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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aih | ||||||
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タイトル | The Large subunit of the Kinetoplastid mitochondrial ribosome | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Mitochondria / Kinetoplastid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 kinetoplast / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial large ribosomal subunit / cyclosporin A binding / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / large ribosomal subunit ...kinetoplast / nuclear lumen / ciliary plasm / mitochondrial large ribosomal subunit / cyclosporin A binding / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / large ribosomal subunit / protein folding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania major (大形リーシュマニア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Soufari, H. / Waltz, F. / Parrot, C. / Bochler, A. / Hashem, Y. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: Structure of the mature kinetoplastids mitoribosome and insights into its large subunit biogenesis. 著者: Heddy Soufari / Florent Waltz / Camila Parrot / Stéphanie Durrieu-Gaillard / Anthony Bochler / Lauriane Kuhn / Marie Sissler / Yaser Hashem / 要旨: Kinetoplastids are unicellular eukaryotic parasites responsible for such human pathologies as Chagas disease, sleeping sickness, and leishmaniasis. They have a single large mitochondrion, essential ...Kinetoplastids are unicellular eukaryotic parasites responsible for such human pathologies as Chagas disease, sleeping sickness, and leishmaniasis. They have a single large mitochondrion, essential for the parasite survival. In kinetoplastid mitochondria, most of the molecular machineries and gene expression processes have significantly diverged and specialized, with an extreme example being their mitochondrial ribosomes. These large complexes are in charge of translating the few essential mRNAs encoded by mitochondrial genomes. Structural studies performed in already highlighted the numerous peculiarities of these mitoribosomes and the maturation of their small subunit. However, several important aspects mainly related to the large subunit (LSU) remain elusive, such as the structure and maturation of its ribosomal RNA. Here we present a cryo-electron microscopy study of the protozoans and mitoribosomes. For both species, we obtained the structure of their mature mitoribosomes, complete rRNA of the LSU, as well as previously unidentified ribosomal proteins. In addition, we introduce the structure of an LSU assembly intermediate in the presence of 16 identified maturation factors. These maturation factors act on both the intersubunit and the solvent sides of the LSU, where they refold and chemically modify the rRNA and prevent early translation before full maturation of the LSU. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aih.cif.gz | 3.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aih.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7aih.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7aih_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7aih_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7aih_validation.xml.gz | 407.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7aih_validation.cif.gz | 642.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7aih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/7aih | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
+タンパク質 , 65種, 65分子 ABCDFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZBAUABBAwBj...
-Putative ribosomal protein ... , 3種, 3分子 EBLBO
#5: タンパク質 | 分子量: 40274.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: E9ACT9 |
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#65: タンパク質 | 分子量: 43379.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QIE1 |
#66: タンパク質 | 分子量: 21633.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q2G1 |
-Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 BIBH
#34: タンパク質 | 分子量: 28924.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4Q1A6, peptidylprolyl isomerase |
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#47: タンパク質 | 分子量: 25314.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア) 参照: UniProt: Q4QBK2, peptidylprolyl isomerase |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 1
#71: RNA鎖 | 分子量: 2895416.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア) |
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-非ポリマー , 2種, 7分子
#72: 化合物 | ChemComp-ZN / #73: 化合物 | ChemComp-NAD / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Leishmania mitochondrial ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#71 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Leishmania tarentolae (真核生物) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82060 / 対称性のタイプ: POINT |