PDB-7amg: IL-17A in complex with small molecule modulators

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7amg

タイトル

IL-17A in complex with small molecule modulators

要素

Interleukin-17A

キーワード

IMMUNE SYSTEM / interleukin IL-17A inhibitor receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to wounding / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.18 Å

データ登録者

Hakansson, M. / Kimbung, R. / Logan, D. / Walse, U.B. / de Groot, M.J. / Andrews, M.D. / Dack, K.N. / Lambert, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of an Oral, Rule of 5 Compliant, Interleukin 17A Protein-Protein Interaction Modulator for the Potential Treatment of Psoriasis and Other Inflammatory Diseases.
著者: Andrews, M.D. / Dack, K.N. / de Groot, M.J. / Lambert, M. / Sennbro, C.J. / Larsen, M. / Stahlhut, M.

履歴

登録	2020年10月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7amg.cif.gz	167.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7amg.ent.gz	133.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7amg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7amg_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7amg_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7amg_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	7amg_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/7amg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/7amg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7amaC 4hr9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-17A

B: Interleukin-17A

C: Interleukin-17A

D: Interleukin-17A

ヘテロ分子

52.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Interleukin-17A

B: Interleukin-17A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Interleukin-17A

D: Interleukin-17A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.006, 119.043, 54.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.54, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 19 - 127 / Label seq-ID: 1 - 109

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Interleukin-17A / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8 分子量: 12657.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q16552
#2: 化合物	ChemComp-RMQ / (3~{R})-4-[4-[[(2~{S})-2-[[2,2-bis(fluoranyl)-2-phenyl-ethanoyl]amino]-3-(2-chlorophenyl)propanoyl]amino]phenyl]-3-[[(2~{S})-3-methyl-2-[2-[2-[(2-methylpropan-2-yl)oxycarbonylamino]ethoxy]ethanoylamino]butanoyl]amino]butanoic acid 分子量: 830.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₅₀ClF₂N₅O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 10000, isopropanol, sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.18→28.87 Å / Num. obs: 17232 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 3.18→3.4 Å / R_merge(I) obs: 1.184 / Num. unique obs: 2973 / CC_1/2: 0.338

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4HR9

4hr9

解像度: 3.18→28.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 37.808 / SU ML: 0.286 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.762 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22704	795	4.6 %	RANDOM
R_work	0.20351	-	-	-
obs	0.20461	16355	97.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 108.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	0 Å²	-0.47 Å²
2-	-	1.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.18→28.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	116	10	3435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	3356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.042	1.974	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.596	3.005	7584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.567	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.582	22.989	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.063	15	555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.772	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	873
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.503	8.138	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.487	8.139	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.494	12.18	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.493	12.182	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.86	9.095	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.858	9.095	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.044	13.365	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	17.146	78.728	13304
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	17.147	78.728	13303
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5070	0.17
1	2	B	5070	0.17
2	1	A	5107	0.16
2	2	C	5107	0.16
3	1	A	5139	0.17
3	2	D	5139	0.17
4	1	B	5359	0.13
4	2	C	5359	0.13
5	1	B	5163	0.16
5	2	D	5163	0.16
6	1	C	5096	0.17
6	2	D	5096	0.17

LS精密化シェル

解像度: 3.184→3.265 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.415	47	-
R_work	0.362	961	-
obs	-	-	80.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7318	3.1185	0.9427	5.2004	3.223	3.2118	-0.1387	0.1362	0.3284	-0.1312	-0.0724	0.4591	0.0176	-0.3659	0.2111	0.2444	0.0163	-0.0598	0.2555	0.0678	0.176	-18.141	-14.648	3.658
2	3.6926	-3.8517	1.6887	5.382	-2.6869	2.1559	-0.0913	-0.4023	0.0046	0.1983	0.2938	0.1558	-0.1621	-0.2199	-0.2024	0.0995	0.1257	0.0401	0.2397	0.0464	0.0921	-36.842	7.901	24.939

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 500
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	19 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	19 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	19 - 500

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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