PDB-7aak: Human porphobilinogen deaminase R173W mutant crystallized in the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7aak

タイトル

Human porphobilinogen deaminase R173W mutant crystallized in the ES2 intermediate state

要素

Porphobilinogen deaminase

キーワード

TRANSFERASE / PBG-D / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS / Porphobilinogen deaminase / heme biosynthesis / porphyria / acute intermittent porphyria / ES2 / reaction intermediate

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme O biosynthetic process / heme B biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kallio, J.P. / Bustad, H.J. / Martinez, A.

引用

ジャーナル: Iscience / 年: 2021
タイトル: Characterization of porphobilinogen deaminase mutants reveals that arginine-173 is crucial for polypyrrole elongation mechanism.
著者: Bustad, H.J. / Kallio, J.P. / Laitaoja, M. / Toska, K. / Kursula, I. / Martinez, A. / Janis, J.

履歴

登録	2020年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7aak.cif.gz	344.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7aak.ent.gz	233.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7aak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7aak_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7aak_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7aak_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	7aak_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7aajC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yu2-2 4e8f-1 6gde-d 5v0w-3 4ufx-3 4c68-3 2ocf-d 1f0q-d 6gn1-1 6yta-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Porphobilinogen deaminase

B: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

81.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry, light scattering
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Porphobilinogen deaminase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.241, 86.127, 107.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Porphobilinogen deaminase / PBG-D / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS / Pre-uroporphyrinogen synthase 分子量: 39556.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: -amino acids 1-2 (GS) in the sample sequence derive from expression tag and biological sequence starts from 3 -Ligand is covalently bound to Cys261 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMBS, PBGD, UPS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08397, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物	ChemComp-7J8 / 3-[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-5-[[4-(2-hydroxy-2-oxoethyl)-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-5-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid 分子量: 838.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₄₆N₄O₁₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: polyethylene glycol 3350, ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→59.1 Å / Num. obs: 83105 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 25.41 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 15.48
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Num. unique obs: 8199 / CC_1/2: 0.73 / R_rim(I) all: 1.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER	1.17.1_3660	位相決定
PHENIX	1.17.1_3660	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292107576

解像度: 1.7→59.1 Å / SU ML: 0.2318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5378

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2128	4022	4.85 %
R_work	0.1827	-	-
obs	0.1841	82992	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→59.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5169	0	144	505	5818

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	5515
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8808	7486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0578	842
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	979
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.9896	2126

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.3591	137	0.3582	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.72-1.74	0.3545	143	0.3399	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.01
1.74-1.76	0.3414	133	0.3324	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.06
1.76-1.79	0.3945	134	0.333	2645	X-RAY DIFFRACTION	98.97
1.79-1.81	0.3095	143	0.3021	2684	X-RAY DIFFRACTION	98.74
1.81-1.84	0.2936	128	0.2642	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.72
1.84-1.86	0.3049	145	0.2558	2641	X-RAY DIFFRACTION	98.9
1.86-1.89	0.3165	139	0.24	2659	X-RAY DIFFRACTION	98.52
1.89-1.92	0.2653	162	0.231	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.44
1.92-1.96	0.2653	130	0.219	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.61
1.96-1.99	0.2655	123	0.2157	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.99-2.03	0.2823	140	0.211	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.03-2.07	0.2271	143	0.2067	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.07-2.12	0.2355	144	0.2035	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.12-2.17	0.2211	142	0.1928	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.17-2.22	0.2446	128	0.181	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.22-2.28	0.1998	138	0.1768	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.28-2.35	0.1953	122	0.189	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.35-2.42	0.2238	137	0.1883	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.42-2.51	0.197	147	0.1805	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.51-2.61	0.1998	164	0.177	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.61-2.73	0.1913	121	0.1736	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.73-2.87	0.2058	136	0.177	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.87-3.05	0.2275	142	0.1716	2750	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.05-3.29	0.1973	152	0.1705	2754	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.29-3.62	0.1906	127	0.1636	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.62-4.14	0.1749	155	0.1457	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.15-5.22	0.1587	131	0.1402	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.09
5.22-59.1	0.207	136	0.1786	2964	X-RAY DIFFRACTION	99.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4051083274	0.332875604871	0.13058191321	0.300422794051	-0.0499630716834	1.4289087975	-0.0102639599694	-0.0350706664724	-0.0768838573253	0.00964349935461	0.00564009391778	-0.00983915680083	0.107555963294	0.00836708585062	0.000832492517024	0.179229223817	0.0164944498592	0.00933109570352	0.0803160010454	-0.00782116028839	0.155661876959	94.2568395811	35.7342684882	5.61894203764
2	1.73921995619	0.110371751098	-0.393255183344	0.593088140682	-0.0643362061827	2.28246442427	-0.0376135739854	-0.106308885009	-0.129897937021	5.54159433005E-5	-0.0686530727322	-0.121038539532	0.216133057313	0.307171874965	0.0896492349931	0.181036192585	0.0367832952439	0.0289183157834	0.167723529128	0.0548399368609	0.210225126207	93.8659265305	75.9241754996	18.2783016857

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 17 through 361)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 18 through 358)

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