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万見
- PDB-7al2: Cell division protein SepF from Methanobrevibacter smithii in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7al2
タイトルCell division protein SepF from Methanobrevibacter smithii in complex with FtsZ-CTD
要素
  • Cell division protein FtsZ
  • Cell division protein SepF
キーワードCELL CYCLE / FtsZ-binding protein Membrane-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division protein SepF/SepF-related / SepF-like superfamily / Cell division protein SepF / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ ...Cell division protein SepF/SepF-related / SepF-like superfamily / Cell division protein SepF / Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein SepF / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Methanobrevibacter smithii (古細菌)
Methanobrevibacter smithii DSM 2375 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Sogues, A. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0017 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: SepF is the FtsZ anchor in archaea, with features of an ancestral cell division system.
著者: Pende, N. / Sogues, A. / Megrian, D. / Sartori-Rupp, A. / England, P. / Palabikyan, H. / Rittmann, S.K.R. / Grana, M. / Wehenkel, A.M. / Alzari, P.M. / Gribaldo, S.
履歴
登録2020年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein SepF
B: Cell division protein FtsZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0342
ポリマ－12,0342
非ポリマー00
水00
1
A: Cell division protein SepF
B: Cell division protein FtsZ

A: Cell division protein SepF
B: Cell division protein FtsZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0684
ポリマ－24,0684
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area4750 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.847, 64.847, 107.924
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein SepF


分子量: 10851.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanobrevibacter smithii (strain ATCC 35061 / DSM 861 / OCM 144 / PS) (古細菌)
株: ATCC 35061 / DSM 861 / OCM 144 / PS / 遺伝子: Msm_0406 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5UK83
#2: タンパク質・ペプチド Cell division protein FtsZ


分子量: 1182.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Methanobrevibacter smithii DSM 2375 (古細菌)
参照: UniProt: B9AGF7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 30% PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→38.91 Å / Num. obs: 3807 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 493

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AL1

7al1


解像度: 2.701→38.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.601 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.733 / SU Rfree Blow DPI: 0.317 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.31
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2546 181 -RANDOM
Rwork0.2292 ---
obs0.2305 3806 94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.0585 Å20 Å20 Å2
2---9.0585 Å20 Å2
3---18.117 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→38.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数746 0 0 0 746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.008754HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.021015HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d277SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes126HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it754HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion103SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact574SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.3
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.81 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 24 -
Rwork0.2228 --
obs--95.42 %
精密化 TLSOrigin x: 21.3515 Å / Origin y: -14.3187 Å / Origin z: 1.8725 Å
111213212223313233
T-0.1901 Å2-0.0114 Å2-0.0283 Å2--0.1825 Å2-0.0611 Å2---0.2923 Å2
L2.8126 °20.6224 °2-0.5347 °2-5.5861 °2-1.8769 °2--9.0063 °2
S-0.1198 Å °0.0221 Å °-0.3857 Å °0.0221 Å °0.0025 Å °-0.4482 Å °-0.3857 Å °-0.4482 Å °0.1173 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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