマー1,7734
水1448
1
A: Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
B: Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3734
ポリマ－42,4862
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4980 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15570 Å2
手法PISA
2
D: Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子

C: Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3734
ポリマ－42,4862
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.350, 121.880, 154.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA2 - 1764 - 178
21ALAALABB2 - 1764 - 178
12METMETAA1 - 1763 - 178
22METMETCC1 - 1763 - 178
13ALAALAAA2 - 1764 - 178
23ALAALADD2 - 1764 - 178
14ALAALABB2 - 1764 - 178
24ALAALACC2 - 1764 - 178
15ALAALABB2 - 1764 - 178
25ALAALADD2 - 1764 - 178
16ALAALACC2 - 1764 - 178
26ALAALADD2 - 1764 - 178

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase / dTDP-4-keto-6-deoxyglucose 3 / dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3


分子量: 21243.232 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: A0Z41_07375, A4277_09450, B4O43_09685, B7M65_03490, BGG25_09075, BM409_09635, BM444_09010, BM513_08715, BSK70_08235, BSO22_09160, BZL95_08990, C1418_09190, CLC11_09605, CUT57_09155, D6H09_ ...遺伝子: A0Z41_07375, A4277_09450, B4O43_09685, B7M65_03490, BGG25_09075, BM409_09635, BM444_09010, BM513_08715, BSK70_08235, BSO22_09160, BZL95_08990, C1418_09190, CLC11_09605, CUT57_09155, D6H09_04530, DDO06_09345, DDV78_09325, DMN69_08700, DNA92_09015, DUY83_08160, DYU98_09455, E7P31_08690, E7R39_08745, EID41_09365, F0020_07730, F0E95_08655, F0F84_08705, F0F98_08535, F0G47_08120, F0G48_09050, F0N28_08120, F1N65_08765, F1O83_08575, F6069_09535, F7J52_08685, F7N67_09750, F9736_08800, FJ686_08855, FLI41_08630, FLR61_08490, FM724_09165, FNQ00_09015, FNW64_09490, FQX08_09165, FR479_08460, FVI37_08595, FVM38_08185, FVM79_08160, FVN10_08670, FVY82_08610, FVZ89_08655, FW037_08340, FW114_08530, FW212_08130, FW254_07800, FW615_08225, FW631_08740, FW892_08160, FW922_08210, FWA46_08455, FWB30_08765, FWZ78_00520, FXA21_08555, FXA45_08490, FY829_09115, FZJ28_08750, FZV74_08235, GAU91_08625, GAX51_09520, GCY42_03565, GI147_08930, GI310_08945, GLM94_08700, GPY87_09225, GQ373_08515, GS576_08280, GSX00_06480, GTI33_08365, GTQ72_08215, GV351_09030, GWW43_07680, GXS63_001730, GZD67_001691, VQ12_003125
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2U0QM91, UniProt: Q0P8I4*PLUS, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 31.05 % (w/v) PEG 1500, 0.25 M sodium-potassium phosphate, 3.83 % (v/v) 1,4-dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→56.7 Å / Num. obs: 23972 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1611 / CC1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DZR

1dzr


解像度: 2.6→56.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 11.204 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 5.581 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 1263 5 %RANDOM
Rwork0.2108 ---
obs0.212 23972 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.81 Å2 / Biso mean: 26.456 Å2 / Biso min: 8.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å20 Å2
2--1.78 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→56.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5858 0 112 8 5978
Biso mean--47.15 15.63 -
残基数----708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.978362
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.326313116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0715704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2524.247292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.959151038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021440
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A208040.1
12B208040.1
21A215980.08
22C215980.08
31A213760.08
32D213760.08
41B211200.09
42C211200.09
51B213280.08
52D213280.08
61C216680.07
62D216680.07
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.669 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 90 -
Rwork0.294 1613 -
all-1703 -
obs--91.66 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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