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- PDB-7a9t: Racemic compound of RNA duplexes. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a9t
タイトルRacemic compound of RNA duplexes.
要素
  • RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')
  • RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')
  • RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*CP*UP*GP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
キーワードRNA / racemic compound
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rypniewski, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Broken symmetry between RNA enantiomers in a crystal lattice.
著者: Kiliszek, A. / Blaszczyk, L. / Bejger, M. / Rypniewski, W.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02023年7月26日Group: Derived calculations / Polymer sequence / カテゴリ: atom_type / entity_poly
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _entity_poly.type
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
L: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*CP*UP*GP*G)-3')
M: RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')
N: RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,68811
ポリマ－10,2304
非ポリマー4587
水2,918162
1
K: RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*G)-3')
L: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*CP*UP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3776
ポリマ－5,1152
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')
N: RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3115
ポリマ－5,1152
非ポリマー1963
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.109, 26.722, 38.971
Angle α, β, γ (deg.)105.858, 97.598, 90.857
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 KLMN

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*G)-3')


分子量: 2597.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chain K is D-enantiomer. It pairs with chain L. / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*CP*GP*CP*CP*UP*GP*G)-3')


分子量: 2517.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chain L is D-enantiomer. It pairs with chain K. / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G)P*(0G)P*(0C)P*(0G)P*(0G))-3')


分子量: 2597.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chain M is L-enantiomer. It pairs with chain N. / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*(0C)P*(0C)P*(0G)P*(0C)P*(0C)P*(0U)P*(0G)P*(0G))-3')


分子量: 2517.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chain N is L-enantiomer. It pairs with chain M. / 由来: (合成) Thermus thermophilus (バクテリア)

-
非ポリマー , 2種, 169分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 % / 解説: needle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M zinc acetate, 0.1 M cacodylate buffer, 18% w/v polyethylene glycol 8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.283 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.283 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37 Å / Num. obs: 15768 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.986 / Rrim(I) all: 0.142 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 2410 / CC1/2: 0.884 / Rrim(I) all: 0.496 / Rsym value: 0.35

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZQ9

6zq9


解像度: 1.7→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.188 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 423 5.114 %
Rwork0.1884 7848 -
all0.191 --
obs-8271 92.506 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 14.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å21.067 Å2-0.813 Å2
2--1.12 Å2-0.653 Å2
3----0.398 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 676 7 162 845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.011752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.019292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6381.4521168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.4242.383726
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0180.02412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2690.2397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2490.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0970.2155
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2860.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0380.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1790.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1480.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2070.218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9461.402752
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9471.403750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3362.1031168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.3352.1031169
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.59315.3181102
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.70214.231042
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.699-1.7430.291260.2955410.2956620.7990.77285.64950.28
1.743-1.7910.378270.2535670.2596570.7380.82290.4110.24
1.791-1.8430.326290.2585220.2616050.8180.82791.07440.246
1.843-1.8990.387270.2575450.2636350.810.84690.07870.244
1.899-1.9610.329270.2195100.2255790.8460.88592.74610.211
1.961-2.030.33320.2024940.2095680.8670.90292.60560.194
2.03-2.1060.315240.1944980.1995550.8520.92294.05410.189
2.106-2.1920.234200.1814500.1835120.9180.93291.79690.171
2.192-2.2890.235300.1754540.1795190.9080.94493.25630.171
2.289-2.4010.208310.1524220.1564900.9440.95692.4490.152
2.401-2.530.308160.1794050.1844460.9380.94594.39460.178
2.53-2.6830.195160.1924110.1924490.940.94195.10020.199
2.683-2.8670.269230.1993590.2044030.9160.92794.78910.213
2.867-3.0950.282280.1933400.1993880.90.94394.84540.223
3.095-3.3880.19590.1513140.1523480.9450.97592.81610.189
3.388-3.7840.189110.1442970.1463180.9580.97596.85530.194
3.784-4.3620.202130.1312570.1332840.9440.97695.07040.17
4.362-5.3240.216130.1542120.1572380.9570.96994.53780.201
5.324-7.4520.105150.2111500.1991770.9730.95393.22030.279
7.452-37.1090.19260.235990.2321070.9180.94598.13080.294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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