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- PDB-7ab4: Crystal structure of the Escherichia coli toxin-antitoxin system ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ab4
タイトルCrystal structure of the Escherichia coli toxin-antitoxin system HipBST (HipT S59A)
要素
  • (HipA_C domain-containing protein) x 2
  • Couple_hipA domain-containing protein
  • Predicted transcriptional regulator, XRE family
キーワードTOXIN / antitoxin / kinase / HTH / HipA / HipT / HipB / HipS / HipBA / HipBST / bacteria / TrpS / phosphorylation / trans-autophosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HipA-like C-terminal domain-containing protein / HipA N-terminal subdomain 1 domain-containing protein / Predicted transcriptional regulator, XRE family
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Baerentsen, R.L. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0030646 デンマーク
Danish National Research FoundationDNRF120 デンマーク
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for regulation of a tripartite toxin-antitoxin system by dual phosphorylation
著者: Baerentsen, R.L. / Nielsen, S.V. / Lyngso, J. / Bisiak, F. / Pedersen, J.S. / Gerdes, K. / Sorensen, M.A. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2020年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted transcriptional regulator, XRE family
B: Couple_hipA domain-containing protein
C: HipA_C domain-containing protein
D: Predicted transcriptional regulator, XRE family
E: Couple_hipA domain-containing protein
F: HipA_C domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,0546
ポリマ－125,0546
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9970 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area45870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)285.257, 107.146, 58.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 36 through 37 and (name N...
21(chain D and (resid 36 through 77 or resid 79 through 81 or resid 83 through 107))
12(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...
22(chain E and (resid 2 or resid 5 or resid...
13(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...
23(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 36 through 37 and (name N...A36 - 37
121(chain A and ((resid 36 through 37 and (name N...A36 - 107
131(chain A and ((resid 36 through 37 and (name N...A36 - 107
141(chain A and ((resid 36 through 37 and (name N...A36 - 107
151(chain A and ((resid 36 through 37 and (name N...A36 - 107
211(chain D and (resid 36 through 77 or resid 79 through 81 or resid 83 through 107))D36 - 77
221(chain D and (resid 36 through 77 or resid 79 through 81 or resid 83 through 107))D79 - 81
231(chain D and (resid 36 through 77 or resid 79 through 81 or resid 83 through 107))D83 - 107
112(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B2
122(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B5
132(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B7 - 11
142(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B13 - 15
152(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B17
162(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B69
172(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B2 - 101
182(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B2 - 101
192(chain B and (resid 2 or resid 5 or resid...B2 - 101
212(chain E and (resid 2 or resid 5 or resid...E2
222(chain E and (resid 2 or resid 5 or resid...E5
232(chain E and (resid 2 or resid 5 or resid...E7 - 11
242(chain E and (resid 2 or resid 5 or resid...E1
252(chain E and (resid 2 or resid 5 or resid...E80 - 8
262(chain E and (resid 2 or resid 5 or resid...E3
272(chain E and (resid 2 or resid 5 or resid...E85 - 101
113(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C2 - 12
123(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C14 - 32
133(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C34 - 46
143(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C55 - 56
153(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C58 - 69
163(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C71 - 69
173(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C170 - 221
183(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C224 - 321
193(chain C and (resid 2 through 12 or resid 14...C323 - 338
213(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F2 - 12
223(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F14 - 32
233(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F34 - 46
243(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F48
253(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F0
263(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F55 - 56
273(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F51 - 69
283(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F71 - 125
293(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F2 - 341
2103(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F170 - 221
2113(chain F and (resid 2 through 12 or resid 14...F323 - 338

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Predicted transcriptional regulator, XRE family


分子量: 11720.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3787 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL98
#2: タンパク質 Couple_hipA domain-containing protein


分子量: 11713.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3786 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL97
#3: タンパク質 HipA_C domain-containing protein


分子量: 39053.102 Da / 分子数: 1 / Mutation: S59A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3785 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL96
#4: タンパク質 HipA_C domain-containing protein


分子量: 39133.082 Da / 分子数: 1 / Mutation: S59A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3785 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL96
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.71 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M BICINE, 6% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月23日
放射モノクロメーター: At 26 m, Si (111), double crystal monochromator, horizontally deflecting, LN2 side-cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→50.59 Å / Num. obs: 45019 / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 4.108 % / Biso Wilson estimate: 96.02 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.332 / Rrim(I) all: 0.381 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I): 4.73 / Num. measured all: 184956 / Scaling rejects: 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.24-3.324.0973.3160.5512868400531410.1673.80778.4
3.32-3.424.1112.4210.7313791399933550.2042.7883.9
3.42-3.514.081.8940.9613097382632100.3092.17483.9
3.51-3.624.1521.611.313061379531460.4181.84482.9
3.62-3.744.0751.2861.6912063358829600.5061.47582.5
3.74-3.874.1131.1072.1812143354629520.5841.27283.2
3.87-4.024.1120.8232.8911412335927750.7120.94482.6
4.02-4.184.1040.7153.4111204332227300.8270.8282.2
4.18-4.374.0110.5144.210285311425640.8850.59182.3
4.37-4.584.1760.4145.6410139296224280.8990.47482
4.58-4.834.1990.3077.279965288523730.9450.35282.3
4.83-5.124.1540.2977.349085266421870.9430.3482.1
5.12-5.484.2270.2857.178708250420600.9460.32682.3
5.48-5.924.2370.2777.288178236119300.9490.31781.7
5.92-6.484.2030.2697.487478218917790.950.30781.3
6.48-7.253.7010.2017.855644196815250.960.23577.5
7.25-8.373.9240.11311.355391171613740.9870.1380.1
8.37-10.254.0790.0716.444773144711700.9940.07980.9
10.25-14.494.2840.05619.26387311359040.9950.06479.6
14.49-50.593.9430.04919.4817986074560.9960.05675.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.4 Å50.59 Å
Translation7.4 Å50.59 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc5_4047精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
XSCALEVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD-code from depostion entry D_1292109701

解像度: 3.34→50.59 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2435 1085 4.82 %RANDOM
Rwork0.202 21448 --
obs0.2041 22533 87.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 295.56 Å2 / Biso mean: 103.8043 Å2 / Biso min: 39.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.34→50.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8233 0 0 8 8241
Biso mean---54.87 -
残基数----1023
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A410X-RAY DIFFRACTION8.674TORSIONAL
12D410X-RAY DIFFRACTION8.674TORSIONAL
21B490X-RAY DIFFRACTION8.674TORSIONAL
22E490X-RAY DIFFRACTION8.674TORSIONAL
31C1904X-RAY DIFFRACTION8.674TORSIONAL
32F1904X-RAY DIFFRACTION8.674TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.34-3.490.32531210.28552590271185
3.49-3.670.30981390.27272741288090
3.67-3.910.32241500.25442731288190
3.91-4.210.26251240.21852717284189
4.21-4.630.24141340.19552664279888
4.63-5.30.2181480.16982703285188
5.3-6.670.23631330.20662656278987
6.68-50.590.19541360.16142646278284
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.427-6.5631-4.77486.06074.43563.461-0.794-1.35290.73060.27230.7638-0.98060.76760.639-0.13170.88430.03560.20771.08370.13320.786394.98-27.03522.519
29.23726.22883.27974.39621.76444.34530.6913-1.1751-0.10021.9423-0.37470.03440.2738-0.52210.16550.66530.06630.07450.69670.00820.566690.2-15.42924.89
33.38431.64060.71046.3418-0.16775.637-0.011-0.03320.2361-0.6243-0.13070.6570.2124-0.28660.2330.5347-0.00920.16090.62260.03440.577486.743-12.73816.459
43.1947-1.49121.58397.56343.37063.24620.63212.0905-0.41710.08931.1251-0.60090.53011.0996-1.22491.03610.17610.18731.3727-0.41371.7561136.386-21.13918.158
55.3171.78612.2048.44673.11422.0494-1.00270.264-1.67830.57920.4383-0.19150.55621.1429-0.38991.3810.25290.22170.9603-0.28361.4297130.546-22.90319.898
64.6730.41660.48374.85872.58148.9271-0.4782-1.0107-1.7363-0.83470.3645-1.70612.16491.9120.19191.06230.32560.02650.90480.02631.6643130.226-26.28413.068
73.69811.03522.35345.87834.22885.99210.42590.2641-0.04751.192-0.73020.73390.6935-0.89730.44360.94240.16960.2591.1260.02331.4797120.235-20.9715.432
88.05182.95860.31062.00670.29752.09460.12060.9257-0.3376-0.6068-0.293-0.78471.97191.37170.32711.36980.24820.29341.2233-0.22421.696125.485-25.9738.826
97.25062.31234.16587.8957-1.42766.7186-0.79570.59090.1788-0.435-0.2828-1.60511.35330.22231.34180.76440.14810.01431.0785-0.27311.1936129.69-13.81610.586
106.04994.14263.48972.99682.12692.18150.6325-0.6752-0.7922-1.75350.68330.0126-0.5135-0.0701-1.64760.79440.17330.16441.6344-0.15651.8098137.7830.19519.175
116.03414.07433.10723.62391.18473.2312-0.85240.2006-0.05-1.70471.2412-1.39580.50681.82041.17171.8015-0.56690.72842.98320.05513.2228143.661-7.94413.239
127.95412.03914.07059.66992.67426.3862-0.22180.381-0.1795-1.19560.64540.6597-1.26560.25030.43311.29380.20340.29040.8955-0.00910.9013134.328-11.17621.723
134.99091.13731.20898.16514.80727.3687-0.5107-0.5173-1.58131.93930.1607-2.04291.54111.06760.40890.980.1271-0.17340.99930.3951.5957134.891-19.57722.825
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218.38256.88342.88049.22364.78793.88960.35931.36110.0435-0.16450.12980.31370.13180.646-0.49850.7091-0.01920.03890.9811-0.05430.464886.509-32.2794.279
228.30462.37273.21627.60720.4491.30660.82090.60890.98130.7929-0.51971.5201-0.0984-0.2819-0.18390.7595-0.1090.18390.73310.03120.58372.712-35.6298.131
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283.4885-0.7331-3.26883.4459-2.61896.7823-0.8633-0.81440.07810.32010.5346-1.85360.55672.28870.20630.7834-0.1738-0.18331.6538-0.38011.2247104.184-50.98530.8
293.3973-3.1626-3.1337.4621-2.53739.4855-0.2130.2977-0.48041.10170.17250.3947-0.43180.80790.29111.09240.1671-0.16011.5354-0.39411.204796.005-61.84933.192
304.76032.4223.03955.9641-3.9098.1837-0.68271.247-1.5507-2.5386-0.45032.71750.86550.1219-0.16741.80460.6998-0.1841.567-0.5711.438989.88-74.00523.681
313.8058-3.3133-2.7374.97930.65333.4149-1.369-0.3641-1.71330.1075-0.77320.73211.79820.13750.86832.01590.25520.1042.1902-0.06482.240494.652-79.01930.363
324.4022-2.86020.00045.013-0.27376.0953-0.0347-0.8468-0.13230.52660.53260.31430.50650.9032-1.0550.98110.1575-0.19931.33150.06611.2326103.077-67.95425.163
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344.6867-3.78671.18316.2831.82476.03930.18030.4302-0.1412-0.4185-0.0043-0.62430.75620.2685-0.17110.7169-0.04140.12120.6161-0.01010.557286.417-70.9738.476
351.824-1.7228-0.99084.41343.47585.1961-0.04850.1-0.0782-0.20970.06350.13120.41490.4364-0.26020.8720.1070.07770.8223-0.05860.77889.048-67.58614.631
361.992-1.56411.20742.73130.67784.4040.0078-0.19980.24930.2065-0.0853-0.24710.49190.02230.18960.5706-0.0630.08150.4910.01420.400978.963-54.40422.435
372.8761-0.7758-0.60673.84940.77085.0874-0.1095-0.0869-0.01150.51920.17160.42650.2656-0.2960.09030.5842-0.03940.11780.5263-0.03010.481169.856-56.09219.105
386.29770.8312-0.76874.713-1.27797.2559-0.7129-0.1547-0.30741.6631-0.14762.5820.7097-0.45160.60650.7782-0.07050.17120.7834-0.09581.141862.637-62.77612.272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 36:44 )A36 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 45:59 )A45 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 60:107 )A60 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 2:9 )B2 - 9
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 10:19 )B10 - 19
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 20:33 )B20 - 33
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 34:43 )B34 - 43
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 44:50 )B44 - 50
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 51:60 )B51 - 60
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 61:73 )B61 - 73
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 74:81 )B74 - 81
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 82:95 )B82 - 95
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 96:101 )B96 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 2:28 )C2 - 28
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 29:57 )C29 - 57
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 58:94 )C58 - 94
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 95:219 )C95 - 219
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 220:313 )C220 - 313
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 314:340 )C314 - 340
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 36:44 )D36 - 44
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 45:59 )D45 - 59
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 60:73 )D60 - 73
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 74:86 )D74 - 86
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 87:98 )D87 - 98
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 99:107 )D99 - 107
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN E AND RESID 2:19 )E2 - 19
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN E AND RESID 20:28 )E20 - 28
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN E AND RESID 29:50 )E29 - 50
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN E AND RESID 51:60 )E51 - 60
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN E AND RESID 61:65 )E61 - 65
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN E AND RESID 66:80 )E66 - 80
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN E AND RESID 81:101 )E81 - 101
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN F AND RESID 2:58 )F2 - 58
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN F AND RESID 59:120 )F59 - 120
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN F AND RESID 121:165 )F121 - 165
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN F AND RESID 166:220 )F166 - 220
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN F AND RESID 221:313 )F221 - 313
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN F AND RESID 314:341 )F314 - 341

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る