PDB-7aj0: Crystal structure of PsFucS1 sulfatase from Pseudoalteromonas sp.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aj0

タイトル

Crystal structure of PsFucS1 sulfatase from Pseudoalteromonas sp.

要素

Arylsulfatase

キーワード

HYDROLASE / sulfatase Pseudoalteromonas polysaccharide fucoidan fucoidanase exo-acting

機能・相同性

Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Pseudoalteromonas sp. MB47 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Roret, T. / Mikkelsen, M.D. / Czjzek, M. / Meyer, A.S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: A novel thermostable prokaryotic fucoidan active sulfatase PsFucS1 with an unusual quaternary hexameric structure.
著者: Mikkelsen, M.D. / Cao, H.T.T. / Roret, T. / Rhein-Knudsen, N. / Holck, J. / Tran, V.T.T. / Nguyen, T.T. / Tran, V.H.N. / Lezyk, M.J. / Muschiol, J. / Pham, T.D. / Czjzek, M. / Meyer, A.S.

履歴

登録	2020年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aj0.cif.gz	1.9 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aj0.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/7aj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/7aj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fdjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ndz-2 6tys-d 2iy6-1 2zbl-d 2bhq-1 4k57-2 2bhp-1 2ejl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arylsulfatase

B: Arylsulfatase

C: Arylsulfatase

D: Arylsulfatase

E: Arylsulfatase

F: Arylsulfatase

ヘテロ分子

346 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The enzyme was analyzed by size-exclusion chromatography using a HiLoad 16/600 Superdex 200 pg column. A single peak with an estimated apparent molecular mass of ~291 kDa was ...根拠: gel filtration, The enzyme was analyzed by size-exclusion chromatography using a HiLoad 16/600 Superdex 200 pg column. A single peak with an estimated apparent molecular mass of ~291 kDa was obtained, suggesting that the quaternary structure in solution is hexameric, in accordance with the quaternary structure observed in the crystal structure of PsFucS1.

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.198, 182.337, 209.855
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Arylsulfatase / PsFucS1 分子量: 57544.359 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas sp. MB47 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6 0.1 M sodium chloride 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.34 Å / Num. obs: 115081 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.77 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.375 / R_pim(I) all: 0.105 / R_rim(I) all: 0.39 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 14 % / R_merge(I) obs: 1.985 / Num. unique obs: 78787 / CC_1/2: 0.691 / R_pim(I) all: 0.551 / R_rim(I) all: 2.061 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4fdj

4fdj

解像度: 2.5→46.66 Å / SU ML: 0.2996 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	5742	5 %
R_work	0.1716	109191	-
obs	0.1735	114933	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23574	0	18	1330	24922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	24150
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5946	32748
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	3510
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	4260
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.2252	14466

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.53	0.2949	178	0.2345	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.56	0.2622	198	0.2244	3566	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.56-2.59	0.2775	185	0.2215	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.62	0.2724	170	0.2276	3629	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.62-2.66	0.2788	228	0.2283	3547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.69	0.2997	190	0.2204	3653	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.69-2.73	0.2555	182	0.2154	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.77	0.2697	206	0.2176	3613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.82	0.2688	190	0.2032	3540	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.82-2.86	0.279	206	0.203	3626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.91	0.2357	171	0.1974	3615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.96	0.2188	173	0.1901	3653	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.96-3.02	0.2303	196	0.1892	3597	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.02-3.08	0.2243	173	0.1995	3628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.15	0.2327	186	0.2077	3618	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.15-3.22	0.2617	178	0.2089	3622	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.22-3.3	0.2306	200	0.1762	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.39	0.2153	203	0.1688	3589	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.39-3.49	0.1722	181	0.1656	3637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.61	0.2055	173	0.1597	3673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.73	0.1857	185	0.1492	3630	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.73-3.88	0.1926	213	0.1486	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.88-4.06	0.1845	185	0.1411	3641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.27	0.1711	198	0.1353	3659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.27-4.54	0.157	214	0.1244	3649	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.54-4.89	0.1512	174	0.1197	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-5.38	0.1827	195	0.1381	3704	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.38-6.16	0.1847	192	0.1618	3720	X-RAY DIFFRACTION	100
6.16-7.76	0.2132	210	0.1726	3738	X-RAY DIFFRACTION	99.97
7.76-46.66	0.1783	209	0.1751	3870	X-RAY DIFFRACTION	98.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.44410033376	0.0948290190844	0.0851658538104	0.723623504964	-0.121722509218	0.616887811672	0.00369231260398	-0.0181313975564	-0.0307133808153	-0.0233837896179	-0.0377575130917	-0.0619864243852	0.0665489935891	0.12666091465	4.2664485945E-6	0.237557767195	0.0140997642464	0.0115966162867	0.319683405657	0.0208862512558	0.267160392619	-0.442747332747	-5.97102896336	65.9417047845
2	0.487559185679	0.0687746835671	-0.155779234779	0.675171477428	0.116864150265	0.778866037987	0.01293053701	-0.0179622482022	0.0340346728124	0.016880215367	0.026537678513	-0.0886398595354	-0.0693022423424	0.13666823845	8.0867906038E-6	0.289464322887	-0.0156600648002	-0.00271260265855	0.284254910421	-0.0167169281872	0.318922376795	-7.49515434739	30.5965353525	30.9440107824
3	0.617189690525	-0.158618556377	-0.0380362177423	0.461475118918	-0.156804316896	1.03522289064	-0.00998022132082	0.0604379555414	0.0437375379669	-0.0511863481725	-0.0183874878077	-0.0624674619901	-0.00957480609898	0.177625551012	-1.29564970288E-5	0.294235475359	0.00382309294481	0.0115001376786	0.305815297117	-0.00544935114095	0.291042907258	0.996395155523	-17.9960620062	16.2198126255
4	0.45501384369	-0.060853850068	-0.0315776347198	0.856822149978	-0.00143931755834	0.676437353634	-0.00623962254402	-0.00934272152446	0.00557441367496	-0.0217266707527	0.00378266718908	0.118549489707	-0.0212598367272	-0.0852750027635	9.87865480881E-6	0.22660204397	-0.00957773943767	0.00212619779582	0.280851492087	-0.0175387170017	0.288420883745	-39.7470958079	4.21199450359	66.4602953484
5	0.548972590213	0.0794273699513	0.135241539643	0.585269199598	-0.131496978573	0.76846504046	-0.00946278320112	-0.0302124251447	-0.0355554798189	0.0488870798615	0.0262849041583	0.104980539673	0.0913796181643	-0.0877411493529	4.53983797239E-6	0.317142692992	-0.0117764118144	0.00829925170676	0.253372366489	-0.0082214426674	0.323580351782	-33.686605791	-32.5411592664	31.4371630838
6	0.507800111907	-0.111716309695	0.0248267026387	0.465465120192	0.116947332923	0.990053123856	0.00665977804593	0.0187441204707	-0.0134637598382	-0.0548843381986	-0.0232640151602	0.0720154497189	0.034702178561	-0.0874361132958	-7.56714463992E-6	0.272108409258	0.00539321315092	-0.00338709681472	0.294857895414	0.00158124029188	0.308659921763	-42.2301169135	15.7113328179	16.5156621133

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 21 through 521)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 21 through 521)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 21 through 521)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 21 through 521)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 21 through 521)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 21 through 521)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)