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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a4x | ||||||
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タイトル | tRNA-guanine transglycosylase C158S/C281S/Y330C/H333A mutant in complex with dimethyl sulfoxide | ||||||
要素 | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / enzyme (酵素) / disulfide (ジスルフィド) / fragment | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Nguyen, D. / Nguyen, T.X.P. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021 タイトル: Targeting a Cryptic Pocket in a Protein-Protein Contact by Disulfide-Induced Rupture of a Homodimeric Interface. 著者: Nguyen, D. / Xie, X. / Jakobi, S. / Terwesten, F. / Metz, A. / Nguyen, T.X.P. / Palchykov, V.A. / Heine, A. / Reuter, K. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a4x.cif.gz | 197.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a4x.ent.gz | 130.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a4x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/7a4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/7a4x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42910.605 Da / 分子数: 1 / 変異: C158S/C281S/Y330C/H333A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 = ATCC 31821 (バクテリア) 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: pPR-IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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-非ポリマー , 5種, 188分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DMS / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, pH 8.5, 5% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.7999 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→64.06 Å / Num. obs: 35368 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.9 % / Biso Wilson estimate: 31.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 5626 / CC1/2: 0.957 / Rsym value: 0.508 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PUD 解像度: 2.05→64.06 Å / SU ML: 0.1774 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.3551 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→64.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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