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- PDB-7aih: The Large subunit of the Kinetoplastid mitochondrial ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aih
タイトルThe Large subunit of the Kinetoplastid mitochondrial ribosome
要素
  • (Peptidyl-prolyl cis-trans ...) x 2
  • (Putative ribosomal protein ...) x 3
  • 50S ribosomal protein L13-like protein
  • C2H2-type domain-containing protein
  • L51_S25_CI-B8 domain-containing protein
  • LIM zinc-binding domain-containing protein
  • MRP-L46 domain-containing protein
  • Putative 50S ribosomal protein L17
  • RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
  • Ribosomal RNA
  • Ribosomal protein L3-like protein
  • Ribosomal_L16 domain-containing protein
  • Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
  • UA
  • UB
  • UC
  • UD
  • bL19m
  • bL20
  • bL21m
  • bL27m
  • bL28m
  • bL31m
  • bL32m
  • bL33m
  • bL35m
  • bL36m
  • mL100
  • mL38
  • mL40
  • mL41
  • mL42
  • mL49
  • mL52,mL52
  • mL53
  • mL54/69
  • mL63
  • mL68
  • mL69
  • mL70
  • mL72
  • mL73
  • mL74
  • mL75
  • mL76
  • mL79
  • mL80
  • mL82
  • mL84
  • mL85
  • mL86
  • mL87
  • mL88
  • mL89
  • mL93
  • mL94
  • mL95
  • mL96
  • mL97
  • mL98
  • mL99
  • uL10m
  • uL22m
  • uL23m
  • uL24m
  • uL29m
  • uL30m
  • uL4m
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / Kinetoplastid
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / kinetoplast / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / nuclear lumen / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / fatty acid metabolic process ...medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / kinetoplast / mitochondrial large ribosomal subunit / ciliary plasm / nuclear lumen / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / cyclosporin A binding / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / fatty acid metabolic process / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / peptidylprolyl isomerase / protein folding / large ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPR repeat family / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat ...PPR repeat family / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L28/L24 / : / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / : / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A / Alpha/Beta hydrolase fold / Ribosomal protein L14P / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L18e/L15P / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Thioredoxin-like superfamily / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Flagellar attachment zone protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L9 domain-containing protein / Rhodanese domain-containing protein / Putative ribosomal protein L11 ...NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Flagellar attachment zone protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L9 domain-containing protein / Rhodanese domain-containing protein / Putative ribosomal protein L11 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL3m / C2H2-type domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein L14 / 50S ribosomal protein L13-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Uncharacterized protein / 39S ribosomal protein L36, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein mL43 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 39S ribosomal protein L28, mitochondrial / Uncharacterized protein / AMP-dependent synthetase/ligase domain-containing protein / LIM zinc-binding domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / KOW domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL23m / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Ribosomal protein L22p/L17e / Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / AB hydrolase-1 domain-containing protein / Putative 50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL21m / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein uL4m / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Putative ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L9 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein mL46 N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L30 ferredoxin-like fold domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL29m
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Soufari, H. / Waltz, F. / Parrot, C. / Bochler, A. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC) フランス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of the mature kinetoplastids mitoribosome and insights into its large subunit biogenesis.
著者: Heddy Soufari / Florent Waltz / Camila Parrot / Stéphanie Durrieu-Gaillard / Anthony Bochler / Lauriane Kuhn / Marie Sissler / Yaser Hashem /
要旨: Kinetoplastids are unicellular eukaryotic parasites responsible for such human pathologies as Chagas disease, sleeping sickness, and leishmaniasis. They have a single large mitochondrion, essential ...Kinetoplastids are unicellular eukaryotic parasites responsible for such human pathologies as Chagas disease, sleeping sickness, and leishmaniasis. They have a single large mitochondrion, essential for the parasite survival. In kinetoplastid mitochondria, most of the molecular machineries and gene expression processes have significantly diverged and specialized, with an extreme example being their mitochondrial ribosomes. These large complexes are in charge of translating the few essential mRNAs encoded by mitochondrial genomes. Structural studies performed in already highlighted the numerous peculiarities of these mitoribosomes and the maturation of their small subunit. However, several important aspects mainly related to the large subunit (LSU) remain elusive, such as the structure and maturation of its ribosomal RNA. Here we present a cryo-electron microscopy study of the protozoans and mitoribosomes. For both species, we obtained the structure of their mature mitoribosomes, complete rRNA of the LSU, as well as previously unidentified ribosomal proteins. In addition, we introduce the structure of an LSU assembly intermediate in the presence of 16 identified maturation factors. These maturation factors act on both the intersubunit and the solvent sides of the LSU, where they refold and chemically modify the rRNA and prevent early translation before full maturation of the LSU.
履歴
登録2020年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11796
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11796
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein L3-like protein
B: uL4m
C: RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein
D: uL10m
E: Putative ribosomal protein L11
F: 50S ribosomal protein L13-like protein
G: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
H: Ribosomal_L16 domain-containing protein
I: Putative 50S ribosomal protein L17
J: bL19m
K: bL20
L: bL21m
M: uL22m
N: uL23m
O: uL24m
P: bL27m
Q: bL28m
R: uL29m
S: uL30m
T: bL32m
U: bL33m
V: bL35m
W: bL36m
X: mL38
Y: mL40
Z: mL41
BA: mL94
UA: UA
BB: mL95
Aw: mL89
Bj: bL31m
An: mL76
Al: mL74
BI: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
Az: mL93
At: mL86
BC: mL96
Ab: L51_S25_CI-B8 domain-containing protein
Ai: mL69
Ap: mL80
Au: mL87
Aa: mL42
Ao: mL79
BM: mL70
Ar: mL84
Aj: mL72
BH: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
Am: mL75
Aq: mL82
BE: mL98
Ak: mL73
BP: mL52,mL52
Ad: mL49
BF: mL99
Av: mL88
Af: mL63
As: mL85
Ae: mL53
Ac: MRP-L46 domain-containing protein
Ah: mL68
BD: mL97
Ay: C2H2-type domain-containing protein
Ag: mL54/69
Ax: LIM zinc-binding domain-containing protein
BL: Putative ribosomal protein L2
BO: Putative ribosomal protein L14
BG: mL100
UB: UB
UC: UC
UD: UD
1: Ribosomal RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,045,00178
ポリマ－5,043,94571
非ポリマー1,0567
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 65種, 65分子 ABCDFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZBAUABBAwBj...

#1: タンパク質 Ribosomal protein L3-like protein


分子量: 54025.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9ADK5
#2: タンパク質 uL4m


分子量: 50000.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QGU6
#3: タンパク質 RIBOSOMAL_L9 domain-containing protein


分子量: 30510.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIE5
#4: タンパク質 uL10m


分子量: 22169.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QI77
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L13-like protein


分子量: 20500.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q2H6
#7: タンパク質 Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 43567.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QF19
#8: タンパク質 Ribosomal_L16 domain-containing protein


分子量: 19130.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QFP0
#9: タンパク質 Putative 50S ribosomal protein L17


分子量: 35830.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QF04
#10: タンパク質 bL19m


分子量: 16695.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QCY7
#11: タンパク質 bL20


分子量: 22442.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q192
#12: タンパク質 bL21m


分子量: 21037.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QFQ5
#13: タンパク質 uL22m


分子量: 32278.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QBR0
#14: タンパク質 uL23m


分子量: 28838.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QA05
#15: タンパク質 uL24m


分子量: 53621.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q9S7
#16: タンパク質 bL27m


分子量: 21610.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QG34
#17: タンパク質 bL28m


分子量: 27222.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q719
#18: タンパク質 uL29m


分子量: 54235.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q9XZY7
#19: タンパク質 uL30m


分子量: 45564.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q9U0Z7
#20: タンパク質 bL32m


分子量: 9865.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q2W9
#21: タンパク質 bL33m


分子量: 13473.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q2Q8
#22: タンパク質 bL35m


分子量: 18393.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QCK6
#23: タンパク質 bL36m


分子量: 21851.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q6A3
#24: タンパク質 mL38


分子量: 58116.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q5A3
#25: タンパク質 mL40


分子量: 33207.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q448
#26: タンパク質 mL41


分子量: 22673.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q152
#27: タンパク質 mL94


分子量: 17885.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9ACP5
#28: タンパク質 UA


分子量: 17294.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
#29: タンパク質 mL95


分子量: 18694.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q4D6
#30: タンパク質 mL89


分子量: 21557.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9AD00
#31: タンパク質 bL31m


分子量: 21261.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q0E1
#32: タンパク質 mL76


分子量: 38656.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q0F5
#33: タンパク質 mL74


分子量: 39392.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1C8
#35: タンパク質 mL93


分子量: 18858.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q4D9
#36: タンパク質 mL86


分子量: 21071.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q4L5
#37: タンパク質 mL96


分子量: 16713.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q5D8
#38: タンパク質 L51_S25_CI-B8 domain-containing protein


分子量: 31231.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q6A7
#39: タンパク質 mL69


分子量: 54183.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q7P8
#40: タンパク質 mL80


分子量: 27945.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q7V3
#41: タンパク質 mL87


分子量: 22265.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q8J6
#42: タンパク質 mL42


分子量: 22170.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q183
#43: タンパク質 mL79


分子量: 33388.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q547
#44: タンパク質 mL70


分子量: 50752.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q703
#45: タンパク質 mL84


分子量: 24621.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q712
#46: タンパク質 mL72


分子量: 56554.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q728
#48: タンパク質 mL75


分子量: 39654.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC22
#49: タンパク質 mL82


分子量: 37905.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QD92
#50: タンパク質 mL98


分子量: 13262.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QE16
#51: タンパク質 mL73


分子量: 36084.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QEC8
#52: タンパク質 mL52,mL52


分子量: 29196.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QGE0
#53: タンパク質 mL49


分子量: 26212.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIB3
#54: タンパク質 mL99


分子量: 13048.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIQ1
#55: タンパク質 mL88


分子量: 22340.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIT7
#56: タンパク質 mL63


分子量: 18099.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QJB6
#57: タンパク質 mL85


分子量: 27526.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9ABZ5
#58: タンパク質 mL53


分子量: 35479.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9ACG2
#59: タンパク質 MRP-L46 domain-containing protein


分子量: 33348.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QJ75
#60: タンパク質 mL68


分子量: 65792.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QC45
#61: タンパク質 mL97


分子量: 12078.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QE11
#62: タンパク質 C2H2-type domain-containing protein


分子量: 20926.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9ADN7
#63: タンパク質 mL54/69


分子量: 28602.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q829
#64: タンパク質 LIM zinc-binding domain-containing protein


分子量: 25173.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q7T1
#67: タンパク質 mL100


分子量: 146807.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: A0A504WW14
#68: タンパク質 UB


分子量: 5720.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
#69: タンパク質 UC


分子量: 12273.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
#70: タンパク質 UD


分子量: 8102.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)

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Putative ribosomal protein ... , 3種, 3分子 EBLBO

#5: タンパク質 Putative ribosomal protein L11


分子量: 40274.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: E9ACT9
#65: タンパク質 Putative ribosomal protein L2


分子量: 43379.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QIE1
#66: タンパク質 Putative ribosomal protein L14


分子量: 21633.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q2G1

-
Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 BIBH

#34: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 28924.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4Q1A6, peptidylprolyl isomerase
#47: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 25314.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)
参照: UniProt: Q4QBK2, peptidylprolyl isomerase

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 1

#71: RNA鎖 Ribosomal RNA


分子量: 2895416.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania major (大形リーシュマニア)

-
非ポリマー , 2種, 7分子

#72: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#73: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Leishmania mitochondrial ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#71 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Leishmania tarentolae (真核生物)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82060 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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