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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aau | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of nitrosoglutathione reductase from Chlamydomonas reinhardtii in complex with NAD+ | |||||||||
![]() | S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase / Zinc-binding dehydrogenase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / nucleotide binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fermani, S. / Zaffagnini, M. / Falini, G. / Lemaire, S.D. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional insights into nitrosoglutathione reductase from Chlamydomonas reinhardtii. 著者: Tagliani, A. / Rossi, J. / Marchand, C.H. / De Mia, M. / Tedesco, D. / Gurrieri, L. / Meloni, M. / Falini, G. / Trost, P. / Lemaire, S.D. / Fermani, S. / Zaffagnini, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 461.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 378.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 95.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 136.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 40455.410 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CHLRE_12g543400v5 / プラスミド: pET3C / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2K3D6R4, S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase |
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-非ポリマー , 6種, 1491分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-MG / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: stick crystals |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.1 M MgCl2 or Mg(CH3CO2)2, and 12-15% w/v PEG 20K or 12% w/v PEG 8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月4日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9137 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→117.4 Å / Num. obs: 102418 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.16 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 8.3 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4DLA 解像度: 2.301→48.565 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 23.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.48 Å2 / Biso mean: 31.6457 Å2 / Biso min: 12.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.301→48.565 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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