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- PDB-7aez: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase NDM-7 with 407 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aez
タイトルCrystal structure of the metallo-beta-lactamase NDM-7 with 407
要素Metallo-beta-lactamase NDM-7
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE METALLO-BETA-LACTAMASE ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHOXYETHANOL / Chem-R8W / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.018 Å
データ登録者Brem, J. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Innovative Medicines InitiativeENABLE 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)(BB/S50676X/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Not available yet
著者: Brem, J. / Schofield, C.J.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase NDM-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2519
ポリマ－24,4001
非ポリマー8518
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area9760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.746, 58.736, 83.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase NDM-7 / NDM-7 / New Delhi metallo beta lactamase 7


分子量: 24400.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS208 is sp2 hybridised at CA / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLyS / 参照: UniProt: X5CZV5

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非ポリマー , 7種, 340分子

#2: 化合物 ChemComp-R8W / 7-propan-2-yl-3-[4-(1,2,4-triazol-1-ylmethyl)phenyl]-1~{H}-indole-2-carboxylic acid


分子量: 360.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Bis Tris pH 5.5 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.01843→27.97 Å / Num. obs: 97817 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 8.56 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.01843-1.045.70.6452046836030.8210.2810.7072.646.7
4.55-27.9711.60.0371551213400.9990.0110.03862.699.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.09 Å27.97 Å
Translation6.09 Å27.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TZF

4tzf


解像度: 1.018→27.719 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 9.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1129 1999 2.05 %
Rwork0.1044 95723 -
obs0.1046 97722 92.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 50.2 Å2 / Biso mean: 13.1449 Å2 / Biso min: 6.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.018→27.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1710 0 103 358 2171
Biso mean--26.75 26.95 -
残基数----231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0182764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.961723
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.0184-1.04390.1883710.2122338146
1.0439-1.07210.203950.1716465564
1.0721-1.10370.14351260.1329596281
1.1037-1.13930.13221500.1132722098
1.1393-1.180.1041530.09547337100
1.18-1.22730.09731550.09287357100
1.2273-1.28310.10411530.08857386100
1.2831-1.35080.09981550.0897366100
1.3508-1.43540.10091540.08757410100
1.4354-1.54620.10131560.08427407100
1.5462-1.70180.10031540.08957418100
1.7018-1.9480.10181560.09317496100
1.948-2.4540.10331590.09917529100
2.454-27.70.12761620.12137799100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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