PDB-7ael: alpha 1-antitrypsin (C232S) complexed with GSK716

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ael

タイトル

alpha 1-antitrypsin (C232S) complexed with GSK716

要素

Alpha-1-antitrypsin

キーワード

PROTEIN BINDING / SERPIN / SERINE PROTEASE INHIBITOR

機能・相同性

機能・相同性情報

Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Embo Mol Med / 年: 2021
タイトル: Development of a small molecule that corrects misfolding and increases secretion of Z alpha 1 -antitrypsin.
著者: Lomas, D.A. / Irving, J.A. / Arico-Muendel, C. / Belyanskaya, S. / Brewster, A. / Brown, M. / Chung, C.W. / Dave, H. / Denis, A. / Dodic, N. / Dossang, A. / Eddershaw, P. / Klimaszewska, D. / ...

履歴

登録	2020年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ael.cif.gz	98.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ael.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ael.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ael_validation.pdf.gz	789.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ael_full_validation.pdf.gz	790.3 KB	表示
XML形式データ	7ael_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	7ael_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ael ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ael	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7npk-d 4fmv-d 3nye-d 3rp6-d 2ceo-1 4ckq-d 4q4d-d 5dgi-d 2gvy-2 1ua7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (13) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Alpha-1-antitrypsin

ヘテロ分子

46.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.954, 39.592, 90.517
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.961, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Alpha-1-antitrypsin / Alpha-1 protease inhibitor / Alpha-1-antiproteinase / Serpin A1 分子量: 45595.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: TFNKITPNLAEFAFSLYRQLAHQSNSTNIFFSPVSIATAFAMLSLGTKADTHDEILEGLN FNLTEIPEAQIHEGFQELLRTLNQPDSQLQLTTGNGLFLSEGLKLVDKFLEDVKKLYHSE AFTVNFGDTEEAKKQINDYVEKGTQGKIVDLVKELDRDTVFALVNYIFFKGKWERPFEVK ...詳細: TFNKITPNLAEFAFSLYRQLAHQSNSTNIFFSPVSIATAFAMLSLGTKADTHDEILEGLN FNLTEIPEAQIHEGFQELLRTLNQPDSQLQLTTGNGLFLSEGLKLVDKFLEDVKKLYHSE AFTVNFGDTEEAKKQINDYVEKGTQGKIVDLVKELDRDTVFALVNYIFFKGKWERPFEVK DTEEEDFHVDQVTTVKVPMMKRLGMFNIQHSKKLSSWVLLMKYLGNATAIFFLPDEGKLQ HLENELTHDIITKFLENEDRRSASLHLPKLSITGTYDLKSVLGQLGITKVFSNGADLSGV TEEAPLKLSKAVHKAVLTIDPMSIPPEVKFNKPFVFLMIEQNTKSPLFMGKVVNPTQ 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA1, AAT, PI, PRO0684, PRO2209 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01009
#2: 化合物	ChemComp-R7Z / ~{N}-[(1~{S},2~{R})-1-(3-fluoranyl-2-methyl-phenyl)-1-oxidanyl-pentan-2-yl]-2-oxidanylidene-1,3-dihydroindole-4-carboxamide 分子量: 370.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃FN₂O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 22% PEG1500, 0.2M MES pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→55.05 Å / Num. obs: 38875 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.61
反射シェル	解像度: 1.76→1.823 Å / R_merge(I) obs: 0.5007 / Num. unique obs: 3853 / CC_1/2: 0.805

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: internal

解像度: 1.76→55.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.835 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2239	1916	4.929 %
R_work	0.1893	36959	-
all	0.191	-	-
obs	-	38875	98.914 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.746 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.974 Å²	0 Å²	0.712 Å²
2-	-	1.199 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→55.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2837	0	32	289	3158

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.225	1.638	4014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.234	1.584	6476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.398	5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.4	25.036	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.574	15	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.296	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	573
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.167	0.2	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.944	5.473	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.945	5.469	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.033	12.28	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.032	12.287	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.113	6.163	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.115	6.164	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.555	13.438	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.56	13.441	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.962	49.732	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.961	49.723	3142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.804	0.32	131	0.28	2727	X-RAY DIFFRACTION	98.6878
1.804-1.854	0.256	138	0.25	2620	X-RAY DIFFRACTION	98.924
1.854-1.907	0.259	138	0.233	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.1639
1.907-1.966	0.256	129	0.224	2503	X-RAY DIFFRACTION	99.0964
1.966-2.03	0.218	113	0.205	2403	X-RAY DIFFRACTION	99.1332
2.03-2.102	0.251	131	0.214	2377	X-RAY DIFFRACTION	99.2089
2.102-2.181	0.235	131	0.21	2224	X-RAY DIFFRACTION	98.9912
2.181-2.27	0.214	95	0.195	2204	X-RAY DIFFRACTION	99.0948
2.27-2.371	0.216	107	0.193	2089	X-RAY DIFFRACTION	99.3216
2.371-2.486	0.267	107	0.188	2023	X-RAY DIFFRACTION	99.1159
2.486-2.621	0.241	107	0.189	1902	X-RAY DIFFRACTION	99.112
2.621-2.779	0.2	96	0.183	1792	X-RAY DIFFRACTION	99.4208
2.779-2.971	0.234	81	0.191	1701	X-RAY DIFFRACTION	98.7258
2.971-3.209	0.263	73	0.202	1602	X-RAY DIFFRACTION	98.9953
3.209-3.515	0.226	79	0.204	1456	X-RAY DIFFRACTION	98.3344
3.515-3.929	0.248	81	0.183	1317	X-RAY DIFFRACTION	98.0365
3.929-4.535	0.178	72	0.155	1167	X-RAY DIFFRACTION	98.4897
4.535-5.551	0.177	50	0.152	1009	X-RAY DIFFRACTION	99.1573
5.551-7.834	0.201	31	0.185	797	X-RAY DIFFRACTION	98.4542
7.834-55.05	0.202	26	0.177	456	X-RAY DIFFRACTION	97.7688

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)