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- PDB-7akk: Structure of a complement factor-receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7akk
タイトルStructure of a complement factor-receptor complex
要素
  • Complement C3 beta chain
  • Complement C3b alpha' chain
  • Integrin alpha-M
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunology / Complement / iC3b / Integrin / CR3
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex ...ectodermal cell differentiation / response to curcumin / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / negative regulation of dopamine metabolic process / Alternative complement activation / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / complement receptor mediated signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement activation / complement activation, alternative pathway / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / cargo receptor activity / endopeptidase inhibitor activity / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Integrin cell surface interactions / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / specific granule membrane / response to mechanical stimulus / forebrain development / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of superoxide anion generation / Regulation of Complement cascade / cell-matrix adhesion / response to ischemia / fatty acid metabolic process / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / microglial cell activation / cell-cell adhesion / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / positive regulation of protein phosphorylation / G alpha (i) signalling events / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / secretory granule lumen / blood microparticle / cell adhesion / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Complement C3 / Integrin alpha-M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.395 Å
データ登録者Fernandez, F.J. / Santos-Lopez, J. / Martinez-Barricarte, R. / Querol-Garcia, J. / Navas-Yuste, S. / Savko, M. / Shepard, W.E. / Rodriguez de Cordoba, S. / Vega, M.C.
資金援助 スペイン, 5件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRTI2018-102242-B-I00 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSAF2015-72961-EXP スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSAF2015-66287-R スペイン
Other governmentS2017/BMD-3673 スペイン
Spanish National Research CouncilPIE-201620E064 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of iC3b-CR3 alpha I reveals a modular recognition of the main opsonin iC3b by the CR3 integrin receptor
著者: Fernandez, F.J. / Santos-Lopez, J. / Martinez-Barricarte, R. / Querol-Garcia, J. / Martin-Merinero, H. / Navas-Yuste, S. / Savko, M. / Shepard, W.E. / Rodriguez de Cordoba, S. / Vega, M.C.
履歴
登録2020年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Complement C3 beta chain
A: Complement C3b alpha' chain
D: Integrin alpha-M
C: Complement C3 beta chain
E: Complement C3b alpha' chain
H: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)393,31816
ポリマ－391,3596
非ポリマー1,96010
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Heterodimeric complex iC3b-CR3 alphaI domain.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28030 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area143920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)111.290, 150.730, 111.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 BCAEDH

#1: タンパク質 Complement C3 beta chain


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3b alpha' chain


分子量: 102064.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#3: タンパク質 Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 22221.268 Da / 分子数: 2 / Mutation: C128S,I316G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P11215

-
糖 , 3種, 3分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 28分子

#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 % / 解説: Long needles
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl (pH 8.0), 8% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 8000
PH範囲: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98001 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月21日
放射モノクロメーター: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98001 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.5
反射解像度: 3.34→53.775 Å / Num. obs: 50383 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 105.46 Å2 / CC1/2: 0.973 / CC star: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.338 / Rpim(I) all: 0.209 / Rrim(I) all: 0.398 / Net I/σ(I): 4.03
反射 シェル解像度: 3.39→3.52 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 2.422 / Mean I/σ(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 4854 / CC1/2: 0.167 / CC star: 0.547 / Rpim(I) all: 1.486 / Rrim(I) all: 2.847 / % possible all: 96.71

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSJan 31, 2020 BUILT=20200131データ削減
DIALS3.3データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: wwPDB 2A74/2I07/4M76

2a74

2i07

4m76


解像度: 3.395→53.775 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 20.03 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 2529 5.02 %
Rwork0.1921 47861 -
obs-50383 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 208 Å2 / Biso mean: 112.4737 Å2 / Biso min: 25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.395→53.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23866 0 125 21 24012
Biso mean--124.06 56.8 -
残基数----3006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3954-3.46070.59731290.5844243786
3.4607-3.53130.56871380.5712262395
3.5313-3.60810.56551390.563264395
3.6081-3.6920.5471410.5609267695
3.692-3.78430.55831400.5568266995
3.7843-3.88660.5331400.5416265695
3.8866-4.00090.5291400.5278266895
4.0009-4.130.55361420.5284268295
4.13-4.27750.51961410.5185269195
4.2775-4.44870.53231400.5195265695
4.4487-4.65110.48961400.4929265695
4.6511-4.89610.46461410.4679268095
4.8961-5.20260.43791400.4399266095
5.2026-5.60390.41451420.3901269295
5.6039-6.1670.38441400.3537267095
6.167-7.05750.38051410.3566267795
7.0575-8.88460.39481420.3699269195
8.8846-52.15680.48341440.4539273494
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6922-0.6126-0.42021.00920.19580.6484-0.00150.2514-0.3145-0.5265-0.0421-0.37540.1944-0.10660.02820.7451-0.01450.16940.3164-0.06350.5887116.6696-60.120681.6572
20.233-0.4937-0.13670.7033-0.05260.12880.21370.1654-0.0013-0.3137-0.1590.24310.0018-0.0752-0.01640.5781-0.017-0.09720.4480.05240.748657.4656-17.838681.6967
30.3001-0.14060.00990.82240.18640.550.00990.0121-0.03910.06730.02460.44320.0076-0.2735-0.02560.6439-0.06760.06330.59460.02361.159152.2607-56.6343108.1565
40.33630.2054-0.07120.3413-0.09030.3134-0.10090.1449-0.1669-0.41080.07490.00010.1001-0.1266-0.06641.0447-0.08030.15030.46290.02490.58666.834222.633885.827
50.4771-0.2913-0.39980.84940.2350.75550.02010.23410.11830.4120.05180.3742-0.2316-0.2905-0.11580.69450.03660.13520.30370.02630.667676.1494-15.9545120.6664
60.6678-0.1866-0.1550.6969-0.01090.6671-0.09370.0821-0.208-0.23680.0739-0.1020.04960.0422-0.03920.4299-0.02010.03610.2429-0.02790.3575105.1091-18.862386.7169
70.6123-0.25460.20350.7402-0.04940.34710.17610.2261-0.1405-0.4491-0.0534-0.0150.32550.05850.06131.16680.08670.150.57250.04830.7219106.1318-19.967357.7044
80.4016-0.0749-0.03110.59660.17040.3961-0.1388-0.0363-0.02370.1999-0.0469-0.1761-0.0270.16070.12320.51260.0107-0.06310.4089-0.06040.8505132.1514-23.361699.9614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:2004)A1 - 2004
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 730:2002)B730 - 2002
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1335:1641)C1335 - 1641
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 131:2101)D131 - 2101
5X-RAY DIFFRACTION5(chain E and resseq 1:2005)E1 - 2005
6X-RAY DIFFRACTION6(chain F and resseq 728:2101)F728 - 2101
7X-RAY DIFFRACTION7(chain G and resseq 1335:1641)G1335 - 1641
8X-RAY DIFFRACTION8(chain H and resseq 131:2001)H131 - 2001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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