PDB-7acl: Crystal structure of E. coli HTH-type transcriptional regulator R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7acl

タイトル

Crystal structure of E. coli HTH-type transcriptional regulator RcdA at 2.05 A resolution

要素

HTH-type transcriptional regulator RcdA

キーワード

GENE REGULATION / transcription factor / HTH motif / DNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.049 Å

データ登録者

Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Cociurovscaia, A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2022
タイトル: Structures of the TetR-like transcription regulator RcdA alone and in complexes with ligands.
著者: Pietrzyk-Brzezinska, A.J. / Cociurovscaia, A.

履歴

登録	2020年9月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7acl.cif.gz	157.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7acl.ent.gz	124.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7acl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7acl_validation.pdf.gz	260.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7acl_full_validation.pdf.gz	263 KB	表示
XML形式データ	7acl_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	7acl_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/7acl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/7acl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7acmC 7acoC 5x5iS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dg8-1 5x5i-4 7acm-d 5x5i-2 5x5i-3 5x5i-1 3im1-d 7aco-d 6u18-d 6py0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator RcdA

B: HTH-type transcriptional regulator RcdA

ヘテロ分子

40.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.595, 76.608, 105.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator RcdA / Regulator of csgD 分子量: 20329.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rcdA, ybjK, b0846, JW5114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75811
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M magnesium formate, 15% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日

放射

モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.049→43.357 Å / Num. obs: 20613 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 12.624 % / B_iso Wilson estimate: 37.06 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1.013 / Net I/σ(I): 18.58

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.05-2.17	10.864	0.954	2.11	34016	3299	3131	0.774	1	94.9
2.17-2.32	13.388	0.645	3.92	41716	3119	3116	0.916	0.671	99.9
2.32-2.51	12.628	0.409	6.21	36496	2905	2890	0.959	0.426	99.5
2.51-2.75	13.456	0.219	11.23	35752	2660	2657	0.988	0.227	99.9
2.75-3.07	12.798	0.135	16.78	31482	2465	2460	0.995	0.141	99.8
3.07-3.54	13.306	0.077	29.81	28635	2160	2152	0.998	0.08	99.6
3.54-4.33	12.646	0.05	44.94	23496	1864	1858	0.999	0.052	99.7
4.33-6.09	12.519	0.045	51.79	18316	1472	1463	0.999	0.047	99.4
6.09-43.357	11.633	0.036	58.34	10307	895	886	0.999	0.038	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5X5I

5x5i

解像度: 2.049→43.357 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2489	1031	5 %
R_work	0.185	19579	-
obs	0.1883	20610	98.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.97 Å² / B_iso mean: 51.6899 Å² / B_iso min: 19.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.049→43.357 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2770	0	7	139	2916
B_iso mean	-	-	55.42	49.94	-
残基数	-	-	-	-	347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2881
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.98	3905
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	504
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.327	1093

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.049-2.1567	0.3257	138	0.2423	2616	94
2.1567-2.2918	0.3183	145	0.2331	2763	100
2.2918-2.4687	0.2709	148	0.2239	2804	100
2.4687-2.7171	0.2931	146	0.2216	2774	100
2.7171-3.1102	0.2892	148	0.2173	2810	100
3.1102-3.9181	0.2416	149	0.1767	2847	100
3.9181-43.357	0.206	157	0.148	2965	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.0554	0.4301	-2.4503	5.4773	2.4875	7.1919	0.0443	1.1768	0.2139	-0.5059	0.4425	0.0356	0.2236	0.08	-0.422	0.4179	-0.0571	-0.0416	0.5471	-0.0297	0.3753	-26.6619	-5.7295	-35.1709
2	6.3679	-1.4244	1.4388	4.7732	-0.8251	6.9864	0.2103	0.8375	-0.1141	-0.7532	-0.2589	0.0874	1.2242	-0.084	0.1383	0.5276	0.0147	-0.0417	0.2516	-0.0112	0.3105	-19.7231	-13.3108	-8.8546
3	1.6441	0.7828	-0.2521	5.0175	-0.8535	3.0242	-0.1845	0.4623	-0.058	-0.236	-0.3923	-1.2667	-0.4338	1.6744	0.5402	0.3978	-0.0726	-0.0006	0.6885	0.0938	0.5702	-23.1806	2.7521	-21.2225
4	8.5881	-0.1443	0.6097	5.6983	-0.2285	6.3477	-0.1334	0.0326	0.0313	-0.0799	0.0845	-0.2666	0.059	0.1246	0.0033	0.2431	-0.0083	-0.0018	0.1116	-0.0174	0.1867	-17.4511	-5.306	-4.9559
5	3.724	2.9947	-3.6108	7.4411	-2.6658	8.5208	-0.1867	0.7733	0.5699	-0.0428	0.7524	0.33	-0.3965	-1.1258	-0.4989	0.3589	-0.0352	0.0824	0.5656	0.0514	0.3704	-1.279	16.0259	-34.2796
6	1.9529	0.3151	-3.07	1.2885	-0.5821	8.6551	0.107	0.0656	0.1879	0.1266	-0.114	-0.2109	-0.5106	0.12	-0.0035	0.2706	-0.0447	-0.0284	0.2024	-0.0083	0.4162	-7.4618	12.9892	-11.3907
7	5.6159	-2.606	-0.4388	4.3623	-0.1088	5.9672	0.0997	0.1308	-0.9417	-0.0703	-0.2558	0.4969	0.8956	-0.5069	0.1327	0.3115	-0.0423	-0.0197	0.2893	-0.0613	0.5673	-4.0402	2.0979	-21.3419
8	5.0042	-2.2359	1.6035	3.9422	-2.1519	7.9599	0.1302	-0.2307	0.0821	0.27	-0.0225	0.0321	-0.0469	-0.1055	-0.1571	0.2331	-0.0815	-0.0023	0.1324	-0.0171	0.2309	-13.6089	5.5858	-2.9152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:66)	A	6 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 67:101)	A	67 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 102:126)	A	102 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 127:178)	A	127 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 5:53)	B	5 - 53
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 54:103)	B	54 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 104:129)	B	104 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 130:178)	B	130 - 178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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