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- PDB-7ab3: Crystal structure of the Escherichia coli toxin-antitoxin system ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ab3
タイトルCrystal structure of the Escherichia coli toxin-antitoxin system HipBST (HipT S57A)
要素
  • Couple_hipA domain-containing protein
  • HipA_C domain-containing protein
  • Predicted transcriptional regulator, XRE family
キーワードTOXIN / antitoxin / kinase / HTH / HipA / HipT / HipB / HipS / HipBA / HipBST / bacteria / TrpS / phosphorylation / trans-autophosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / HipA, N-terminal subdomain 1 / HipA N-terminal domain / HipA-like, C-terminal / HipA-like C-terminal domain / Helix-turn-helix / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HipA-like C-terminal domain-containing protein / HipA N-terminal subdomain 1 domain-containing protein / Predicted transcriptional regulator, XRE family
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O127:H6 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Baerentsen, R.L. / Brodersen, D.E.
資金援助 デンマーク, 2件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0030646 デンマーク
Danish National Research FoundationDNRF120 デンマーク
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for regulation of a tripartite toxin-antitoxin system by dual phosphorylation
著者: Baerentsen, R.L. / Nielsen, S.V. / Lyngso, J. / Bisiak, F. / Pedersen, J.S. / Gerdes, K. / Sorensen, M.A. / Brodersen, D.E.
履歴
登録2020年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Predicted transcriptional regulator, XRE family
B: Couple_hipA domain-containing protein
C: HipA_C domain-containing protein
D: Predicted transcriptional regulator, XRE family
E: Couple_hipA domain-containing protein
F: HipA_C domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,9216
ポリマ－125,9216
非ポリマー00
水8,539474
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10030 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area45400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)281.680, 106.070, 57.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.648, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Predicted transcriptional regulator, XRE family


分子量: 11851.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3787 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL98
#2: タンパク質 Couple_hipA domain-containing protein


分子量: 11844.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3786 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL97
#3: タンパク質 HipA_C domain-containing protein


分子量: 39264.273 Da / 分子数: 2 / Mutation: S57A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: E2348C_3785 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7UL96
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.84 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1M BICINE, 8% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.751 Å / Num. obs: 66119 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.466 % / Biso Wilson estimate: 68.91 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.258 / Rrim(I) all: 0.271 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 10.29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.463.9351.9840.6748080.3592.28899.3
2.46-2.535.1921.8640.9247530.4522.06399.9
2.53-2.67.6841.631.3746140.6161.747100
2.6-2.687.4941.4121.5844940.6371.517100
2.68-2.777.0361.0362.1443230.7511.11999.8
2.77-2.8710.2822.1743.2542330.8632.277100
2.87-2.9811.812.044.0640560.8992.132100
2.98-3.111.6431.3535.4539090.9391.416100
3.1-3.2411.5110.937.3437670.9620.973100
3.24-3.3911.3980.6669.3936100.9780.698100
3.39-3.5810.6240.43311.9634210.9810.456100
3.58-3.811.380.30515.832410.9920.32100
3.8-4.0611.7320.23319.6630260.9950.243100
4.06-4.3811.5580.17623.2828340.9960.185100
4.38-4.811.2770.13426.7526430.9960.14100
4.8-5.3710.1560.12925.8523600.9960.136100
5.37-6.211.4610.1228.1520760.9960.126100
6.2-7.5911.2550.11229.9617980.9970.118100
7.59-10.7310.040.08633.6413750.9970.09199.9
10.73-49.75110.5180.07737.117780.9950.08198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
XSCALEVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Emsemble model from 4PU4, 2WIU, 3TPT, 4PU3 and 4PU5

4pu4

2wiu

3tpt

4pu3

4pu5


解像度: 2.4→49.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.205
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 3364 -RANDOM
Rwork0.1994 ---
obs0.2013 66119 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 88.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.9926 Å20 Å2-4.2848 Å2
2--6.6085 Å20 Å2
3---5.3841 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8150 0 0 474 8624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0088393HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9711379HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2918SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1450HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8393HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1025SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6399SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.64
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.42 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 59 -
Rwork0.2742 --
obs0.2737 1323 95.89 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.26731.1221-0.20625.53120.13082.02760.08710.09870.03440.0987-0.0158-0.06010.0344-0.0601-0.07130.13180.00240.122-0.1202-0.0027-0.117986.6229-14.903618.8226
24.03832.49541.70754.8423.88185.0823-0.3123-0.32480.4302-0.32480.38850.82920.43020.8292-0.0762-0.0440.19110.2244-0.286-0.0670.1748130.6149-16.823116.0435
32.25630.2090.82140.78230.13271.7880.0619-0.1568-0.0501-0.1568-0.07240.0934-0.05010.09340.01050.0855-0.01050.1862-0.12380.0057-0.1297114.46585.70519.325
43.42231.5639-0.0973.6779-0.39132.7170.0544-0.3578-0.1224-0.35780.2441-0.028-0.1224-0.028-0.29850.12530.01870.0658-0.12130.0507-0.10681.5413-29.7447.9759
57.9383-1.79122.77956.5486-2.780310.36560.10610.9220.73310.9220.06821.07610.73311.0761-0.1744-0.43780.2024-0.3069-0.0793-0.0489-0.1873100.5695-63.637529.3476
60.6385-0.7062-0.48622.55450.9012.06080.04170.15940.35060.1594-0.0376-0.10280.3506-0.1028-0.00410.0718-0.0177-0.0547-0.12210.0115-0.097377.9091-63.749213.3044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A38 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C2 - 339
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D39 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E2 - 102
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F2 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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