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万見
- PDB-7a67: Pcc1Pcc2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a67
タイトルPcc1Pcc2 complex
要素
  • KEOPS complex subunit Pcc1
  • Pcc2
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / t6A synthases
機能・相同性CTAG/Pcc1 family / Transcription factor Pcc1 / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / cytoplasm / KEOPS complex subunit Pcc1
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Missoury, S. / Tilbeurgh, V.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pcc1Pcc2 structure
著者: Missoury, S. / Tilbeurgh, V.H.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KEOPS complex subunit Pcc1
B: Pcc2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7522
ポリマ－20,7522
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.898, 69.898, 92.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 KEOPS complex subunit Pcc1


分子量: 10408.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay / 遺伝子: pcc1, PYRAB02750, PAB3073
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9V1Z9
#2: タンパク質 Pcc2


分子量: 10342.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 6000 and 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980066 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→34.95 Å / Num. obs: 4659 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 18.751 % / Biso Wilson estimate: 90.58 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.212 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 1.105 / Net I/σ(I): 10.93 / Num. measured all: 87363
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.17-3.3617.4881.7961.54118577456780.8591.84791
3.36-3.5919.6971.0013.36135326886870.9641.02899.9
3.59-3.8819.1410.6864.98127296666650.9790.70599.8
3.88-4.2420.1150.418.69119085925920.9940.421100
4.24-4.7319.5230.21113.33107185505490.9970.21799.8
4.73-5.4518.2740.21314.8792655075070.9930.22100
5.45-6.6418.0070.20715.875274184180.9940.213100
6.64-9.2417.5520.10627.0960383443440.9980.11100
9.24-34.9517.3010.0737.9337892232190.9980.07398.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ENC

3enc


解像度: 3.18→34.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.442
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 435 9.86 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.192 4411 94 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.84 Å2 / Biso mean: 60.74 Å2 / Biso min: 15.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6277 Å20 Å20 Å2
2--1.6277 Å20 Å2
3----3.2554 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.18→34.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1316 0 0 8 1324
Biso mean---24.65 -
残基数----164
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d481SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes222HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1336HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion179SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1639SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1336HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1809HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24.76
LS精密化 シェル解像度: 3.18→3.27 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4884 24 11.37 %
Rwork0.2358 187 -
all0.2623 211 -
obs--55.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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