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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7acg | ||||||
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タイトル | In meso structure of the alginate exporter, AlgE, from Pseudomonas aeruginosa in 9.8 monoacylglycerol | ||||||
![]() | Alginate biosynthesis protein AlgE | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Transporter / Barrel | ||||||
機能・相同性 | Alginate export domain / Alginate export / alginic acid biosynthetic process / cell outer membrane / CITRIC ACID / Chem-LH9 / Alginate biosynthesis protein AlgE / Alginate production protein AlgE![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smithers, L. / van Dalsen, L. / Boland, C. / Caffrey, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: 9.8 MAG. A new host lipid for in meso (lipid cubic phase) crystallization of integral membrane proteins 著者: van Dalsen, L. / Smithers, L. / Boland, C. / Weichert, D. / Caffrey, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53502.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: algE, CGU42_05540, EQH76_07525, F3H14_18260, FC629_07390, GNQ48_06715, IPC1323_01805, IPC1509_00845, IPC669_06720, NCTC12934_05462, NCTC13437_03064, PaeAG1_01671, PAMH19_1548, RW109_RW109_02276 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 131分子 ![](data/chem/img/LH9.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/C8E.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/PG0.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
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![](data/chem/img/C8E.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/PG0.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-LH9 / [( #3: 化合物 | ChemComp-1PE / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 化合物 | ChemComp-C8E / ( | #6: 化合物 | ChemComp-CIT / | #7: 化合物 | ChemComp-PG0 / | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: PEG400, lithium sulphate, ammonium sulphate, sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→44.37 Å / Num. obs: 39482 / % possible obs: 99.08 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 26.24 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.916 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 3904 / CC1/2: 0.61 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4AFK 解像度: 1.85→44.37 Å / SU ML: 0.2292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.4007 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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