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- PDB-7aae: Crystal structure of Human serum albumin in complex with myristic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aae
タイトルCrystal structure of Human serum albumin in complex with myristic acid at 2.27 Angstrom Resolution
要素Albumin
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Serum protein / Lipid binding protein / Drug carrier
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / cellular response to starvation / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / MYRISTIC ACID / PHOSPHATE ION / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Maso, L. / Liberi, S. / Trande, M. / Angelini, A. / Cendron, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Unveiling the binding mode of perfluorooctanoic acid to human serum albumin.
著者: Maso, L. / Trande, M. / Liberi, S. / Moro, G. / Daems, E. / Linciano, S. / Sobott, F. / Covaceuszach, S. / Cassetta, A. / Fasolato, S. / Moretto, L.M. / De Wael, K. / Cendron, L. / Angelini, A.
履歴
登録2020年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,55814
ポリマ－66,4561
非ポリマー2,10213
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area28080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.315, 38.537, 184.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質 Albumin


分子量: 66456.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768

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非ポリマー , 5種, 36分子

#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES, 50 mM MOPS, 30 mM sodium fluoride, 30 mM sodium bromide, 30 mM sodium iodide, 12.5% v/v MPD, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→29.23 Å / Num. obs: 30458 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.28
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2962 / CC1/2: 0.866 / Rsym value: 0.583

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12-2829精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1bj5

1bj5


解像度: 2.27→29.228 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.304 / WRfactor Rwork: 0.228 / Average fsc free: 0.8371 / Average fsc work: 0.8688 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.273 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2907 1502 4.931 %
Rwork0.2237 28956 -
all0.227 --
obs-30458 99.516 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 61.474 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.101 Å20 Å2-0.054 Å2
2--0.131 Å2-0 Å2
3----0.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→29.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4622 0 144 23 4789
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0124883
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8591.6516571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0855584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85923.454249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.45615873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0921524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2613
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.22139
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23313
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2240.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2680.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5095.8452333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5998.752918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8446.3452550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4739.3043653
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.06179.5117067
LS精密化 シェル解像度: 2.27→2.329 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 125 -
Rwork0.289 2040 -
obs--99.8156 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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