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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ak2 | ||||||
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タイトル | Structure of DYRK1A in complex with compound 53 | ||||||
要素 | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOPROTEIN / KINASE SELECTIVITY / SBDD / SMALL MOLECULE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / amyloid-beta formation ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / amyloid-beta formation / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / circadian rhythm / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cytoskeleton / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Kotschy, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Structure-Guided Discovery of Potent and Selective DYRK1A Inhibitors. 著者: Weber, C. / Sipos, M. / Paczal, A. / Balint, B. / Kun, V. / Foloppe, N. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Walmsley, D.L. / Hubbard, R.E. / Murray, J. / Benwell, K. / Edmonds, T. / Demarles, D. / ...著者: Weber, C. / Sipos, M. / Paczal, A. / Balint, B. / Kun, V. / Foloppe, N. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Walmsley, D.L. / Hubbard, R.E. / Murray, J. / Benwell, K. / Edmonds, T. / Demarles, D. / Bruno, A. / Burbridge, M. / Cruzalegui, F. / Kotschy, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ak2.cif.gz | 156.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ak2.ent.gz | 120.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ak2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ak2_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ak2_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ak2_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ak2_validation.cif.gz | 39.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7ak2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/7ak2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7aj2C 7aj4C 7aj5C 7aj7C 7aj8C 7ajaC 7ajmC 7ajsC 7ajvC 7ajwC 7ajyC 7akaC 7akbC 7akeC 7akfC 7akhC 7aklC 2vx3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 143 - 481 / Label seq-ID: 17 - 355
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41647.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 細胞株 (発現宿主): pLysS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 15% PEG 4K, 0.2M ammonium sulphate, 0.1M sodium DL-malate buffer pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.02→58.5 Å / Num. obs: 51134 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.676 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5041 / % possible all: 99.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2vx3 解像度: 2.1→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 5.598 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.55 Å2 / Biso mean: 39.554 Å2 / Biso min: 21.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 10309 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.213 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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