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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hss | ||||||
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Title | Linalool dehydratase/isomerase: Ldi with monoterpene substrate | ||||||
![]() | Linalool dehydratase/isomerase | ||||||
![]() | LYASE / Linalool dehydratase/isomerase / alpha6 alpha6 barrel fold / myrcene / geraniol | ||||||
Function / homology | ![]() linalool dehydratase / geraniol isomerase / monoterpene catabolic process / intramolecular hydroxytransferase activity / monoterpenoid metabolic process / hydro-lyase activity / : / protein tetramerization / periplasmic space Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weidenweber, S. / Marmulla, R. / Harder, J. / Ermler, U. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: X-ray structure of linalool dehydratase/isomerase from Castellaniella defragrans reveals enzymatic alkene synthesis. Authors: Weidenweber, S. / Marmulla, R. / Ermler, U. / Harder, J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 725.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 630.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 492.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 510.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 63.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 85.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 41862.520 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: E1XUJ2, linalool dehydratase, geraniol isomerase #2: Chemical | ChemComp-PG0 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: PEG 550 MME, bicine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 17, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97928 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 81656 / Num. obs: 957382 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 11.7 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.014 / Net I/av σ(I): 13.7 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.6 Å / Redundancy: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→49.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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