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- PDB-7aiz: Vanadium nitrogenase VFe protein, high CO state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aiz
タイトルVanadium nitrogenase VFe protein, high CO state
要素(Nitrogenase vanadium-iron protein ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitrogenase / nitrogen fixation / CO reduction / atomic resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


vanadium-iron nitrogenase complex / vanadium ion binding / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase vanadium-iron protein, alpha chain / Nitrogenase vanadium-iron, delta subunit / Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Nitrogenase alpha chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. ...Nitrogenase vanadium-iron protein, alpha chain / Nitrogenase vanadium-iron, delta subunit / Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Vanadium/alternative nitrogenase delta subunit / Nitrogenase alpha chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / FE(8)-S(7) CLUSTER / CARBON MONOXIDE / FeV / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Nitrogenase vanadium-iron protein alpha chain / Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Nitrogenase vanadium-iron protein delta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Rohde, M. / Einsle, O.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)310656 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG 1976, project no. 235777276 ドイツ
German Research Foundation (DFG)PP 1927, project no. 311061829 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Two ligand-binding sites in CO-reducing V nitrogenase reveal a general mechanistic principle.
著者: Rohde, M. / Laun, K. / Zebger, I. / Stripp, S.T. / Einsle, O.
履歴
登録2020年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase vanadium-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain
C: Nitrogenase vanadium-iron protein delta chain
D: Nitrogenase vanadium-iron protein alpha chain
E: Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain
F: Nitrogenase vanadium-iron protein delta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,87836
ポリマ－240,3586
非ポリマー4,52030
水45,0192499
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36780 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area62350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.521, 80.041, 107.210
Angle α, β, γ (deg.)84.000, 72.480, 75.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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Nitrogenase vanadium-iron protein ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Nitrogenase vanadium-iron protein alpha chain / Dinitrogenase 2 subunit alpha / Nitrogenase component I


分子量: 53951.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: vnfD / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P16855, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase vanadium-iron protein beta chain / Dinitrogenase 2 subunit beta / Nitrogenase component I


分子量: 52839.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: vnfK / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P16856, nitrogenase
#3: タンパク質 Nitrogenase vanadium-iron protein delta chain / Dinitrogenase 2 subunit delta / Nitrogenase component I


分子量: 13387.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: vnfG / 発現宿主: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P16857, nitrogenase

-
非ポリマー , 9種, 2529分子

#4: 化合物 ChemComp-D6N / FeV


分子量: 692.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7NS7V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#6: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#11: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Tris/HCl pH 7.5, magnesium chloride, ethylene glycol, PEG 8000, sodium dithionite

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.977944 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→48.39 Å / Num. obs: 1006898 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / Num. unique obs: 47522 / CC1/2: 0.444

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ADR

7adr


解像度: 1.05→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.92 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1459 49972 5 %RANDOM
Rwork0.1244 ---
obs0.1255 956836 93.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.74 Å2 / Biso mean: 14.508 Å2 / Biso min: 4.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å2-0.05 Å2-0.17 Å2
2---0.12 Å20.13 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.05→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16687 0 180 2602 19469
Biso mean--14.73 27.37 -
残基数----2098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.01317809
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01716665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.081.67124192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8571.58438455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.50152201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35622.42967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.269153073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.86915116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.490.22283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0221947
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.024102
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.984334472
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 3595 -
Rwork0.295 67492 -
all-71087 -
obs--88.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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