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万見
- PDB-7ahi: Substrate-engaged type 3 secretion system needle complex from Sal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ahi
タイトルSubstrate-engaged type 3 secretion system needle complex from Salmonella enterica typhimurium - SpaR state 2
要素
  • (Surface presentation of antigens protein ...) x 3
  • Lipoprotein PrgK
  • Protein PrgH
  • Protein PrgI
  • Protein PrgJ
  • SptP3x-GFP-FLAG
  • Type 3 secretion system secretin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T3SS / Export Apparatus / Injectisome / Needle Complex / Substrate
機能・相同性
機能・相同性情報


The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region ...The IPAF inflammasome / type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / protein secretion / protein targeting / cell outer membrane / protein transport / cell surface / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain ...: / Type III secretion protein SpaR/YscT / Type III secretion protein HrpO / Yop virulence translocation protein R / Type III secretion system, PrgH/EprH / Type III secretion system lipoprotein HrcJ/YscJ / Type III secretion system, PrgH/EprH-like / Type III secretion system protein PrgH-EprH (PrgH) / : / SPI-1 type 3 secretion system secretin, N0 domain / Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Type III secretion system inner membrane R protein / Bacterial export protein family 3 / Bacterial export proteins, family 1 / Bacterial export proteins, family 3 / Flagella transport protein fliP family signature 1. / Type III secretion system inner membrane P protein / FliP family / Flagella transport protein fliP family signature 2. / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / : / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Lipoprotein YscJ/Flagellar M-ring protein / Secretory protein of YscJ/FliF family / Flagellar M-ring , N-terminal / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Surface presentation of antigens protein SpaQ / SPI-1 type 3 secretion system secretin / Surface presentation of antigens protein SpaP / Surface presentation of antigens protein SpaR / Protein PrgH / SPI-1 type 3 secretion system needle filament protein / Protein PrgJ / Lipoprotein PrgK
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Fahrenkamp, D. / Goessweiner-Mohr, N. / Miletic, S. / Wald, J. / Marlovits, T.
資金援助 オーストリア, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundI 2408-B22 オーストリア
German Research Foundation (DFG)FA1518/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Substrate-engaged type III secretion system structures reveal gating mechanism for unfolded protein translocation.
著者: Sean Miletic / Dirk Fahrenkamp / Nikolaus Goessweiner-Mohr / Jiri Wald / Maurice Pantel / Oliver Vesper / Vadim Kotov / Thomas C Marlovits /
要旨: Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome ...Many bacterial pathogens rely on virulent type III secretion systems (T3SSs) or injectisomes to translocate effector proteins in order to establish infection. The central component of the injectisome is the needle complex which assembles a continuous conduit crossing the bacterial envelope and the host cell membrane to mediate effector protein translocation. However, the molecular principles underlying type III secretion remain elusive. Here, we report a structure of an active Salmonella enterica serovar Typhimurium needle complex engaged with the effector protein SptP in two functional states, revealing the complete 800Å-long secretion conduit and unraveling the critical role of the export apparatus (EA) subcomplex in type III secretion. Unfolded substrates enter the EA through a hydrophilic constriction formed by SpaQ proteins, which enables side chain-independent substrate transport. Above, a methionine gasket formed by SpaP proteins functions as a gate that dilates to accommodate substrates while preventing leaky pore formation. Following gate penetration, a moveable SpaR loop first folds up to then support substrate transport. Together, these findings establish the molecular basis for substrate translocation through T3SSs and improve our understanding of bacterial pathogenicity and motility.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_sheet_hbond ...pdbx_database_status / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11781
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11781
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: Surface presentation of antigens protein SpaP
1B: Surface presentation of antigens protein SpaP
1C: Surface presentation of antigens protein SpaP
1D: Surface presentation of antigens protein SpaP
1E: Surface presentation of antigens protein SpaP
1F: Surface presentation of antigens protein SpaR
1G: Surface presentation of antigens protein SpaQ
1H: Surface presentation of antigens protein SpaQ
1I: Surface presentation of antigens protein SpaQ
1J: Surface presentation of antigens protein SpaQ
1K: Protein PrgJ
1L: Protein PrgJ
1M: Protein PrgJ
1N: Protein PrgJ
1O: Protein PrgJ
1P: Protein PrgJ
1Z: SptP3x-GFP-FLAG
2A: Protein PrgI
2B: Protein PrgI
2C: Protein PrgI
2D: Protein PrgI
2E: Protein PrgI
2F: Protein PrgI
2G: Protein PrgI
2H: Protein PrgI
2I: Protein PrgI
2J: Protein PrgI
2K: Protein PrgI
2L: Protein PrgI
2M: Protein PrgI
2N: Protein PrgI
2O: Protein PrgI
2P: Protein PrgI
2Q: Protein PrgI
2R: Protein PrgI
2S: Protein PrgI
2T: Protein PrgI
2U: Protein PrgI
2V: Protein PrgI
2W: Protein PrgI
2X: Protein PrgI
2Y: Protein PrgI
2Z: Protein PrgI
3A: Protein PrgI
3B: Protein PrgI
3C: Protein PrgI
3D: Protein PrgI
3E: Protein PrgI
3F: Protein PrgI
3G: Protein PrgI
3H: Protein PrgI
3I: Protein PrgI
3J: Protein PrgI
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3Z: Protein PrgI
4A: Protein PrgI
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4C: Protein PrgI
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4G: Protein PrgI
4H: Protein PrgI
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4T: Protein PrgI
5A: Type 3 secretion system secretin
5B: Type 3 secretion system secretin
5C: Type 3 secretion system secretin
5D: Type 3 secretion system secretin
5E: Type 3 secretion system secretin
5F: Type 3 secretion system secretin
5G: Type 3 secretion system secretin
5H: Type 3 secretion system secretin
5I: Type 3 secretion system secretin
5J: Type 3 secretion system secretin
5K: Type 3 secretion system secretin
5L: Type 3 secretion system secretin
5M: Type 3 secretion system secretin
5N: Type 3 secretion system secretin
5O: Type 3 secretion system secretin
5P: Type 3 secretion system secretin
6A: Lipoprotein PrgK
6B: Lipoprotein PrgK
6C: Lipoprotein PrgK
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6E: Lipoprotein PrgK
6F: Lipoprotein PrgK
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7A: Protein PrgH
7B: Protein PrgH
7C: Protein PrgH
7D: Protein PrgH
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7F: Protein PrgH
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7H: Protein PrgH
7I: Protein PrgH
7J: Protein PrgH
7K: Protein PrgH
7L: Protein PrgH
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7T: Protein PrgH
7U: Protein PrgH
7V: Protein PrgH
7W: Protein PrgH
7X: Protein PrgH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,649,166167
ポリマ－3,643,576153
非ポリマー5,59014
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

-
Surface presentation of antigens protein ... , 3種, 10分子 1A1B1C1D1E1F1G1H1I1J

#1: タンパク質
Surface presentation of antigens protein SpaP


分子量: 25249.596 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P40700
#2: タンパク質 Surface presentation of antigens protein SpaR


分子量: 28499.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P40701
#3: タンパク質
Surface presentation of antigens protein SpaQ


分子量: 9363.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P0A1L7

-
タンパク質 , 6種, 143分子 1K1L1M1N1O1P1Z2A2B2C2D2E2F2G2H2I2J2K2L2M2N2O2P2Q2R2S2T2U2V2W...

#4: タンパク質
Protein PrgJ


分子量: 10934.425 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41785
#5: タンパク質 SptP3x-GFP-FLAG


分子量: 12017.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
発現宿主: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
#6: タンパク質 ...
Protein PrgI


分子量: 8864.868 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41784
#7: タンパク質
Type 3 secretion system secretin / T3SS secretin / Protein InvG


分子量: 61835.559 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P35672
#8: タンパク質 ...
Lipoprotein PrgK


分子量: 28245.287 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41786
#9: タンパク質 ...
Protein PrgH


分子量: 44509.367 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
参照: UniProt: P41783

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非ポリマー , 2種, 14分子

#10: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#11: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Substrate-engaged T3SS needle complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.84 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18_3861精密化
PHENIX1.18_3861精密化
UCSF ChimeraX0.93/v8モデル構築
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7Coot0.9bモデルフィッティング
8ISOLDE1.0b5モデルフィッティング
14ISOLDE1.0b5モデル精密化
15PHENIX1.18-6831モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 77411 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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