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万見
- PDB-7akz: Deciphering the role of the channel constrictions in the opening ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7akz
タイトルDeciphering the role of the channel constrictions in the opening mechanism of MexAB-OprM efflux pump from Pseudomonas aeruginosa
要素Outer membrane protein OprM
キーワードTRANSLOCASE / Efflux pump / Antibiotic resistance / TolC-like / Channel.
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / transmembrane transport / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Outer membrane protein OprM
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ntsogo Enguene, V.Y. / Monlezun, L. / Ma, M. / Garnier, C. / Lascombe, M.B. / Salem, M. / Guenard, S. / Plesiat, P. / Llanes, C. / Phan, G. / Broutin, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Deciphering the role of the channel constrictions in the opening mechanism of MexAB-OprM efflux pump from Pseudomonas aeruginosa
著者: Ntsogo Enguene, V.Y. / Monlezun, L. / Ma, M. / Garnier, C. / Lascombe, M.B. / Salem, M. / Guenard, S. / Plesiat, P. / Llanes, C. / Phan, G. / Broutin, I.
履歴
登録2020年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein OprM
B: Outer membrane protein OprM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,1166
ポリマ－102,9832
非ポリマー1,1344
水00
1
A: Outer membrane protein OprM
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein OprM
ヘテロ分子

A: Outer membrane protein OprM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,87515
ポリマ－154,4743
非ポリマー3,40112
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18890 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area61240 Å2
手法PISA
2
B: Outer membrane protein OprM

B: Outer membrane protein OprM

B: Outer membrane protein OprM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,4743
ポリマ－154,4743
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area15500 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area60190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.059, 86.059, 1049.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein OprM


分子量: 51491.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: oprM, oprK, PA0427 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51487
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, magnesium chloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→100 Å / Num. obs: 195912 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.97 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Net I/σ(I): 7.59
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 11999

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D5K

3d5k


解像度: 3.2→49.99 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3184 1275 4.99 %
Rwork0.2705 24288 -
obs0.2729 25563 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.51 Å2 / Biso mean: 96.5424 Å2 / Biso min: 36.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6940 0 65 0 7005
Biso mean--81.36 --
残基数----908
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.330.40411310.37226692800100
3.33-3.480.36931290.330326642793100
3.48-3.660.38671450.293126552800100
3.66-3.890.33991360.269827142850100
3.89-4.190.30121270.26122680280799
4.19-4.610.29091390.24062687282699
4.61-5.280.2951430.2242716285999
5.28-6.650.30721710.27672696286798
6.65-49.990.30781540.27152807296195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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