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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aiz | ||||||||||||
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タイトル | Vanadium nitrogenase VFe protein, high CO state | ||||||||||||
要素 | (Nitrogenase vanadium-iron protein ...) x 3 | ||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Nitrogenase / nitrogen fixation / CO reduction / atomic resolution | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vanadium-iron nitrogenase complex / vanadium ion binding / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rohde, M. / Einsle, O. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Two ligand-binding sites in CO-reducing V nitrogenase reveal a general mechanistic principle. 著者: Rohde, M. / Laun, K. / Zebger, I. / Stripp, S.T. / Einsle, O. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aiz.cif.gz | 965.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aiz.ent.gz | 788.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7aiz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7aiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7aiz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7adrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Nitrogenase vanadium-iron protein ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 53951.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: vnfD / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P16855, nitrogenase #2: タンパク質 | 分子量: 52839.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: vnfK / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P16856, nitrogenase #3: タンパク質 | 分子量: 13387.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: vnfG / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P16857, nitrogenase |
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-非ポリマー , 9種, 2529分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CMO / #8: 化合物 | ChemComp-EDO / #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-MG / #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Tris/HCl pH 7.5, magnesium chloride, ethylene glycol, PEG 8000, sodium dithionite |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.977944 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.977944 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→48.39 Å / Num. obs: 1006898 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.07 Å / Num. unique obs: 47522 / CC1/2: 0.444 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7ADR 解像度: 1.05→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.92 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.74 Å2 / Biso mean: 14.508 Å2 / Biso min: 4.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.05→48.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.05→1.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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