PDB-7ahm: Low-resolution structure of the K+/H+ antiporter subunit KhtT in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ahm

タイトル

Low-resolution structure of the K+/H+ antiporter subunit KhtT in complex with c-di-AMP

要素

K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Regulatory protein of K+/H+ antiporter / c-di-AMP binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.14 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Guerra, J.P. / Morais-Cabral, J.H.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: c-di-AMP, a likely master regulator of bacterial K + homeostasis machinery, activates a K + exporter.
著者: Cereija, T.B. / Guerra, J.P.L. / Jorge, J.M.P. / Morais-Cabral, J.H.

履歴

登録	2020年9月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ahm.cif.gz	282.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ahm.ent.gz	233.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ahm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ahm_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ahm_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7ahm_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	7ahm_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/7ahm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/7ahm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7agvSC 7agwC 7agyC 7ahtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tm4-2 5twb-d 3tm4-1 3tlj-1 1tu4-9 4geu-2 5yqr-d 3ud2-1 6rr9-d 6ykf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (4)

登録構造単位

A: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

B: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

C: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

D: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

ヘテロ分子

77.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

B: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

D: K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.651, 190.651, 84.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

#1: タンパク質	K(+)/H(+) antiporter subunit KhtT 分子量: 18939.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: khtT, yhaT, BSU09860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O07535
#2: 化合物	ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP 分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 75.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5 2.2 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.14→190.65 Å / Num. obs: 26877 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.175 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 3.14→3.36 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 1.698 / Num. unique obs: 4922 / CC_1/2: 0.714 / R_pim(I) all: 0.55 / R_rim(I) all: 1.789 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AGV

7agv

解像度: 3.14→85.262 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2724	1304	4.86 %
R_work	0.2373	25517	-
obs	0.239	26821	96.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 337.25 Å² / B_iso mean: 171.0599 Å² / B_iso min: 74.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.14→85.262 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5138	0	88	0	5226
B_iso mean	-	-	166.87	-	-
残基数	-	-	-	-	647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.581	7168
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	812
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	918
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.763	2042

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.1401-3.2659	0.4143	145	0.3741	2865	100
3.2659-3.4145	0.3634	137	0.3252	2867	100
3.4145-3.5945	0.3217	127	0.2906	2548	88
3.5945-3.8197	0.3017	132	0.2785	2582	89
3.8197-4.1147	0.2954	155	0.2376	2648	92
4.1147-4.5287	0.2348	142	0.2015	2927	100
4.5287-5.1839	0.2398	147	0.2026	2950	100
5.1839-6.5309	0.3187	169	0.266	2981	100
6.5309-85.262	0.2374	150	0.2187	3149	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9654	-3.7221	-4.7548	7.2308	4.3341	5.4726	-1.1343	-1.0582	-0.431	2.1813	0.7319	-0.6777	2.953	2.3116	0.292	1.517	0.2231	0.0963	1.133	-0.0828	0.9044	28.5906	84.6113	5.6257
2	3.4277	0.6648	-2.1957	8.4798	0.5936	6.2883	0.0007	0.3743	-0.3452	0.4243	-0.3547	-0.8389	0.9676	0.8074	0.2735	1.2119	0.1773	0.0555	0.9938	0.0751	0.8738	17.1331	81.6286	1.2451
3	8.6455	0.2558	-2.2793	5.5016	3.2074	6.8765	-0.0349	1.8617	-0.6307	-0.4546	0.2033	-0.3259	0.4079	0.0302	-0.0675	1.409	0.2317	0.0681	1.0224	-0.2103	0.9104	18.7548	69.5049	-25.5812
4	2.8195	1.2969	-4.3114	2.1968	-0.3367	8.4228	0.0933	-0.3678	-0.8125	-0.0785	-0.3652	0.4223	0.9805	-1.1582	0.167	1.4469	-0.0326	-0.048	0.8462	-0.1187	1.0684	7.1248	79.4888	7.221
5	7.0633	1.1931	1.0209	1.8513	2.0464	7.8032	-0.0247	1.2559	-0.1722	-0.2688	-0.0811	0.0062	0.1155	-0.2017	0.0638	0.9058	0.1696	0.0825	0.5679	-0.0127	0.7949	8.3467	83.0389	-15.6487
6	6.9284	2.1041	-0.9231	7.3532	0.7477	2.0765	-1.1475	0.2031	0.3588	-0.7112	-0.3742	0.1658	1.5079	1.0944	1.6936	1.5158	0.4059	0.2558	1.4781	0.1321	0.9708	41.0888	83.0293	-27.1552
7	2.7527	1.4778	2.0064	3.8337	4.4883	5.3285	-0.0201	0.5694	-0.4931	-0.9721	0.036	0.9818	-1.0833	-0.2542	0.0934	1.7833	0.6531	0.0348	1.3769	-0.0332	1.1687	37.5464	73.8689	-29.3281
8	3.4059	-1.9345	1.6677	3.0364	-1.4332	3.0591	0.1115	0.1085	1.0032	0.7032	0.0764	-0.1354	0.2871	1.4643	-0.1394	2.1399	1.051	0.0047	2.2778	0.2062	1.2272	52.6391	68.3234	-14.6631
9	5.1445	-0.7358	0.0472	3.9956	-1.3092	0.7636	-1.4841	-0.8066	-1.2644	1.2489	0.7437	0.0613	1.8146	1.6988	0.4832	2.3578	1.1108	0.3746	1.5724	0.2515	1.1204	37.1307	61.9008	4.805
10	3.4351	1.8642	-5.4233	2.3699	-2.5357	8.6638	1.3097	2.4581	-0.5047	-0.8828	-0.7162	-0.5477	-0.5838	0.1576	-0.2626	1.7199	0.737	0.0499	1.8786	0.0492	1.0759	52.3753	62.3757	-28.5611
11	5.5763	7.05	0.4163	8.9387	0.4937	0.1619	-0.4949	3.4052	-2.2053	-0.2089	0.9494	-2.6121	0.275	-0.5592	-0.4076	2.3674	0.7731	0.3029	2.2931	-0.1337	1.4789	52.7988	69.5774	-34.5615
12	3.5732	1.5111	4.2428	2.1738	1.1895	5.7281	0.3547	1.0975	-2.2567	2.2113	1.2238	-1.1498	1.3205	0.5509	-1.9656	3.062	1.3669	-0.0183	2.7414	-0.4836	1.95	42.9506	64.7792	-36.3436
13	9.9459	3.1075	0.2146	6.1662	-5.5398	6.076	0.0826	-0.4432	1.0863	-0.3304	-0.386	-0.2593	0.7258	2.1379	0.2624	1.4325	0.6676	0.1245	1.5732	-0.0171	1.1289	48.7098	79.425	-19.0006
14	3.1348	-3.694	-3.4681	4.3338	4.0846	3.8719	1.7574	1.2229	0.1186	-1.8293	-1.2769	0.1732	-0.1692	1.794	-0.0406	1.6452	0.536	-0.1482	1.6588	-0.0944	1.1942	53.7508	70.3818	1.3245
15	5.2901	-5.1297	2.2062	7.4566	-2.9703	1.3224	-0.4583	-0.6214	0.0274	-0.0434	0.0066	0.2954	-0.0058	0.4362	0.0123	1.1654	2.7076	-0.9491	2.5666	-0.3363	1.8712	64.777	55.7471	13.0725
16	5.712	1.2155	-2.1958	7.5119	2.3604	2.1888	-0.4702	-0.9259	-0.0025	0.8019	-0.1658	-0.5601	-0.9597	0.8443	0.2691	2.3958	1.5032	0.0544	2.7991	0.103	1.1657	55.2265	57.4744	9.5878
17	3.1796	-0.7935	-2.0723	4.7216	3.9211	3.9217	-0.3118	-0.8745	-0.8164	0.3125	-0.4155	-0.3389	0.5879	0.7005	0.847	2.4094	1.1886	-0.076	2.7812	0.2632	1.1824	57.9921	61.0905	9.3553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )	A	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 82 )	A	41 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 83 through 162 )	A	83 - 162
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -1 through 30 )	B	-1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 31 through 161 )	B	31 - 161
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 1 through 30 )	C	1 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 31 through 55 )	C	31 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 56 through 82 )	C	56 - 82
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 83 through 161 )	C	83 - 161
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 0 through 30 )	D	0 - 30
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 31 through 40 )	D	31 - 40
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 41 through 55 )	D	41 - 55
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 56 through 78 )	D	56 - 78
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 79 through 92 )	D	79 - 92
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 93 through 103 )	D	93 - 103
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 104 through 126 )	D	104 - 126
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 127 through 160 )	D	127 - 160

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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