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- PDB-7a8y: X-ray crystal structure of Aspartate alpha-decarboxylase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a8y
タイトルX-ray crystal structure of Aspartate alpha-decarboxylase in complex with D-Serine
要素(Aspartate 1-decarboxylaseアスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ) x 2
キーワードLYASE (リアーゼ) / Decarboxylase (脱炭酸酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine biosynthetic process / アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ / aspartate 1-decarboxylase activity / pantothenate biosynthetic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
セリン / ピルビン酸 / セリン / アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Yorke, B.A. / Raskar, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust110296/B/15/Z 英国
引用ジャーナル: Phys Chem Chem Phys / 年: 2022
タイトル: Structure and diffusive dynamics of aspartate alpha-decarboxylase (ADC) liganded with D-serine in aqueous solution.
著者: Raskar, T. / Niebling, S. / Devos, J.M. / Yorke, B.A. / Hartlein, M. / Huse, N. / Forsyth, V.T. / Seydel, T. / Pearson, A.R.
履歴
登録2020年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_type / citation ...atom_type / citation / citation_author / diffrn_source
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Aspartate 1-decarboxylase
BBB: Aspartate 1-decarboxylase
DDD: Aspartate 1-decarboxylase
EaE: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,21011
ポリマ－26,5524
非ポリマー6597
水3,747208
1
AAA: Aspartate 1-decarboxylase
BBB: Aspartate 1-decarboxylase
DDD: Aspartate 1-decarboxylase
EaE: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子

AAA: Aspartate 1-decarboxylase
BBB: Aspartate 1-decarboxylase
DDD: Aspartate 1-decarboxylase
EaE: Aspartate 1-decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,42122
ポリマ－53,1048
非ポリマー1,31714
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/61
Buried area23650 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.300, 71.300, 216.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 4分子 AAADDDBBBEaE

#1: タンパク質・ペプチド Aspartate 1-decarboxylase / アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ / Aspartate alpha-decarboxylase


分子量: 3056.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Modification at residue 25: Serine and pyrovoyl residues are present with partial occupancies.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: panD, BON96_17415, D9J78_12565, FKO60_12525, G5697_15675
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4Y8GT61, アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ
#2: タンパク質 Aspartate 1-decarboxylase / アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ / Aspartate alpha-decarboxylase


分子量: 10219.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Some of the terminal residues are not modeled due to missing density
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: panD, BON96_17415, D9J78_12565, FKO60_12525, G5697_15675
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A4Y8GT61, アスパラギン酸-1-デカルボキシラーゼ

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非ポリマー , 5種, 215分子

#3: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸 / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DSN / D-SERINE / D-セリン / セリン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 1.8 M ammonium sulphate, 100 mM sodium citrate pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→46.98 Å / Num. obs: 33922 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.02384 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.1564 / Mean I/σ(I) obs: 5.25 / Num. unique obs: 3301 / CC1/2: 0.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AW8

1aw8


解像度: 1.75→46.975 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.187 / WRfactor Rwork: 0.165 / SU B: 1.67 / SU ML: 0.054 / Average fsc free: 0.9557 / Average fsc work: 0.9597 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.088 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1905 1702 5.017 %
Rwork0.1705 32220 -
all0.171 --
obs-33922 99.988 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 20.673 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.257 Å20.129 Å20 Å2
2--0.257 Å2-0 Å2
3----0.835 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→46.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 40 208 2076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0131997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0171838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.6392712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2441.5874243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg16.8255.227264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.11321.887106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10615320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.6981515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2352
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.21676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1480.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1580.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2250.227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1510.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1112.0821011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1112.0821011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9393.0831264
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9393.0841265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3172.244985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3172.245986
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1583.3011441
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1573.3021442
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.32225.3142185
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.32125.3212186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.7950.2361120.2122352X-RAY DIFFRACTION100
1.795-1.8450.21270.1992237X-RAY DIFFRACTION99.9577
1.845-1.8980.211100.1922199X-RAY DIFFRACTION100
1.898-1.9560.1921060.1862153X-RAY DIFFRACTION100
1.956-2.020.1861170.1672089X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.0910.181950.1672037X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.170.189950.1671955X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.2590.1821040.161880X-RAY DIFFRACTION100
2.259-2.3590.1441120.1591798X-RAY DIFFRACTION100
2.359-2.4740.2041030.1631735X-RAY DIFFRACTION100
2.474-2.6070.181710.1671663X-RAY DIFFRACTION100
2.607-2.7650.143780.1581593X-RAY DIFFRACTION100
2.765-2.9560.19760.1591494X-RAY DIFFRACTION100
2.956-3.1920.203800.1661381X-RAY DIFFRACTION100
3.192-3.4960.155650.1621305X-RAY DIFFRACTION100
3.496-3.9070.205630.1521185X-RAY DIFFRACTION100
3.907-4.5080.147620.1371056X-RAY DIFFRACTION100
4.508-5.5140.237580.171910X-RAY DIFFRACTION100
5.514-7.7670.275430.231737X-RAY DIFFRACTION100
7.767-9.50.288250.234462X-RAY DIFFRACTION99.3878

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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