PDB-7ad2: Linalool Dehydratase Isomerase G107T mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ad2

タイトル

Linalool Dehydratase Isomerase G107T mutant

要素

Linalool dehydratase/isomerase

キーワード

LYASE / Linalool / dehydratase / isomerase / myrcene / geraniol

機能・相同性

機能・相同性情報

linalool dehydratase / geraniol isomerase / monoterpene catabolic process / intramolecular hydroxytransferase activity / monoterpenoid metabolic process / hydro-lyase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Castellaniella defragrans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Cuetos, A. / Fischer, M.P. / Hauer, B. / Grogan, G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Linalool Dehydratase Isomerase G107T mutant
著者: Cuetos, A. / Fischer, M.P. / Hauer, B. / Grogan, G.

履歴

登録	2020年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ad2.cif.gz	390.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ad2.ent.gz	315.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ad2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ad2_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ad2_full_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示
XML形式データ	7ad2_validation.xml.gz	75.2 KB	表示
CIF形式データ	7ad2_validation.cif.gz	112.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/7ad2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/7ad2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5g1uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6thm-d 5i3t-d 6tft-d 5g1u-d 5g1v-d 6tfn-2 6t9h-1 6tfn-1 5g1w-d 5hlr-d 6tfr-d 5hss-d 6t9h-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Linalool dehydratase/isomerase

B: Linalool dehydratase/isomerase

C: Linalool dehydratase/isomerase

D: Linalool dehydratase/isomerase

E: Linalool dehydratase/isomerase

ヘテロ分子

210 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	221.984, 110.763, 108.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.980, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-666- HOH
2	1	A-691- HOH
3	1	A-715- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	2 - 365	2 - 365
2	1	ALA	ALA	B	B	2 - 365	2 - 365
1	2	ALA	ALA	A	A	2 - 364	2 - 364
2	2	ALA	ALA	C	C	2 - 364	2 - 364
1	3	ALA	ALA	A	A	2 - 364	2 - 364
2	3	ALA	ALA	D	D	2 - 364	2 - 364
1	4	ALA	ALA	A	A	2 - 364	2 - 364
2	4	ALA	ALA	E	E	2 - 364	2 - 364
1	5	ALA	ALA	B	B	2 - 364	2 - 364
2	5	ALA	ALA	C	C	2 - 364	2 - 364
1	6	ALA	ALA	B	B	2 - 364	2 - 364
2	6	ALA	ALA	D	D	2 - 364	2 - 364
1	7	ALA	ALA	B	B	2 - 364	2 - 364
2	7	ALA	ALA	E	E	2 - 364	2 - 364
1	8	ALA	ALA	C	C	2 - 364	2 - 364
2	8	ALA	ALA	D	D	2 - 364	2 - 364
1	9	MET	MET	C	C	1 - 365	1 - 365
2	9	MET	MET	E	E	1 - 365	1 - 365
1	10	ALA	ALA	D	D	2 - 364	2 - 364
2	10	ALA	ALA	E	E	2 - 364	2 - 364

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	Linalool dehydratase/isomerase / Geraniol isomerase / Linalool dehydratase-isomerase / Myrcene hydratase 分子量: 42037.770 Da / 分子数: 5 / 変異: G107T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G107T mutant 由来: (組換発現) Castellaniella defragrans (バクテリア) 遺伝子: ldi / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: E1XUJ2, linalool dehydratase, geraniol isomerase
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 5 mg mL-1 protein concentration, 0.2 M sodium malonate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.0, 20% w/w PEG 3350 and 3% (v/v) methyl-2,4-pentanediol (MPD).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→98.04 Å / Num. obs: 198119 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 12 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_merge(I) obs: 0.12 / R_pim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 14473 / CC_1/2: 0.54 / R_pim(I) all: 0.49 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5G1U

5g1u

解像度: 1.83→98.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 4.086 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2399	9850	5 %	RANDOM
R_work	0.2138	-	-	-
obs	0.2151	186754	96.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.65 Å² / B_iso mean: 16.25 Å² / B_iso min: 6.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	-0.31 Å²
2-	-	2.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.83→98.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14497	0	14	1512	16023
B_iso mean	-	-	18.88	25.53	-
残基数	-	-	-	-	1824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	14944
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.642	20347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.389	1.568	30954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.37	5	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.134	21.673	801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.192	15	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.215	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3399

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	12658	0.04
1	2	B	12658	0.04
2	1	A	12649	0.04
2	2	C	12649	0.04
3	1	A	12662	0.04
3	2	D	12662	0.04
4	1	A	12675	0.03
4	2	E	12675	0.03
5	1	B	12670	0.04
5	2	C	12670	0.04
6	1	B	12685	0.03
6	2	D	12685	0.03
7	1	B	12626	0.04
7	2	E	12626	0.04
8	1	C	12663	0.04
8	2	D	12663	0.04
9	1	C	12730	0.04
9	2	E	12730	0.04
10	1	D	12638	0.04
10	2	E	12638	0.04

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.877 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	728	-
R_work	0.386	13254	-
obs	-	-	92.74 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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