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- PDB-7a3j: Crystal structure of DPP8 in complex with a 4-oxo-b-lactam based ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a3j
タイトルCrystal structure of DPP8 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, A272
要素Dipeptidyl peptidase 8
キーワードHYDROLASE / DPP8 / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / immune response / apoptotic process / proteolysis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family ...Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QXK / trimethylamine oxide / Dipeptidyl peptidase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ross, B.H. / Huber, R.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Chemoproteomics-Enabled Identification of 4-Oxo-beta-Lactams as Inhibitors of Dipeptidyl Peptidases 8 and 9.
著者: Carvalho, L.A.R. / Ross, B. / Fehr, L. / Bolgi, O. / Wohrle, S. / Lum, K.M. / Podlesainski, D. / Vieira, A.C. / Kiefersauer, R. / Felix, R. / Rodrigues, T. / Lucas, S.D. / Gross, O. / Geiss- ...著者: Carvalho, L.A.R. / Ross, B. / Fehr, L. / Bolgi, O. / Wohrle, S. / Lum, K.M. / Podlesainski, D. / Vieira, A.C. / Kiefersauer, R. / Felix, R. / Rodrigues, T. / Lucas, S.D. / Gross, O. / Geiss-Friedlander, R. / Cravatt, B.F. / Huber, R. / Kaiser, M. / Moreira, R.
履歴
登録2020年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Dipeptidyl peptidase 8
A: Dipeptidyl peptidase 8
B: Dipeptidyl peptidase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,15512
ポリマ－310,4503
非ポリマー1,7059
水50428
1
C: Dipeptidyl peptidase 8
B: Dipeptidyl peptidase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,1038
ポリマ－206,9672
非ポリマー1,1366
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area64170 Å2
手法PISA
2
A: Dipeptidyl peptidase 8
ヘテロ分子

A: Dipeptidyl peptidase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,1038
ポリマ－206,9672
非ポリマー1,1366
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area65170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.377, 252.959, 260.869
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 8 / DP8 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 1 / DPRP-1 / Dipeptidyl peptidase VIII / DPP VIII / ...DP8 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 1 / DPRP-1 / Dipeptidyl peptidase VIII / DPP VIII / Prolyl dipeptidase DPP8


分子量: 103483.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP8, DPRP1, MSTP097, MSTP135, MSTP141
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6V1X1, dipeptidyl-peptidase IV
#2: 化合物 ChemComp-QXK / 2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(naphthalen-1-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide


分子量: 457.607 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.84 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.46 M Na citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.54 Å / Num. obs: 108427 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.576 % / Biso Wilson estimate: 84.753 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 18.5 / Num. measured all: 929839 / Scaling rejects: 118
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3-3.088.5291.1252.268196799679960.8021.198100
3.08-3.168.1370.8312.8762713770877070.8620.888100
3.16-3.268.3260.6073.9665448786278610.9240.648100
3.26-3.378.6490.4335.4567865784878470.9610.461100
3.37-3.499.0520.3247.2770283776677640.980.344100
3.49-3.639.0060.2638.6969335770076990.9860.279100
3.63-3.88.9280.22210.270087785078500.9870.236100
3.8-4.018.8140.14414.567862769976990.9930.153100
4.01-4.268.6390.09420.0367047776177610.9970.1100
4.26-4.68.1350.06625.362580769376930.9990.071100
4.6-5.078.2870.05331.5263708768876880.9990.056100
5.07-5.838.9660.05432.6368830767776770.9990.057100
5.83-7.18.7030.0534.9658526672567250.9990.053100
7.1-97.9050.03347.4833508423942390.9990.035100
9-11.567.9960.02265.62176552209220810.023100
11.56-16.878.3160.02176.01113271362136210.022100
16.87-277.7570.0276.23390250550310.02199.6
27-49.546.5340.01974.849671851480.9990.02180

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EOP

6eop


解像度: 3→49.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 14.555 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.567 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2323 5422 5 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1987 103005 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 230.66 Å2 / Biso mean: 101.429 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.22 Å20 Å2-0 Å2
2--4.18 Å20 Å2
3----5.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19949 0 120 28 20097
Biso mean--121.05 71.25 -
残基数----2459
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01920633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0219161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1521.96228007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.853344182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13852450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10823.5791003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.237153421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4615131
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.22965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02123152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024917
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 399 -
Rwork0.357 7567 -
all-7966 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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