[日本語] English
万見
- PDB-7aej: Crystal structure of asymmetric HIV-1 gp41 containing all membran... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aej
タイトルCrystal structure of asymmetric HIV-1 gp41 containing all membrane anchors
要素
  • 2H10
  • Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
キーワードVIRAL PROTEIN / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...: / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Caillat, C. / Guilligay, D. / Weissenhorn, W.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Structure of HIV-1 gp41 with its membrane anchors targeted by neutralizing antibodies.
著者: Caillat, C. / Guilligay, D. / Torralba, J. / Friedrich, N. / Nieva, J.L. / Trkola, A. / Chipot, C.J. / Dehez, F.L. / Weissenhorn, W.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
A: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
B: Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160
D: 2H10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8274
ポリマ－78,8274
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14740 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area29350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.750, 101.414, 234.417
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160,Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 21824.969 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gp41 was expressed as two separate chains, one containing residues 512-581 and one containng residues 629-715,Gp41 was expressed as two separate chains, one containing residues 512-581 and ...詳細: Gp41 was expressed as two separate chains, one containing residues 512-581 and one containng residues 629-715,Gp41 was expressed as two separate chains, one containing residues 512-581 and one containng residues 629-715,Gp41 was expressed as two separate chains, one containing residues 512-581 and one containng residues 629-715,Gp41 was expressed as two separate chains, one containing residues 512-581 and one containng residues 629-715
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2CPZ5
#2: 抗体 2H10


分子量: 13351.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VHH / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium citrate pH 6.0 0.2M ammonium sulfate 20 % PEG 200 0.1 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→49.56 Å / Num. obs: 11179 / % possible obs: 78.01 % / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 85.33 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Net I/σ(I): 4.75
反射 シェル解像度: 3.8→3.936 Å / Num. unique obs: 631 / CC1/2: 0.628

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1env, 4b50

1env

4b50


解像度: 3.8→49.56 Å / SU ML: 0.5169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.8736
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3077 550 5.99 %
Rwork0.2653 8634 -
obs0.2677 9184 78.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4440 0 0 0 4440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00344517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65986114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0455694
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004765
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5135584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-4.180.34331090.28691624X-RAY DIFFRACTION60.22
4.18-4.790.29821170.24522064X-RAY DIFFRACTION75.44
4.79-6.030.30411550.29192311X-RAY DIFFRACTION84.63
6.03-49.560.30261690.2562635X-RAY DIFFRACTION92.12
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.12837911302-1.50318139749-0.9621022913633.639045388250.1049526859594.206747691560.2768553358921.16566756689-0.2591760888040.170683848228-0.153793861821-0.6509280292930.3161217529121.40721249122-1.798954322670.20565024438-0.41076826658-0.89605225293-0.106816459198-0.552804192584-0.431161303132-10.8891235352-8.65318627233-55.3547395399
22.82200546099-0.813370900688-0.7896903652313.089238917881.563897414221.4381907930.409377253118-0.481048364068-0.695208250722-0.14113477822-0.312833438037-0.03078262345561.3644841654-1.7959385917-0.1564697577080.390929512171-0.1023559692890.06697924923630.8249986361250.0636365397050.46271759942-7.55677508261-17.0738416626-53.3999065768
30.0841235144001-0.0332746356914-0.1244124638110.04081959942740.08751938661360.154729216252-0.06562401351170.0138220111696-0.757294196049-0.913589771851-0.2892888253610.2682945899680.317264086520.09722374363381.087517127E-61.615236857650.115392179101-0.280940766021.63547042065-0.03711877563631.40774286263-32.4916757251-23.3802565037-100.930487982
41.36396185528-1.46605565932-0.1046022838273.731867618110.7551089260912.114315379140.256552570555-1.079718132790.3967412595980.953683106360.1562839923830.04844881235360.412432366041-0.8931870269420.3108765612860.613678329338-0.156562824164-0.3438450788820.530442906592-0.06458547118680.844335038679-13.6663131624-4.42005757432-46.2511294024
50.566000360483-0.379064147936-0.6291269503230.8328840181210.6677774064180.859805253531-0.2222708519760.3183122455311.572837351780.5663946733-0.489345095461-0.1123210762680.1438570950840.355736794558-0.01066230413960.616720922219-0.0658140647158-0.07748500444070.539723112664-0.01357038753030.546866728797-5.977989953091.39206829945-52.1166030251
62.80899450762-0.365176643918-0.5429512128722.994819983642.898716390616.790155976140.436266691849-0.5545232780110.0172103555249-0.1815824004561.262392183380.1764691246191.13266412245-1.207470900192.835873350311.69188658896-0.22992377398-1.297320835970.9924501435560.1607676416070.424664164182-43.8687826578-6.74459937902-80.7081434136
71.124431919950.730620731384-0.08482953958192.11557802785-1.264438355460.6986400198650.649987570914-0.439163601187-0.281558490555-0.006430982016140.08838732408390.3590966171280.590114713804-0.3834450349340.2974121463060.4675799516930.2636008360740.1654946557840.866426382418-0.4083342312270.378512191067-15.1321588093-12.3846410064-52.2222232653
80.527178977151-0.432722774491-0.1287327560261.95982847325-1.212954749761.05568766607-0.0784617794991-0.4672957106310.239284555969-0.189712053538-0.9157264823310.5598622118550.571391622549-1.75768407616-0.0009925235737570.5211177271660.00187156077681-0.03269729043381.2190625654-0.2052628503991.04515487516-29.9534281911-15.6981023411-66.071084681
93.34787029139-1.0737890555-1.691722373622.64526440035-0.3903722440491.474990166510.3036522500970.3623449929330.0878762778713-0.312844222197-0.00303614991470.05909813023890.189871331084-0.2191403815595.47689005994E-60.512105152369-0.0107866928019-0.1674659203720.42541761335-0.04994444917570.928117953987-32.165911590517.816235583-63.3357168162
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 518 through 588 )CA518 - 5881 - 71
22chain 'C' and (resid 589 through 670 )CA589 - 67072 - 120
33chain 'C' and (resid 671 through 706 )CA671 - 706121 - 156
44chain 'A' and (resid 527 through 588 )AB527 - 5881 - 62
55chain 'A' and (resid 589 through 663 )AB589 - 66363 - 99
66chain 'A' and (resid 664 through 693 )AB664 - 693100 - 129
77chain 'B' and (resid 518 through 627 )BC518 - 6271 - 72
88chain 'B' and (resid 628 through 700 )BC628 - 70073 - 145
99chain 'D' and (resid 1 through 112 )DD1 - 1121 - 121

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る