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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ady | ||||||
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タイトル | CO-removed state of the active site of vanadium nitrogenase VFe protein | ||||||
![]() | (Nitrogenase vanadium-iron protein ...) x 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Nitrogenase / CO-turnover / CO-removal | ||||||
機能・相同性 | ![]() vanadium-iron nitrogenase complex / vanadium ion binding / nitrogenase / : / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rohde, M. / Grunau, K. / Einsle, O. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CO Binding to the FeV Cofactor of CO-Reducing Vanadium Nitrogenase at Atomic Resolution. 著者: Rohde, M. / Grunau, K. / Einsle, O. #1: ![]() タイトル: CO binding to the FeV Cofactor of CO-reducing Vanadium Nitrogenase at Atomic Resolution 著者: Rohde, M. / Grunau, K. / Einsle, O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 969.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 790.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 101.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Nitrogenase vanadium-iron protein ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 53951.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: vnfD / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 52839.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: vnfK / 発現宿主: ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 13387.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: vnfG / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 2583分子 ![](data/chem/img/D6N.gif)
![](data/chem/img/HCA.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/CLF.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HCA.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/H2S.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/CLF.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / #11: 化合物 | ChemComp-EDO / #12: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Tris/HCl pH 7.5, magnesium chloride, ethylene glycol, PEG 8000, sodium dithionite |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.05→46.66 Å / Num. obs: 1016322 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.07 Å / Num. unique obs: 40988 / CC1/2: 0.449 |
-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6FEA 解像度: 1.05→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.963 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.62 Å2 / Biso mean: 13.231 Å2 / Biso min: 4.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.05→46.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.05→1.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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