PDB-7a5q: Crystal structure of VcSiaP bound to sialic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a5q

タイトル

Crystal structure of VcSiaP bound to sialic acid

要素

DctP family TRAP transporter solute-binding subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / TRAP transporter / substrate binding protein / transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

: / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Schneberger, N. / Peter, M.F. / Hagelueken, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Triggering Closure of a Sialic Acid TRAP Transporter Substrate Binding Protein through Binding of Natural or Artificial Substrates.
著者: Peter, M.F. / Gebhardt, C. / Glaenzer, J. / Schneberger, N. / de Boer, M. / Thomas, G.H. / Cordes, T. / Hagelueken, G.

履歴

登録	2020年8月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7a5q.cif.gz	315.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7a5q.ent.gz	213.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7a5q_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a5q_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7a5q_validation.xml.gz	31.5 KB	表示
CIF形式データ	7a5q_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/7a5q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7a5cC 3b50S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mnp-d 6md2-1 3bc5-d 6mcz-1 3kdu-2 6l36-1 3kdt-2 6kyp-2 4p56-3 4p1l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit

B: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit

ヘテロ分子

70.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
35 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DctP family TRAP transporter solute-binding subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	48.354, 106.738, 134.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	DctP family TRAP transporter solute-binding subunit / Sialic acid-binding protein 分子量: 33790.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: C9J66_17385, GQX72_05445 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H5WZA5, UniProt: Q9KR64*PLUS

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 糖

ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉NO₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Acb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-Neup5Ac	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Ac	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 3種, 329分子

#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Morpheus Screen (Molecular Dimensions) condition F4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.000009 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000009 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→45.5 Å / Num. obs: 152174 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7732 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B50

3b50

解像度: 1.68→45.5 Å / SU ML: 0.2309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 30.2903
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	7587	5 %
R_work	0.2127	144228	-
obs	0.2144	151815	99.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→45.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4738	0	212	304	5254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0185	5121
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.8086	6907
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.23	760
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0118	881
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.3003	1937

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.7	0.3706	232	0.3862	4410	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7-1.72	0.4172	251	0.368	4655	X-RAY DIFFRACTION	96.73
1.72-1.74	0.3883	249	0.348	4779	X-RAY DIFFRACTION	98.94
1.74-1.76	0.3259	257	0.3177	4803	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.76-1.79	0.3248	263	0.3019	4889	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.79-1.81	0.3316	249	0.2767	4845	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.81-1.84	0.2677	254	0.2568	4802	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.84-1.86	0.256	260	0.2418	4895	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.86-1.89	0.2586	252	0.2311	4775	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.89-1.92	0.229	257	0.2239	4849	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.92-1.96	0.2263	249	0.2132	4864	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.96-1.99	0.2442	259	0.2062	4795	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.99-2.03	0.2229	250	0.2081	4852	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.03-2.07	0.2191	257	0.2052	4834	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.07-2.12	0.2183	256	0.2075	4853	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.12-2.17	0.2133	256	0.1955	4781	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.17-2.22	0.251	251	0.1946	4801	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2.22-2.28	0.2376	257	0.1894	4839	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.28-2.35	0.2559	256	0.1867	4837	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.35-2.42	0.242	259	0.1876	4866	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.42-2.51	0.2458	247	0.1918	4808	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.51-2.61	0.2355	251	0.1887	4841	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.61-2.73	0.2401	249	0.1959	4871	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.73-2.87	0.2656	249	0.1905	4812	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.87-3.05	0.2277	251	0.1919	4828	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.05-3.29	0.2117	250	0.1953	4751	X-RAY DIFFRACTION	98.43
3.29-3.62	0.1995	256	0.1899	4859	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.62-4.14	0.2249	255	0.188	4839	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.14-5.22	0.2569	250	0.2112	4825	X-RAY DIFFRACTION	99.45
5.22-45.5	0.2885	255	0.2631	4770	X-RAY DIFFRACTION	98.26

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.71735731342	-0.378624210329	0.998489174389	6.30754465938	0.197509430456	1.57262100655	0.0486101976422	0.150691439678	0.601475368041	0.0410525106894	0.0444310323282	-0.166120624457	-0.717685582574	0.0888799753495	-0.0482082885507	0.415314581134	-0.0203786204856	0.075400733907	0.176917739819	0.0167351504876	0.372520862543	18.123180684	19.0657278023	19.5172811275
2	1.46999032371	0.523606857726	-0.521232261191	1.17669996831	0.0526828411734	1.4491760556	0.112002711388	0.092554460214	0.084015179935	0.0694609104108	-0.040862767794	0.0757544339859	-0.223687273869	-0.141219640496	-0.0354801200521	0.204540832306	0.0602627825772	0.00839239968364	0.197744926141	-0.00453517821434	0.21795243047	8.21200076689	2.97283064425	22.7717754524
3	4.11155444306	-1.52563170914	-0.98456332381	4.66378311891	4.60424682632	8.57122162768	0.254412231164	0.568769469106	0.396487387327	-0.252115834061	-0.223476397996	0.292997477656	-0.507142260235	-0.641414393271	-0.0560244719188	0.212782675979	0.0844776767548	0.03149679512	0.327157535665	0.0710683203359	0.31285473244	-1.58714206509	5.84553573845	15.2074546644
4	0.878924571273	-0.63647041516	-0.362369247481	2.20785268745	0.684452425729	1.31261285849	0.00776641117768	-0.0381161588932	-0.00548722472849	0.135705868533	0.0365006834075	-0.0550396020572	-0.0110810424798	0.0804690133896	-0.0310448859726	0.122572812848	0.0117003986121	-0.0101254785575	0.148247534939	-0.00563153506773	0.162072018222	19.1151363013	-7.81606524913	16.3809308519
5	2.40156558541	-3.36360677094	-1.46370837615	6.15109243713	2.35214340279	2.13335344899	0.185309947692	0.127300989538	0.248595565128	-0.326129831013	-0.0874799192367	0.00413940080258	-0.540576286054	-0.20744175503	-0.11927845269	0.305470639223	0.0314411564625	0.00514981452438	0.157259441303	0.0246567174766	0.251994078138	12.398177852	13.0635452463	12.9931433167
6	7.31285413502	-1.77782857427	-3.23648058612	1.84509286575	0.228795754811	2.76461305103	-0.0950232147236	0.32151195255	-0.0993804831119	-0.0748948932578	0.0316120472176	0.432885374027	0.0447839875113	-0.477260504363	0.0644318949406	0.152459552074	-0.0130072128155	-0.0498340208223	0.228519029517	-0.0111624046986	0.255387484291	4.91784815802	-12.3668783734	10.2230068525
7	3.03380341299	0.319683020085	0.211281329721	5.08086231784	0.491549163902	2.1258860305	-0.0501701450745	0.0743411518283	0.606867441721	-0.201285712105	0.148941611566	0.336818807613	-0.779718083918	0.00798085305965	-0.0840150492583	0.397952125801	0.0282011136663	0.0369391191334	0.171586931318	0.0114666506224	0.3529038949	5.99917845428	11.9835340088	-19.7134432584
8	1.0912788504	-0.212644258217	-0.223278757556	1.63989065352	-0.428378932729	1.67385666887	0.0179446618325	0.0261307611005	0.0664261913105	-0.17817709425	-0.0338275987355	-0.0980436361063	-0.163659402204	0.104276943493	0.0144401852287	0.20347711844	-0.0285967797916	-0.00673936840241	0.182048960381	0.0100583502366	0.215493364427	15.8711178752	-3.8727837058	-23.1099714282
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12	2.79832606839	1.63823170115	-2.62624495732	2.4530146733	-0.504006481034	2.99335689387	-0.178871746029	-0.153909186164	-0.363504236513	-0.104285552595	0.015873267262	-0.466420641355	0.16885202652	0.471534008921	0.135242887641	0.177402462189	0.0045152234563	-0.0373588568014	0.242312756112	0.0114421866206	0.228551829273	19.0150936379	-19.5745873381	-10.0911555496

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )	A	A	1 - 40	1 - 42
2	2	chain 'A' and (resid 41 through 88 )	A	A	41 - 88	43 - 91
3	3	chain 'A' and (resid 89 through 112 )	A	A	89 - 112	92 - 115
4	4	chain 'A' and (resid 113 through 210 )	A	A	113 - 210	116 - 218
5	5	chain 'A' and (resid 211 through 260 )	A	A	211 - 260	219 - 270
6	6	chain 'A' and (resid 261 through 299 )	A	A	261 - 299	271 - 311
7	7	chain 'B' and (resid 1 through 40 )	B	D	1 - 40	1 - 40
8	8	chain 'B' and (resid 41 through 88 )	B	D	41 - 88	41 - 91
9	9	chain 'B' and (resid 89 through 112 )	B	D	89 - 112	92 - 116
10	10	chain 'B' and (resid 113 through 225 )	B	D	113 - 225	117 - 232
11	11	chain 'B' and (resid 226 through 260 )	B	D	226 - 260	233 - 267
12	12	chain 'B' and (resid 261 through 299 )	B	D	261 - 299	268 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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