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- PDB-7adx: SFX structure of dehaloperoxidase B in the oxyferrous form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7adx
タイトルSFX structure of dehaloperoxidase B in the oxyferrous form
要素Dehaloperoxidase B
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxyferrous / ferrous / serial crystallography / oxygen
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Dehaloperoxidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Amphitrite ornata (無脊椎動物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Moreno Chicano, T. / Ebrahim, A. / Worrall, J.W. / Axford, D.A. / Owada, S. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Owen, R.L. / Hough, M.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R021015/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SFX structure of dehaloperoxidase B from Amphitrite ornata in the oxyferrous form
著者: Moreno Chicano, T. / Ebrahim, A. / Worrall, J.W. / Axford, D.A. / Owada, S. / Tosha, T. / Sugimoto, H. / Strange, R.W. / Owen, R.L. / Hough, M.A.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehaloperoxidase B
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5487
ポリマ－31,0912
非ポリマー1,4575
水1,53185
1
A: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3544
ポリマ－15,5461
非ポリマー8093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dehaloperoxidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1943
ポリマ－15,5461
非ポリマー6482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.310, 68.100, 68.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dehaloperoxidase B


分子量: 15545.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphitrite ornata (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NAV7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 6
詳細: DHP in 20 mM MES pH 6 mixed with 40% PEG 4000, 200 mM ammonium sulfate in 1 to 4 ratio with total volume of 250 to 500 microlitres

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データ収集

回折平均測定温度: 301 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.13 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.13 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.596
11-H, -L, -K20.404
反射解像度: 1.85→48.24 Å / Num. obs: 25099 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 322 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / CC1/2: 0.98 / R split: 0.12 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 224 % / Num. unique obs: 1213 / CC1/2: 0.5 / R split: 0.6 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPulse duration: 10 fsec. / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: fixed target / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Oxford Chip / Sample dehydration prevention: mylar film / Sample holding: Silicon chip / Sample solvent: mother liquor / Support base: xy stage

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CrystFEL0.6.3データ削減
CrystFEL0.6.3データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ixf

3ixf


解像度: 1.85→45.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.761 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.024 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1912 1236 4.9 %RANDOM
Rwork0.1653 ---
obs0.1665 23811 99.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.61 Å2 / Biso mean: 29.76 Å2 / Biso min: 17.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å2-0 Å2-0 Å2
2--6.37 Å20 Å2
3----7.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→45.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2106 0 93 85 2284
Biso mean--36.21 36.26 -
残基数----274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0132277
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.7053093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2951.6224677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8915278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.70523.091110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78115368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8371511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02563
LS精密化 シェル解像度: 1.845→1.893 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 89 -
Rwork0.391 1555 -
all-1644 -
obs--89.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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