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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aai | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human serum albumin in complex with perfluorooctanoic acid (PFOA) at 2.10 Angstrom Resolution | ||||||
要素 | Albuminアルブミン | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Serum protein / Lipid binding protein / Drug carrier | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Maso, L. / Liberi, S. / Trande, M. / Angelini, A. / Cendron, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021 タイトル: Unveiling the binding mode of perfluorooctanoic acid to human serum albumin. 著者: Maso, L. / Trande, M. / Liberi, S. / Moro, G. / Daems, E. / Linciano, S. / Sobott, F. / Covaceuszach, S. / Cassetta, A. / Fasolato, S. / Moretto, L.M. / De Wael, K. / Cendron, L. / Angelini, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7aai.cif.gz | 138.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7aai.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7aai.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/7aai | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 AAA
#1: タンパク質 | 分子量: 66456.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768 |
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-非ポリマー , 8種, 106分子
#2: 化合物 | ChemComp-8PF / #3: 化合物 | ChemComp-MPO / | #4: 化合物 | ChemComp-PGE / | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #6: 化合物 | ChemComp-MYR / #7: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #8: 化合物 | ChemComp-EDO / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES, 50 mM MOPS, 30 mM diethylene glycol, 30 mM triethylene glycol (PGE), 30 mM tetraethylene glycol (PG4), 30 mM pentaethylene glycol, 12.5% v/v MPD, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→46.22 Å / Num. obs: 38662 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 20.88 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique obs: 3805 / CC1/2: 0.886 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1bj5 解像度: 2.1→46.218 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.227 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.476 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.218 Å
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拘束条件 | タイプ: r_bond_refined_d / Dev ideal: 0.019 / Dev ideal target: 0.012 / 数: 4995 | ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å
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