PDB-7ak8: Structure of Salmonella TacT1 toxin bound to TacA1 antitoxin C-te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ak8

タイトル

Structure of Salmonella TacT1 toxin bound to TacA1 antitoxin C-terminal peptide

要素

GCN5 family acetyltransferase
TacA1 antitoxin peptide

キーワード

TOXIN / Acetyltransferase / antitoxin / GNAT / Salmonella

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Grabe, G.J. / Morgan, R.M.L. / Helaine, S. / Hare, S.A.

資金援助

英国, 4件

組織	認可番号	国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)	MR/M009629/1	英国
European Research Council (ERC)	757369	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/D524840/1	英国
Wellcome Trust	202926/Z/16/Z	英国

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Auxiliary interfaces support the evolution of specific toxin-antitoxin pairing.
著者: Grabe, G.J. / Giorgio, R.T. / Hall, A.M.J. / Morgan, R.M.L. / Dubois, L. / Sisley, T.A. / Rycroft, J.A. / Hare, S.A. / Helaine, S.

履歴

登録	2020年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2021年12月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ak8.cif.gz	250.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ak8.ent.gz	204.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ak8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ak8_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ak8_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	7ak8_validation.xml.gz	43 KB	表示
CIF形式データ	7ak8_validation.cif.gz	60.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7ak8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7ak8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ak7C 7ak9C 5fvjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ak8-2 3jwh-d 1oe6-d 4yqy-d 335 5h2c-d 2f41-d 5zvb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: GCN5 family acetyltransferase

B: GCN5 family acetyltransferase

C: GCN5 family acetyltransferase

D: GCN5 family acetyltransferase

E: GCN5 family acetyltransferase

F: GCN5 family acetyltransferase

G: TacA1 antitoxin peptide

H: TacA1 antitoxin peptide

I: TacA1 antitoxin peptide

J: TacA1 antitoxin peptide

K: TacA1 antitoxin peptide

L: TacA1 antitoxin peptide

ヘテロ分子

140 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GCN5 family acetyltransferase

B: GCN5 family acetyltransferase

G: TacA1 antitoxin peptide

H: TacA1 antitoxin peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 4 ポリマー
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2

C: GCN5 family acetyltransferase

D: GCN5 family acetyltransferase

I: TacA1 antitoxin peptide

J: TacA1 antitoxin peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: GCN5 family acetyltransferase

F: GCN5 family acetyltransferase

K: TacA1 antitoxin peptide

L: TacA1 antitoxin peptide

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.140, 96.140, 120.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	GLN	GLN	A	A	3 - 161	6 - 164
2	1	ARG	ARG	GLN	GLN	B	B	3 - 161	6 - 164
1	2	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	3 - 160	6 - 163
2	2	ARG	ARG	PRO	PRO	C	C	3 - 160	6 - 163
1	3	ARG	ARG	PRO	PRO	A	A	3 - 160	6 - 163
2	3	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	3 - 160	6 - 163
1	4	ARG	ARG	GLN	GLN	A	A	3 - 161	6 - 164
2	4	ARG	ARG	GLN	GLN	E	E	3 - 161	6 - 164
1	5	ARG	ARG	GLN	GLN	A	A	3 - 161	6 - 164
2	5	ARG	ARG	GLN	GLN	F	F	3 - 161	6 - 164
1	6	GLY	GLY	GLN	GLN	B	B	2 - 161	5 - 164
2	6	GLY	GLY	GLN	GLN	C	C	2 - 161	5 - 164
1	7	GLY	GLY	GLN	GLN	B	B	2 - 161	5 - 164
2	7	GLY	GLY	GLN	GLN	D	D	2 - 161	5 - 164
1	8	ARG	ARG	GLN	GLN	B	B	3 - 161	6 - 164
2	8	ARG	ARG	GLN	GLN	E	E	3 - 161	6 - 164
1	9	ARG	ARG	GLN	GLN	B	B	3 - 161	6 - 164
2	9	ARG	ARG	GLN	GLN	F	F	3 - 161	6 - 164
1	10	GLY	GLY	GLN	GLN	C	C	2 - 161	5 - 164
2	10	GLY	GLY	GLN	GLN	D	D	2 - 161	5 - 164
1	11	ARG	ARG	PRO	PRO	C	C	3 - 160	6 - 163
2	11	ARG	ARG	PRO	PRO	E	E	3 - 160	6 - 163
1	12	ARG	ARG	PRO	PRO	C	C	3 - 160	6 - 163
2	12	ARG	ARG	PRO	PRO	F	F	3 - 160	6 - 163
1	13	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	3 - 160	6 - 163
2	13	ARG	ARG	PRO	PRO	E	E	3 - 160	6 - 163
1	14	ARG	ARG	PRO	PRO	D	D	3 - 160	6 - 163
2	14	ARG	ARG	PRO	PRO	F	F	3 - 160	6 - 163
1	15	ARG	ARG	GLN	GLN	E	E	3 - 161	6 - 164
2	15	ARG	ARG	GLN	GLN	F	F	3 - 161	6 - 164
1	16	SER	SER	ASP	ASP	G	G	51 - 87	2 - 38
2	16	SER	SER	ASP	ASP	H	H	51 - 87	2 - 38
1	17	SER	SER	ASP	ASP	G	G	51 - 87	2 - 38
2	17	SER	SER	ASP	ASP	I	I	51 - 87	2 - 38
1	18	SER	SER	TRP	TRP	G	G	51 - 86	2 - 37
2	18	SER	SER	TRP	TRP	J	J	51 - 86	2 - 37
1	19	SER	SER	TRP	TRP	G	G	51 - 86	2 - 37
2	19	SER	SER	TRP	TRP	K	K	51 - 86	2 - 37
1	20	SER	SER	TRP	TRP	G	G	51 - 86	2 - 37
2	20	SER	SER	TRP	TRP	L	L	51 - 86	2 - 37
1	21	GLY	GLY	VAL	VAL	H	H	50 - 88	1 - 39
2	21	GLY	GLY	VAL	VAL	I	I	50 - 88	1 - 39
1	22	GLY	GLY	TRP	TRP	H	H	50 - 86	1 - 37
2	22	GLY	GLY	TRP	TRP	J	J	50 - 86	1 - 37
1	23	SER	SER	TRP	TRP	H	H	51 - 86	2 - 37
2	23	SER	SER	TRP	TRP	K	K	51 - 86	2 - 37
1	24	GLY	GLY	TRP	TRP	H	H	50 - 86	1 - 37
2	24	GLY	GLY	TRP	TRP	L	L	50 - 86	1 - 37
1	25	GLY	GLY	TRP	TRP	I	I	50 - 86	1 - 37
2	25	GLY	GLY	TRP	TRP	J	J	50 - 86	1 - 37
1	26	SER	SER	TRP	TRP	I	I	51 - 86	2 - 37
2	26	SER	SER	TRP	TRP	K	K	51 - 86	2 - 37
1	27	GLY	GLY	TRP	TRP	I	I	50 - 86	1 - 37
2	27	GLY	GLY	TRP	TRP	L	L	50 - 86	1 - 37
1	28	SER	SER	TRP	TRP	J	J	51 - 86	2 - 37
2	28	SER	SER	TRP	TRP	K	K	51 - 86	2 - 37
1	29	GLY	GLY	ASP	ASP	J	J	50 - 87	1 - 38
2	29	GLY	GLY	ASP	ASP	L	L	50 - 87	1 - 38
1	30	SER	SER	TRP	TRP	K	K	51 - 86	2 - 37
2	30	SER	SER	TRP	TRP	L	L	51 - 86	2 - 37

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	GCN5 family acetyltransferase / GNAT family N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / Putative acetyltransferase 分子量: 17988.732 Da / 分子数: 6 / 変異: Y140F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: A3104_05260, A3S30_03570, A3T81_04110, A3U32_05665, A3V03_13910, A3V89_00850, A3W57_03995, A3W75_07050, A3X15_00850, A3X55_00330, A3Y76_07975, A4N07_08010, A4O05_01330, A4O41_02035, A4R48_ ...遺伝子: A3104_05260, A3S30_03570, A3T81_04110, A3U32_05665, A3V03_13910, A3V89_00850, A3W57_03995, A3W75_07050, A3X15_00850, A3X55_00330, A3Y76_07975, A4N07_08010, A4O05_01330, A4O41_02035, A4R48_08940, A6D61_12040, AAA76_07490, AAB27_15575, AAB79_05120, AAC35_03630, ADQ28_10180, AF497_21970, AGM99_05605, AHN93_12135, AKH62_19100, AL144_05700, AL168_00240, AL184_01810, AQ530_13120, AU613_00255, AVA38_12920, AVC05_10880, AVL16_07535, AWT30_08435, AXX99_15535, B1265_05365, B1398_03150, B1642_07220, B1P38_10090, B2E31_12125, B4V59_11840, B4W90_05740, B6362_03220, B7Q27_05360, B8Y16_03505, B8Z46_06185, B9C96_10070, B9M14_05170, B9O84_11705, BBQ66_14320, BIC00_08665, BIC13_03225, BK110_05560, BKM50_23080, BMS46_12655, BMU56_14440, BZ203_17645, BZZ88_00330, C5W43_16880, CA117_15905, CB102_05785, CB119_09120, CB198_11355, CB380_04135, CB535_00775, CB570_01830, CB646_00875, CBM67_04330, CBM76_05665, CBZ90_17940, CC339_13490, CC403_04175, CC453_00830, CC652_10800, CC971_08245, CCP17_05610, CDZ72_00835, CE70_05380, CED07_09530, CEQ70_11815, CFF58_15565, CFF59_19350, CHN22_12870, CIX60_11715, CPS79_04640, CQO33_02715, CSG22_15800, CVR97_16720, D4361_00885, D4387_02965, D4422_08015, D5823_11465, D5N86_07600, D5N95_00885, D5O82_10095, D5P17_09710, D5X47_03755, D5Y28_11880, D6422_07760, D6J79_03220, D8S24_00880, DD95_16950, DLB93_00885, DLR28_04670, DMI89_02730, DMO92_11770, DNB97_10965, DNM27_08065, DNZ37_00885, DO533_01635, DP680_00885, DPB42_14140, DPD91_14795, DPF41_20260, DPF68_06595, DPS76_07080, DQD22_06095, DQR44_03760, DRM14_09665, DRR75_03365, DRT38_10165, 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G4G67_002617, G4G68_003382, G4G75_001678, G4G76_001465, G4G79_002671, G4G97_002412, G4H00_000794, G4H04_004573, G4H07_003668, G4H08_000531, G4H18_000732, G4H21_000732, G4H24_000731, G4H63_001253, G4I66_003374, G4J07_001210, G4J08_002077, G4J11_000371, G4J12_000194, G4J18_002024, G4J20_003007, G4J37_004095, G4J39_002350, G4J41_001528, G4J45_002734, G4J90_001713, G4K02_000288, G4K03_000467, G4O54_000645, G4O56_001571, G4O59_000813, G4O60_000682, G4O67_000090, G4O69_001285, G4P29_001085, G4P83_001852, G4P85_000794, G4P89_003492, G4P91_001062, G4P93_001763, G4Q12_003650, G4Q28_000731, G4Q31_000729, G4Q50_002143, G4Q52_001802, G4Q59_002807, G4Q60_000794, G4Q63_002241, G4Q67_002884, G4Q94_003298, G4R01_000793, G4R02_002285, G4R15_002693, G4R16_000738, G4W68_003699, G4W73_000556, G4W86_000985, G4W87_000731, G4W88_000731, G4W91_000172, G4Y10_003992, G9269_000835, G9302_000794, G9304_001304, G9305_003573, G9309_000406, G9313_000794, G9314_004792, G9367_001475, G9381_000652, G9C24_000383, G9C41_000997, G9C46_000851, G9C47_000682, G9C49_001055, G9C57_000729, G9C64_002284, G9G03_000498, G9G04_003112, G9G34_001925, G9G36_000578, G9G45_002411, G9G50_002043, G9G62_002043, G9W19_001372, G9W28_001672, G9W45_000066, G9W52_002688, G9W63_002269, G9W65_000729, G9W79_002141, G9W95_000732, G9W96_002671, G9X40_002428, GB021_12050, GB040_11905, GB055_08455, GB076_09500, GB106_05940, GB114_08430, GB120_05565, GB122_13970, GB131_01485, GB139_06880, GB171_04140, GB209_06835, GB221_07875, GB224_00850, GB238_15790, GB280_05650, GB321_07525, GB331_07240, GB339_13215, GB342_05100, GB368_12220, GB372_06140, GB416_14985, GB452_06045, GB459_14225, GB466_12020, GB505_11900, GB510_10155, GB551_04210, GB567_10890, GB645_16185, GBS44_03930, GBS58_06030, GBV53_06500, GBV54_10945, GBV60_02940, GBW03_15450, GBW44_14935, GBW52_04535, GBW76_13770, GBX12_15335, GBX20_14955, GBX46_08295, GBX55_07650, GBX64_03965, GBY13_11230, GBY23_15350, GBY73_06080, GBZ51_19890, GBZ55_00580, GCZ80_15180, GEZ01_02985, GJE27_05660, GJE28_04535, GNA88_002719, GNA97_002866, GNA99_002433, GNB28_002418, GNB36_000625, GNB86_001091, GNC11_000728, GNC19_001071, GNC45_001166, GNC75_002132, GNC95_001306, GT380_05460, GTH60_03855, GTH62_02955, GTH63_08335, GTH66_08440, GTH67_11855, GTH68_08765, GTH70_03980, GTH72_08695, GTH73_05580, GTH75_06310, GTH77_02140, GTH78_08780, GTH79_06415, GTH81_13485, GTH85_09075, GTH87_09405, GTH89_05045, GTH90_06145, GTH91_00200, GTH93_08830, GTH94_05830, GTH99_03650, GXC51_05530, GXC56_05530, GXG40_05530, GYI58_17280, GYI62_000737, GYI77_09255, GYJ04_02115, GYJ24_05830, GYJ27_19110, GYJ28_003980, GYJ30_10040, GYJ32_11345, GYJ53_05970, GYJ59_05490, GYJ60_05960, H8S97_18670, KP44_05625, NG06_06925, R035_07950, SE14_03872, STMLT2P22_CBEKMEGD_04422, Z700_03570, ZV17_16940, ZV33_03595, ZX03_04650, ZY40_05090 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6I609
#2: タンパク質・ペプチド	TacA1 antitoxin peptide / DUF1778 domain-containing protein 分子量: 4539.980 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GS is a vector remnant. 由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: A2O69_07430, A3104_05255, A3111_10580, A3122_13355, A3146_15665, A3R41_08205, A3S30_03565, A3T21_08665, A3T81_04105, A3U32_05670, A3V03_13915, A3V89_00845, A3W57_03990, A3W75_07045, A3W86_ ...遺伝子: A2O69_07430, A3104_05255, A3111_10580, A3122_13355, A3146_15665, A3R41_08205, A3S30_03565, A3T21_08665, A3T81_04105, A3U32_05670, A3V03_13915, A3V89_00845, A3W57_03990, A3W75_07045, A3W86_05185, A3X15_00845, A3X55_00325, A3Y76_07970, A3Z96_04750, A4J27_00880, A4N07_08005, A4O05_01325, A4O41_02030, A4R48_08935, A6D61_12035, A9C21_08785, A9T17_16030, A9T39_10960, A9U46_09840, A9U64_18200, AAA76_07485, AAB27_15580, AAB39_01350, AAB79_05115, AAC08_13230, AAC35_03625, AAC42_13825, AAC44_01625, AAC95_03230, AAC98_00235, AAK29_18915, AAP89_16385, AAQ24_03585, AB424_08175, ABO94_14755, ABP11_07165, ABP87_00235, ABQ69_11865, ADQ28_10175, ADQ45_06740, AE787_04740, AF480_11855, AF488_13105, AF489_15565, AF497_21965, AGC55_05640, AGM99_05600, AGQ32_00840, AH984_07885, AHN93_12130, AIC76_14410, AKH62_19105, AKH68_08190, AKI16_08145, AL144_05695, AL151_00235, AL166_01580, AL168_00235, AL170_14130, AL174_00235, AL184_01805, APP08_03940, APY91_10580, AQ530_13115, AS118_06315, AT354_08600, AU613_00250, AU805_03955, AU830_17515, AU839_10095, AU951_11905, AU965_09155, AVA38_12925, AVB77_18265, AVB94_02600, AVC05_10875, AVC09_01040, AVD08_04370, AVD75_07515, AVD94_16485, AVG17_05785, AVL02_07520, AVL16_07530, AVM19_07850, AWT30_08430, AXM10_00845, AXM23_12285, AXR84_07290, AXU58_08010, AXX99_15530, B1265_05360, B1398_03145, B1642_07215, B1B86_07505, B1B89_07010, B1I91_11315, B1P38_10085, B1Q82_04335, B2E31_12120, B4V59_11835, B4W90_05735, B5A40_03270, B6362_03215, B6G98_06815, B6M25_05910, B6M43_13380, B7071_06130, B7890_16080, B7J30_00845, B7Q27_05355, B8Y16_03500, B8Y36_18785, B8Z46_06180, B9653_13725, B9C61_18615, B9C71_00845, B9C90_03095, B9C91_03590, B9C96_10075, B9M14_05165, B9O84_11710, B9U29_07155, BBQ66_14315, BEL47_19110, BGP52_05690, BIC00_08660, BIC01_13270, BIC03_04875, BIC13_03220, BK110_05555, BKM50_23075, BLB03_07765, BMG85_04925, BMS46_12650, BMU56_14435, BSC80_12530, BSD55_09725, BZ203_17650, BZ210_09165, BZG47_18420, BZN20_09865, BZZ88_00325, C4E88_13460, C5U54_07580, C5W43_16875, CA117_15910, CB102_05780, CB119_09125, CB161_07230, CB198_11360, CB380_04130, CB383_05320, CB416_08795, CB530_02680, CB535_00770, CB570_01825, CB646_00870, CB657_00830, CBH20_04525, CBM40_17025, CBM67_04325, CBM76_05660, CBN77_00315, CBO42_00830, CBR08_03205, CBU32_01755, CBZ90_17945, CC339_13495, CC403_04170, CC453_00825, CC594_15230, CC652_10795, CC725_03565, CC886_09985, CC918_00830, CC944_03450, CC971_08240, CCF93_05115, CCP17_05605, CCW27_09980, CD48_05455, CD977_17355, CDJ75_03095, CDT37_05600, CDZ72_00830, CE355_04675, CE615_12895, CE70_05375, CE806_17240, CE87_09225, CE896_04015, CEC46_11665, CEC56_02970, CED07_09525, CEQ70_11810, CER78_04015, CET98_06955, CEY64_15580, CFB16_08610, CFB28_16910, CFE76_08800, CFE79_11770, CFF58_15570, CFF59_19345, CFJ48_06400, CGG73_15040, CHN22_12865, CI444_07100, CIX60_11710, CJC42_21280, CPR79_09745, CPS79_04635, CPX68_06625, CQE35_11170, CQG18_03755, CQO33_02710, CR370_17490, CRB02_11240, CSG22_15805, CTJ81_08990, CVR97_16715, D3147_00875, D3174_06325, D3F31_17635, D3T68_14225, D3Y48_15375, D4361_00880, D4369_00880, D4380_10135, D4387_02960, D4422_08010, D4E62_06950, D4E68_00880, D4E74_02815, D4X64_02820, D4X79_06330, D4Y62_06565, D5823_11460, D5949_11280, D5B48_05645, D5C67_00880, D5C71_12120, D5N86_07595, D5N95_00880, D5O82_10090, D5P17_09705, D5X47_03750, D5X51_14880, D5Y28_11875, D6360_00910, D6367_03355, D6371_05540, D6373_13080, D6395_00875, D6421_11315, D6422_07755, D6J79_03215, D6K10_11010, D6P67_04805, D6Q64_06505, D6S43_06005, D6T00_08410, D6T40_11365, D7F20_07790, D7H43_11190, D7N92_03765, D7O44_11380, D8Q90_03915, D8S24_00875, D8W49_14545, D9O84_06205, DJ388_00205, DJ702_12035, DK061_07035, DK631_12445, DK641_08320, DK642_03945, DK689_01285, DK696_05985, DK698_03630, DKJ10_11495, DKR95_03680, DKS55_00215, DKU45_08040, DKU57_08860, DKU80_01710, DLB14_09795, DLB57_07130, DLB93_00880, DLR28_04665, DM322_13010, DM708_18505, DMI89_02725, DMO92_11765, DMV40_03225, DMZ93_12650, DN165_06005, DN204_12055, DN359_04035, DNB97_10970, DNL62_00875, DNM27_08060, DNM63_05840, DNU59_07240, DNV08_09565, DNV12_04210, DNV30_10880, DNY92_02035, DNZ37_00880, DO350_16635, DO533_01630, DO585_00880, DO640_00870, DO698_04645, DO766_08740, DO828_06170, DO960_15640, DOC60_05660, DOH72_08650, DOI32_06930, DOI53_00915, DOI92_08220, DOJ39_03765, DOJ91_17535, DOQ54_08145, DOQ88_07235, DOR12_09835, DOV43_06050, DOW25_06610, DP680_00880, DPB42_14145, DPB45_07580, DPB48_10095, DPB57_08600, DPD91_14800, DPD95_03375, DPD99_04265, DPF41_20265, DPF68_06590, DPJ93_15635, DPK32_09070, DPK79_03180, DPL02_09685, DPP13_07860, DPP94_11760, DPP97_09085, DPS76_07075, DPT18_06895, DPU20_08890, DPY58_02180, DQ848_00880, DQ947_11435, DQC39_12965, DQC52_22465, DQD03_09235, DQD22_06090, DQE64_00880, DQE65_03185, DQK42_06775, DQQ98_05140, DQR10_16255, DQR44_03755, DQR61_02975, DQS14_04090, DQY10_06940, DQZ46_13555, DQZ56_05945, DR982_16565, DRL45_04255, DRM14_09660, DRM16_03120, DRR75_03360, DRT38_10160, DRT61_12455, DRT65_06785, DRV05_07095, DRV83_19365, DRW84_09815, DRX66_00880, DS270_05640, DS296_12670, DS451_02255, DS453_00880, DS521_06785, DS619_08010, DSF69_08865, DSF94_03190, DSG41_05900, DSM38_04975, DSN15_04670, DSR36_09055, DTE73_02045, DTF68_09765, DTG22_12765, DTG27_13190, DTW13_08230, DTW14_14180, DTW26_03215, DU071_11260, DU223_00815, DU657_08780, DU821_00880, DU879_06935, DU924_09400, DUQ28_08425, DUQ56_13420, DUQ92_08185, DUR36_08615, DUV75_05405, DUW10_03165, DUW48_08950, DVF14_05690, DVF88_07330, DVG01_09235, DVZ53_03735, DWU22_19580, DWU62_11335, DY580_11365, DYM27_07925, DYS82_00350, DZG11_00335, E0584_01250, E0595_11730, E0935_00855, E0989_05990, E0M34_10705, E0U75_04125, E0V94_07290, E1336_11680, E1A11_05885, E1A20_05840, E2A46_17665, E5196_05965, E6W45_05500, EBB93_03040, EBC01_21145, EBD14_00860, EBD99_10295, EBK21_06270, EBL31_13265, EBO41_03425, EBP31_09100, EC404_08070, EC52_14745, ECA50_00445, ECC89_00860, ED424_07445, ED467_11060, EDL18_03060, EEK73_12420, EEQ30_12970, EER35_04045, EGL32_10090, EGN81_04765, EGU67_11950, EGU98_03095, EHB09_10535, EHB24_03735, EHB55_11200, EHC98_03055, EIE48_09660, EIW53_18530, EJI18_05890, EJO08_11670, EJO98_09225, EKA25_06365, EL822_04920, ELO47_13715, ELR28_07270, ELS01_06375, EM832_11915, EM840_10400, EMN66_05265, EMY79_13580, EO190_14565, EP115_07705, EP446_06155, EPB30_06160, EPH81_07280, EQG93_08445, EQG94_09870, ERM04_03720, EU306_03750, EU349_08360, EU873_00795, EUB95_13460, EUQ56_00860, EUQ65_11050, EUQ74_00860, EUS13_03060, EVY71_04545, EW905_00790, EWB18_11520, EWC77_19870, EWE52_19105, EWJ47_08400, EWZ09_02835, EXA47_09580, EXB31_15725, EXB41_07345, EYA29_03770, EYJ91_09420, F0D96_17675, F2O93_12650, F2P00_07215, F3Q46_04935, F3Q58_03020, F3Q59_06955, F3Q88_01670, F3Q97_08560, F3R12_09955, F3R61_02840, F3R63_05705, F9G02_14055, F9O44_13860, FE758_17770, FEM52_12105, FGZ46_08045, FJM64_04970, FL833_04735, FQC24_05140, FQD13_14905, GCH31_10620, GCQ81_09345, GCZ80_15175, GEZ01_02980, GW08_10915, JO10_11580, KP44_05620, LZ63_12340, NG02_13495, NG06_06920, NG18_10515, NU83_16840, QA89_06420, QB40_06310, QD15_00880, R035_07945, RJ78_12550, Y934_03050, YG50_18310, YR17_08350, Z700_03565, ZB89_00915, ZC54_06305, ZT09_03790, ZT28_04760, ZT74_03190, ZT89_19225, ZU86_18125, ZU92_03995, ZV06_08505, ZV17_16945, ZV33_03590, ZV34_03955, ZV38_11975, ZV58_14395, ZV70_03800, ZV78_07765, ZW74_17220, ZX03_04645, ZY23_00845, ZY27_09200, ZY40_05085, ZY51_16640, ZZ18_05055, ZZ43_02670, ZZ77_08755, ZZ79_12430 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2J0RDY6
#3: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.0 M Ammonium tartrate dibasic, 0.1 M Sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→48.85 Å / Num. obs: 43178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 61.46 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 7.4 % / % possible all: 100

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all
2.5-2.54	1.6	15873	2149	0.352	0.97
6.78-48.86	23	16143	2181	0.023	0.063

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FVJ

5fvj

解像度: 2.5→48.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 16.466 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.888 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2678	2094	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2139	-	-	-
obs	0.2164	41056	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 168.16 Å² / B_iso mean: 73.782 Å² / B_iso min: 39.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.8 Å²	0.9 Å²	-0 Å²
2-	-	1.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→48.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8859	0	317	213	9389
B_iso mean	-	-	95.55	70.22	-
残基数	-	-	-	-	1127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	9373
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	8887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.377	1.647	12740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.174	1.583	20396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.067	5	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.67	22.274	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.584	15	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.505	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2158

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4119	0.12
1	2	B	4119	0.12
2	1	A	4169	0.12
2	2	C	4169	0.12
3	1	A	4166	0.11
3	2	D	4166	0.11
4	1	A	4205	0.12
4	2	E	4205	0.12
5	1	A	4200	0.11
5	2	F	4200	0.11
6	1	B	4194	0.12
6	2	C	4194	0.12
7	1	B	4115	0.12
7	2	D	4115	0.12
8	1	B	4081	0.14
8	2	E	4081	0.14
9	1	B	4096	0.12
9	2	F	4096	0.12
10	1	C	4164	0.13
10	2	D	4164	0.13
11	1	C	4134	0.13
11	2	E	4134	0.13
12	1	C	4172	0.12
12	2	F	4172	0.12
13	1	D	4117	0.13
13	2	E	4117	0.13
14	1	D	4162	0.11
14	2	F	4162	0.11
15	1	E	4170	0.12
15	2	F	4170	0.12
16	1	G	976	0.15
16	2	H	976	0.15
17	1	G	1010	0.15
17	2	I	1010	0.15
18	1	G	989	0.14
18	2	J	989	0.14
19	1	G	987	0.12
19	2	K	987	0.12
20	1	G	977	0.16
20	2	L	977	0.16
21	1	H	1020	0.17
21	2	I	1020	0.17
22	1	H	973	0.18
22	2	J	973	0.18
23	1	H	952	0.14
23	2	K	952	0.14
24	1	H	958	0.19
24	2	L	958	0.19
25	1	I	1004	0.16
25	2	J	1004	0.16
26	1	I	978	0.14
26	2	K	978	0.14
27	1	I	993	0.18
27	2	L	993	0.18
28	1	J	969	0.17
28	2	K	969	0.17
29	1	J	1002	0.19
29	2	L	1002	0.19
30	1	K	966	0.17
30	2	L	966	0.17

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	134	-
R_work	0.372	3063	-
all	-	3197	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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