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- PDB-7aiy: Crystal structure of human butyrylcholinesterase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aiy
タイトルCrystal structure of human butyrylcholinesterase in complex with 2-{1-[4-(12-Amino-3-chloro-6,7,10,11-tetrahydro-7,11-methanocycloocta[b]quinolin-9-yl)butyl]-1H-1,2,3-triazol-4-yl}-N-[4-hydroxy-3-methoxybenzyl]acetamide
要素Cholinesterase
キーワードHYDROLASE / human butyrylcholinesterase / AD / alzheimer disease
機能・相同性
機能・相同性情報


cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process ...cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / hydrolase activity, acting on ester bonds / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / Aspirin ADME / Synthesis of PC / nuclear envelope lumen / catalytic activity / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / xenobiotic metabolic process / response to glucocorticoid / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8U2 / Cholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.937 Å
データ登録者Coquelle, N. / Colletier, J.P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a Potent Dual Inhibitor of Acetylcholinesterase and Butyrylcholinesterase with Antioxidant Activity that Alleviates Alzheimer-like Pathology in Old APP/PS1 Mice.
著者: Viayna, E. / Coquelle, N. / Cieslikiewicz-Bouet, M. / Cisternas, P. / Oliva, C.A. / Sanchez-Lopez, E. / Ettcheto, M. / Bartolini, M. / De Simone, A. / Ricchini, M. / Rendina, M. / Pons, M. / ...著者: Viayna, E. / Coquelle, N. / Cieslikiewicz-Bouet, M. / Cisternas, P. / Oliva, C.A. / Sanchez-Lopez, E. / Ettcheto, M. / Bartolini, M. / De Simone, A. / Ricchini, M. / Rendina, M. / Pons, M. / Firuzi, O. / Perez, B. / Saso, L. / Andrisano, V. / Nachon, F. / Brazzolotto, X. / Garcia, M.L. / Camins, A. / Silman, I. / Jean, L. / Inestrosa, N.C. / Colletier, J.P. / Renard, P.Y. / Munoz-Torrero, D.
履歴
登録2020年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年10月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholinesterase
B: Cholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,5673
ポリマ－136,9772
非ポリマー5891
水00
1
A: Cholinesterase
ヘテロ分子

A: Cholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,1564
ポリマ－136,9772
非ポリマー1,1782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
2
B: Cholinesterase

A: Cholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,5673
ポリマ－136,9772
非ポリマー5891
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.878, 79.318, 228.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cholinesterase / Acylcholine acylhydrolase / Butyrylcholine esterase / Choline esterase II / Pseudocholinesterase


分子量: 68488.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCHE, CHE1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06276, cholinesterase
#2: 化合物 ChemComp-8U2 / 2-{1-[4-(12-Amino-3-chloro-6,7,10,11-tetrahydro-7,11-methanocycloocta[b]quinolin-9-yl)butyl]-1H-1,2,3-triazol-4-yl}-N-[4-hydroxy-3-methoxybenzyl]acetamide


分子量: 589.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H37ClN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 250 mM ammonium acetate 20% polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9679 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9679 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.937→50 Å / Num. obs: 26966 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.937→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.0119 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3621 / CC1/2: 0.405

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4tpk

4tpk


解像度: 2.937→48.874 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3005 1356 5.04 %
Rwork0.225 25568 -
obs0.2287 26924 91.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 143.76 Å2 / Biso mean: 75.979 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.937→48.874 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8384 0 42 0 8426
Biso mean--77.56 --
残基数----1054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0148769
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62711935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1381258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5845174
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9372-3.04220.40431230.3403211278
3.0422-3.1640.41871210.3137231684
3.164-3.30790.32821220.2757244589
3.3079-3.48230.33681280.2659253592
3.4823-3.70040.31891520.24259694
3.7004-3.9860.27741360.2201270897
3.986-4.38690.30841450.1911266295
4.3869-5.02110.24951380.1817266495
5.0211-6.3240.29561430.221273796
6.324-48.8740.28581480.2192279393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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