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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ae5 | ||||||
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タイトル | Structure of Sedimentibacter hydroxybenzoicus vanillic acid decarboxylase (ShVdcCD) in open form | ||||||
要素 |
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キーワード | LYASE / Decarboxylase / Hetero-complex / UbiD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-hydroxybenzoate decarboxylase / protocatechuate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate decarboxylase activity / protocatechuate decarboxylase activity / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / response to toxic substance ...4-hydroxybenzoate decarboxylase / protocatechuate decarboxylase / 4-hydroxybenzoate decarboxylase activity / protocatechuate decarboxylase activity / : / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / response to toxic substance / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | ||||||
データ登録者 | Marshall, S.A. / Leys, D. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Domain mobility and allosteric activation of UbiD decarboxylases 著者: Marshall, S.A. / Payne, K.A.P. / Leys, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ae5.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ae5.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ae5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ae5_validation.pdf.gz | 400.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ae5_full_validation.pdf.gz | 433.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ae5_validation.xml.gz | 113 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ae5_validation.cif.gz | 157.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/7ae5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54020.457 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア) 遺伝子: shdC, ohb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9S4M7, protocatechuate decarboxylase, 4-hydroxybenzoate decarboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 7800.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sedimentibacter hydroxybenzoicus (バクテリア) 遺伝子: shdD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4R102 #3: 化合物 | ChemComp-RB / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Molecular Dimensions BCS H2: 0.1 M Hepes, pH 7.5, 30% v/v PEG Smear low |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9159 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.19→70.15 Å / Num. obs: 197121 / % possible obs: 97.03 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 43.17 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.05937 / Rrim(I) all: 0.08396 / Net I/σ(I): 6.59 |
反射 シェル | 解像度: 2.19→2.268 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 19440 / CC1/2: 0.445 / Rrim(I) all: 0.7962 / % possible all: 95.74 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5M1C 解像度: 2.19→70.14 Å / SU ML: 0.3453 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.607 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.19→70.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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