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- PDB-7ae9: Crystal structure of mono-AMPylated HEPN(R46E) toxin in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ae9
タイトルCrystal structure of mono-AMPylated HEPN(R46E) toxin in complex with MNT antitoxin
要素
  • HEPN toxin
  • MNT ANTITOXIN
キーワードTOXIN/ANTITOXIN / toxin-antitoxin system / MNT-HEPN / AMPylation / TOXIN-ANTITOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein adenylyltransferase / toxin-antitoxin complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
bsu32300-like / : / Polymerase beta, nucleotidyltransferase / Polymerase beta, Nucleotidyltransferase / Ribonuclease HepT-like / tRNA nuclease HepT-like superfamily / : / Ribonuclease HepT-like / Nucleotidyltransferase superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...bsu32300-like / : / Polymerase beta, nucleotidyltransferase / Polymerase beta, Nucleotidyltransferase / Ribonuclease HepT-like / tRNA nuclease HepT-like superfamily / : / Ribonuclease HepT-like / Nucleotidyltransferase superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / Protein adenylyltransferase MntA / tRNA nuclease HepT
類似検索 - 構成要素
生物種Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Sasnauskas, G. / Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Siksnys, V.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HEPN-MNT Toxin-Antitoxin System: The HEPN Ribonuclease Is Neutralized by OligoAMPylation.
著者: Songailiene, I. / Juozapaitis, J. / Tamulaitiene, G. / Ruksenaite, A. / Sulcius, S. / Sasnauskas, G. / Venclovas, C. / Siksnys, V.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HEPN toxin
B: HEPN toxin
C: HEPN toxin
D: HEPN toxin
E: MNT ANTITOXIN
F: MNT ANTITOXIN
G: MNT ANTITOXIN
H: MNT ANTITOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,71611
ポリマ－142,7718
非ポリマー9463
水905
1
A: HEPN toxin
B: HEPN toxin
E: MNT ANTITOXIN
F: MNT ANTITOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0166
ポリマ－71,3854
非ポリマー6302
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area25270 Å2
手法PISA
2
C: HEPN toxin
D: HEPN toxin
G: MNT ANTITOXIN
H: MNT ANTITOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7015
ポリマ－71,3854
非ポリマー3151
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8500 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.250, 204.543, 73.258
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 13 or (resid 14...
21(chain B and (resid 3 through 13 or (resid 14...
31(chain C and (resid 3 through 13 or (resid 14...
41(chain D and ((resid 3 and (name N or name...
12(chain E and (resid 6 or (resid 7 through 14...
22(chain F and (resid 6 through 33 or (resid 34...
32(chain G and (resid 6 or (resid 7 through 14...
42(chain H and (resid 6 through 17 or (resid 18...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNLEULEU(chain A and (resid 3 through 13 or (resid 14...AA3 - 133 - 13
121GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 3 through 13 or (resid 14...AA1414
131ASNASNLEULEU(chain A and (resid 3 through 13 or (resid 14...AA3 - 1483 - 148
141ASNASNLEULEU(chain A and (resid 3 through 13 or (resid 14...AA3 - 1483 - 148
151ASNASNLEULEU(chain A and (resid 3 through 13 or (resid 14...AA3 - 1483 - 148
161ASNASNLEULEU(chain A and (resid 3 through 13 or (resid 14...AA3 - 1483 - 148
211ASNASNLEULEU(chain B and (resid 3 through 13 or (resid 14...BB3 - 133 - 13
221GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 3 through 13 or (resid 14...BB1414
231ASNASNGLUGLU(chain B and (resid 3 through 13 or (resid 14...BB3 - 1443 - 144
241ASNASNGLUGLU(chain B and (resid 3 through 13 or (resid 14...BB3 - 1443 - 144
251ASNASNGLUGLU(chain B and (resid 3 through 13 or (resid 14...BB3 - 1443 - 144
261ASNASNGLUGLU(chain B and (resid 3 through 13 or (resid 14...BB3 - 1443 - 144
311ASNASNLEULEU(chain C and (resid 3 through 13 or (resid 14...CC3 - 133 - 13
321GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 3 through 13 or (resid 14...CC1414
331THRTHRGLUGLU(chain C and (resid 3 through 13 or (resid 14...CC2 - 1452 - 145
341THRTHRGLUGLU(chain C and (resid 3 through 13 or (resid 14...CC2 - 1452 - 145
351THRTHRGLUGLU(chain C and (resid 3 through 13 or (resid 14...CC2 - 1452 - 145
361THRTHRGLUGLU(chain C and (resid 3 through 13 or (resid 14...CC2 - 1452 - 145
411ASNASNASNASN(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD33
421ASNASNGLUGLU(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD3 - 1443 - 144
431ASNASNGLUGLU(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD3 - 1443 - 144
441ASNASNGLUGLU(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD3 - 1443 - 144
451ASNASNGLUGLU(chain D and ((resid 3 and (name N or name...DD3 - 1443 - 144
112PROPROPROPRO(chain E and (resid 6 or (resid 7 through 14...EE66
122THRTHRLEULEU(chain E and (resid 6 or (resid 7 through 14...EE7 - 147 - 14
132LYSLYSVALVAL(chain E and (resid 6 or (resid 7 through 14...EE4 - 1504 - 150
142LYSLYSVALVAL(chain E and (resid 6 or (resid 7 through 14...EE4 - 1504 - 150
152LYSLYSVALVAL(chain E and (resid 6 or (resid 7 through 14...EE4 - 1504 - 150
212PROPROSERSER(chain F and (resid 6 through 33 or (resid 34...FF6 - 336 - 33
222ARGARGTHRTHR(chain F and (resid 6 through 33 or (resid 34...FF34 - 3634 - 36
232PROPROVALVAL(chain F and (resid 6 through 33 or (resid 34...FF6 - 1506 - 150
242PROPROVALVAL(chain F and (resid 6 through 33 or (resid 34...FF6 - 1506 - 150
252PROPROVALVAL(chain F and (resid 6 through 33 or (resid 34...FF6 - 1506 - 150
262PROPROVALVAL(chain F and (resid 6 through 33 or (resid 34...FF6 - 1506 - 150
312PROPROPROPRO(chain G and (resid 6 or (resid 7 through 14...GG66
322THRTHRLEULEU(chain G and (resid 6 or (resid 7 through 14...GG7 - 147 - 14
332LYSLYSVALVAL(chain G and (resid 6 or (resid 7 through 14...GG4 - 1504 - 150
342LYSLYSVALVAL(chain G and (resid 6 or (resid 7 through 14...GG4 - 1504 - 150
352LYSLYSVALVAL(chain G and (resid 6 or (resid 7 through 14...GG4 - 1504 - 150
362LYSLYSVALVAL(chain G and (resid 6 or (resid 7 through 14...GG4 - 1504 - 150
412PROPROARGARG(chain H and (resid 6 through 17 or (resid 18...HH6 - 176 - 17
422LEULEULYSLYS(chain H and (resid 6 through 17 or (resid 18...HH18 - 2118 - 21
432ILEILEVALVAL(chain H and (resid 6 through 17 or (resid 18...HH5 - 1505 - 150
442ILEILEVALVAL(chain H and (resid 6 through 17 or (resid 18...HH5 - 1505 - 150
452ILEILEVALVAL(chain H and (resid 6 through 17 or (resid 18...HH5 - 1505 - 150
462ILEILEVALVAL(chain H and (resid 6 through 17 or (resid 18...HH5 - 1505 - 150

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
HEPN toxin


分子量: 18312.643 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア)
遺伝子: OA07_26455 / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0A0B0QJR1
#2: タンパク質
MNT ANTITOXIN


分子量: 17380.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aphanizomenon flos-aquae 2012/KM1/D3 (バクテリア)
遺伝子: OA07_26450 / プラスミド: pACYC-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: A0A0B0QJN8
#3: 化合物 ChemComp-2DA / 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ddAMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 315.222 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystallization buffer was 0,1M MOPS-HEPES pH 7.5, 9% PEG4K, 18% glycerol, 30 mM ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→204.543 Å / Num. obs: 34618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 69.88 Å2 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.089 / Net I/av σ(I): 6.6 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs
2.9-3.067.60.71413770449800.2940.8130.7143
3.06-3.247.20.4411.63381446850.1870.5050.4414.5
3.24-3.477.70.2822.43421544410.1130.3170.2826.6
3.47-3.747.50.16343116141300.0660.1840.16310.1
3.74-4.17.20.0966.52753038300.040.1090.09614.1
4.1-4.597.60.0679.22670635020.0270.0750.06720
4.59-5.297.20.05710.82212330790.0240.0650.05720.6
5.29-6.487.50.05911.11976826390.0240.0670.05918.5
6.48-9.1770.03913.71455520930.0160.0440.03926.2
9.17-204.5436.40.03116.5790412390.0140.0350.03136.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.7 Å102.28 Å
Translation2.7 Å102.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12-2829精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AE2

7ae2


解像度: 2.9→102.271 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 6291 9.67 %
Rwork0.2033 58781 -
obs0.2075 34528 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.2 Å2 / Biso mean: 77.6231 Å2 / Biso min: 30.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→102.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8419 0 60 5 8484
Biso mean--93.14 55.4 -
残基数----1130
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058656
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.74911825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7845089
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2252X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
12B2252X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
13C2252X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
14D2252X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
21E2028X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
22F2028X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
23G2028X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
24H2028X-RAY DIFFRACTION10.352TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9-2.9330.38771910.34711977100
2.933-2.96750.30892020.32482001100
2.9675-3.00370.34722140.31351897100
3.0037-3.04170.35292470.30531950100
3.0417-3.08170.32541840.28831989100
3.0817-3.12390.34241760.26852001100
3.1239-3.16860.30811890.24251984100
3.1686-3.21590.27142020.2296190999
3.2159-3.26610.28262290.24331987100
3.2661-3.31970.3161940.24451945100
3.3197-3.37690.28551980.24892004100
3.3769-3.43830.26471920.23121937100
3.4383-3.50450.29652330.22881958100
3.5045-3.5760.28592070.22721949100
3.576-3.65380.26281880.22091998100
3.6538-3.73880.22561980.18531942100
3.7388-3.83230.26642190.17941941100
3.8323-3.93590.23842210.18761958100
3.9359-4.05170.23851960.1792005100
4.0517-4.18250.24622120.17551928100
4.1825-4.3320.22922380.16751957100
4.332-4.50540.20312040.16871936100
4.5054-4.71050.2231870.1631993100
4.7105-4.95880.21362480.17871934100
4.9588-5.26950.24012070.18811965100
5.2695-5.67630.27992230.20691961100
5.6763-6.24750.25932200.21991930100
6.2475-7.15130.2372340.20261940100
7.1513-9.0090.18642210.16841966100
9.009-102.2710.19762170.19551939100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.40810.71310.71162.3498-0.22691.7310.21250.08860.1885-0.0188-0.2124-0.0442-0.3246-0.05760.02990.36910.14150.02060.668-0.01320.462239.5958.6097.1856
23.2105-0.15170.8022.77740.53423.1559-0.0478-0.27960.27390.0502-0.1111-0.1485-0.24430.10420.17590.28490.03330.02370.45570.03180.464313.00858.8049-6.1195
33.23910.0892-0.13413.4395-0.7133.45740.0009-0.0832-0.18160.16370.1057-0.02570.4152-0.2532-0.1010.3496-0.0749-0.04210.34530.0370.4408-10.309792.708227.3534
42.60.49960.2113.06720.70063.53640.187-0.1016-0.10860.1257-0.00920.03270.643-0.7522-0.14590.6622-0.0208-0.02680.83420.02670.6176-32.960484.709738.0756
52.6615-0.92140.2561.4930.29411.6624-0.1224-0.34460.01630.15430.00990.1339-0.2746-0.25380.03990.4580.03420.03480.660.02770.471219.813166.868318.7796
61.92791.21140.51341.3395-0.89592.6985-0.37610.4860.20620.05840.1865-0.0456-0.59310.48960.17160.62250.05980.0050.9013-0.06890.586932.621566.0402-18.6263
71.43672.24640.10673.64640.01220.202-0.29570.52940.1941-0.15740.47140.21110.0917-0.2659-0.13110.5481-0.14220.01840.72820.03560.5233-25.779677.922614.5125
83.2821-0.5418-0.33631.39440.40651.94110.5336-0.2137-0.02030.2318-0.2614-0.21960.53930.1631-0.31680.9655-0.0081-0.05550.72620.08260.5791-12.919284.135951.9817
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA3 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB3 - 144
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC2 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD3 - 144
5X-RAY DIFFRACTION5chain EE4 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6chain FF6 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7chain GG4 - 150
8X-RAY DIFFRACTION8chain HH5 - 150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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