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- PDB-7ab5: Crystal structure of the Escherichia coli toxin-antitoxin system ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ab5
タイトルCrystal structure of the Escherichia coli toxin-antitoxin system HipBST (HipT D233Q)
要素
  • Couple_hipA domain-containing protein
  • HipA_C domain-containing protein
  • Predicted transcriptional regulator, XRE family
キーワードTOXIN / antitoxin / kinase / HTH / HipA / HipT / HipB / HipS / HipBA / HipBST / bacteria / TrpS / phosphorylation / trans-autophosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HipA-like C-terminal domain-containing protein / HipA N-terminal subdomain 1 domain-containing protein / Predicted transcriptional regulator, XRE family
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Baerentsen, R.L. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0030646 デンマーク
Danish National Research FoundationDNRF120 デンマーク
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for regulation of a tripartite toxin-antitoxin system by dual phosphorylation
著者: Baerentsen, R.L. / Nielsen, S.V. / Lyngso, J. / Bisiak, F. / Pedersen, J.S. / Gerdes, K. / Sorensen, M.A. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2020年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted transcriptional regulator, XRE family
B: Couple_hipA domain-containing protein
C: HipA_C domain-containing protein
D: Predicted transcriptional regulator, XRE family
E: Couple_hipA domain-containing protein
F: HipA_C domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,0326
ポリマ－125,0326
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9980 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area45770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)281.661, 106.467, 57.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Predicted transcriptional regulator, XRE family


分子量: 11720.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3787 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL98
#2: タンパク質 Couple_hipA domain-containing protein


分子量: 11713.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3786 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL97
#3: タンパク質 HipA_C domain-containing protein


分子量: 39082.141 Da / 分子数: 2 / Mutation: D233Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3785 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL96
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M BICINE, 6% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月25日
放射モノクロメーター: At 26 m, Si (111), double crystal monochromator, horizontally deflecting, LN2 side-cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.86 Å / Num. obs: 73090 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.332 % / Biso Wilson estimate: 77.87 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rrim(I) all: 0.223 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 4.76 / Num. measured all: 243549 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-2.983.3171.4040.6217686545053320.1881.68197.8
2.98-3.063.3541.1420.8417750534552920.2741.36599
3.06-3.153.360.9691.0517289518351460.3621.15999.3
3.15-3.253.3590.771.4216687503549680.4970.92198.7
3.25-3.353.340.6491.7116322494048870.6110.77798.9
3.35-3.473.2960.5192.2215249468446260.6960.62398.8
3.47-3.63.2970.4192.7214953460845350.7970.50398.4
3.6-3.753.2780.3553.2714136436343130.8420.42698.9
3.75-3.923.3150.2564.3413824423841700.9190.30798.4
3.92-4.113.2980.25.3113107401239740.9520.23999.1
4.11-4.333.2590.1666.4112281380937680.960.19998.9
4.33-4.593.2420.147.5411611361335810.970.16899.1
4.59-4.913.40.1178.9711438340033640.9810.13998.9
4.91-5.33.4320.1248.6910858319031640.9780.14799.2
5.3-5.813.4120.1268.599870292828930.9770.1598.8
5.81-6.493.3860.1268.628738261425810.9750.1598.7
6.49-7.53.3410.1099.567540230022570.9790.1398.1
7.5-9.183.380.07713.036560197019410.990.09298.5
9.18-12.993.4110.05317.35075150214880.9950.06399.1
12.99-49.863.1790.0518.1925758438100.9940.06196.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.9 Å70.41 Å
Translation2.9 Å70.41 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc5_4047精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
XSCALEVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD-code from depostion entry D_1292109701

解像度: 2.9→49.86 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2263 1913 5.07 %RANDOM
Rwork0.193 35784 --
obs0.1947 37697 99.83 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 271 Å2 / Biso mean: 89.9688 Å2 / Biso min: 37.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→49.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8178 0 0 5 8183
Biso mean---59.26 -
残基数----1015
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-2.980.33311190.32122513263299
2.98-3.060.34571440.308525522696100
3.06-3.150.3651640.301224902654100
3.15-3.250.33991320.294425682700100
3.25-3.370.30821410.283225462687100
3.37-3.50.32611340.254825472681100
3.5-3.660.31221450.22225372682100
3.66-3.850.23931340.199325782712100
3.85-4.090.25991160.182925662682100
4.09-4.410.1711480.161125372685100
4.41-4.850.17081380.142325762714100
4.85-5.550.16391440.149125432687100
5.55-6.990.21361050.185226182723100
7-49.860.18491490.15812613276299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0659-4.95164.72474.7035-4.62894.5453-0.11060.30680.0467-0.3291-0.603-1.3070.35781.1290.40850.72840.09110.16470.62680.00831.029594.6978-27.31789.1228
25.86973.90031.02593.60233.31587.5051-0.7630.6152-0.5574-1.66161.2079-1.3560.31120.1977-0.36220.5841-0.04840.11250.551-0.0290.597685.5363-32.66414.1779
35.59852.9364-2.66124.1372-1.08116.9114-0.04110.6290.1445-0.34810.28720.7613-0.3521-0.0970.04050.5523-0.0746-0.04520.5901-0.07270.585272.043-37.41837.6549
43.13712.2386-3.60688.4909-2.06997.11280.44691.1882.166-0.84080.35460.8775-0.6592-0.9135-0.80460.66450.0559-0.07170.5640.1270.714875.2169-27.50673.6043
56.88653.870.67022.4792-1.04656.30650.18330.21740.65930.1431-0.53950.4854-0.7204-0.03110.31590.5420.02260.07340.49620.03920.606579.4738-25.633211.8924
69.74653.0612.2167.84751.69517.9552-0.5572-0.063-1.06240.92960.6729-0.80230.391.0945-0.03610.51150.0538-0.07750.5707-0.03320.548590.2846-29.084916.8098
74.2145-2.6244-0.53144.16760.65547.1558-0.0007-1.133-0.03240.88120.5046-1.46870.6951.7845-0.50870.87110.1249-0.33661.9752-0.10861.3177106.2737-59.326131.4706
88.2406-1.9998-0.41425.6833-3.49547.68660.6559-1.5334-0.32981.32650.5327-0.7075-0.38661.8244-0.99920.84380.0109-0.20971.2604-0.2870.947597.7862-55.657831.9213
94.09513.2965-0.04125.05244.68379.31740.0963-0.6628-0.73490.4752-0.5905-0.13331.01111.06490.50441.78840.257-0.55251.40170.10171.340390.6947-76.645824.0275
106.95660.16983.41692.72263.43495.80241.52050.0161-0.31650.6222-0.32420.6210.48830.4869-1.42062.76880.4383-0.1682.07920.52182.369896.3857-78.149132.9541
114.523-3.86283.1145.3989-2.88932.16830.3344-0.74640.08260.3314-0.38940.34731.18871.93580.23770.97780.2647-0.24461.3587-0.0071.0251102.1807-67.999424.0776
126.6457-1.23591.0725.230.30825.32840.27160.3543-0.4302-0.2413-0.0064-0.4060.59430.6427-0.24990.55750.0851-0.00460.4166-0.13480.640986.7307-74.50713.909
132.2522-0.7026-0.34263.48671.64483.5268-0.04680.0238-0.14130.23970.00160.04260.3618-0.02160.06190.4928-0.0321-0.040.38360.02440.380774.8045-60.584716.6167
148.318-2.76811.65892.4741.22182.3677-0.2085-0.8603-0.29241.77540.3716-0.20990.79040.4122-0.7760.7434-0.0672-0.14720.7480.04830.690590.7548-27.611522.7392
155.99375.75813.01488.41321.83719.62531.0862-0.9232-0.24161.9857-0.6422-0.3207-0.3066-0.0397-0.410.7011-0.02730.01440.4629-0.0030.571488.9863-16.160324.6459
168.83114.0761.2626.32120.09617.06190.00730.80351.6915-0.0091-0.35160.3861-1.2468-0.69620.2490.77520.04420.14230.57740.15460.669388.255-3.600916.9193
177.12683.5626-2.97819.4783-6.62654.70840.0022-0.108-0.30410.60460.92941.6838-0.4105-1.2313-0.64610.71960.08960.070.5740.00680.823479.9882-10.879519.7029
186.55664.71180.83286.24792.79026.5543-0.16090.42180.484-0.41730.17640.2690.30370.36460.06690.71780.06380.14460.42360.06910.750583.7909-16.942213.7549
196.3383.36881.21573.47254.5689.4377-0.00241.1706-0.55190.21390.5022-2.20420.67360.4638-0.38020.55920.08830.10270.6042-0.010.706893.4123-24.74214.852
203.36190.014-0.16916.11183.53699.9409-0.1320.2491-1.27640.31790.2149-1.58870.99251.6880.12670.88580.24330.15890.8985-0.04071.4509131.6722-22.861415.4381
212.61284.1071-0.38447.7586-1.30782.5482-0.145-0.2109-0.8724-0.1047-0.0307-0.79511.1770.68940.22490.89760.13590.010.8342-0.06091.2588123.9825-20.651313.0734
227.71294.52612.53447.37424.20777.0506-0.17350.0824-2.6138-0.9367-0.0144-1.65760.65420.34120.11110.83220.12690.05660.8974-0.0751.3869137.8846-0.229919.6401
233.12060.38824.88287.95572.75298.2781-0.75350.3648-0.3671-1.4826-0.4763-1.7967-2.75952.66480.96741.3227-0.2424-0.00321.4305-0.29321.7603139.1991-10.055614.083
246.40086.79541.71677.7937-0.27367.93640.0568-1.0689-0.36430.6021-0.2576-0.08690.69080.5508-0.2080.72260.2108-0.10430.833-0.07440.9796130.5738-16.075723.7995
255.0837-1.14830.03976.01190.9464.01470.1217-0.3674-0.20240.0771-0.1717-0.1197-0.22140.4025-0.02220.5358-0.069-0.05370.6511-0.00570.4337122.85797.690533.7082
263.1110.21111.27731.53630.27751.95390.03120.2003-0.0922-0.21-0.0547-0.11450.06760.21180.0430.63370.01350.15470.49620.01210.4976112.15033.317614.7726
273.8771-0.24446.0234.84930.34029.8417-0.2546-0.03890.4181-0.4762-0.11680.2644-0.77870.06920.44410.71490.03480.0910.6166-0.04630.6238107.319918.451714.5792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 38 through 44 )A38 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 45 through 59 )A45 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 60 through 70 )A60 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 83 )A71 - 83
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 84 through 98 )A84 - 98
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 99 through 107 )A99 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 33 )B2 - 33
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 34 through 60 )B34 - 60
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 61 through 71 )B61 - 71
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 72 through 82 )B72 - 82
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 83 through 101 )B83 - 101
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 86 )C2 - 86
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 87 through 338 )C87 - 338
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 38 through 44 )D38 - 44
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 45 through 59 )D45 - 59
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 60 through 70 )D60 - 70
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 71 through 83 )D71 - 83
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 84 through 98 )D84 - 98
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 99 through 107 )D99 - 107
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 2 through 28 )E2 - 28
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 29 through 63 )E29 - 63
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 64 through 74 )E64 - 74
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 75 through 89 )E75 - 89
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 90 through 101 )E90 - 101
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 2 through 86 )F2 - 86
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 87 through 312 )F87 - 312
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 313 through 341 )F313 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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