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万見
- PDB-7a1w: KRASG12C GDP form in complex with Cpd3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a1w
タイトルKRASG12C GDP form in complex with Cpd3
要素Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードONCOPROTEIN / inhibitor / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


small monomeric GTPase / Ca2+ pathway
類似検索 - 分子機能
P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Chem-QWK / Isoform 2B of GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Mathieu, M. / Steier, V.
引用ジャーナル: Small Gtpases / 年: 2022
タイトル: KRAS G12C fragment screening renders new binding pockets.
著者: Mathieu, M. / Steier, V. / Fassy, F. / Delorme, C. / Papin, D. / Genet, B. / Duffieux, F. / Bertrand, T. / Delarbre, L. / Le-Borgne, H. / Parent, A. / Didier, P. / Marquette, J.P. / Lowinski, ...著者: Mathieu, M. / Steier, V. / Fassy, F. / Delorme, C. / Papin, D. / Genet, B. / Duffieux, F. / Bertrand, T. / Delarbre, L. / Le-Borgne, H. / Parent, A. / Didier, P. / Marquette, J.P. / Lowinski, M. / Houtmann, J. / Lamberton, A. / Debussche, L. / Alexey, R.
履歴
登録2020年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5306
ポリマ－19,3751
非ポリマー1,1555
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area8410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.55, 38.55, 186.07
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19374.902 Da / 分子数: 1 / 変異: G12C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / プラスミド: pET-28a / 詳細 (発現宿主): T7 promoter / Cell (発現宿主): NA / 器官 (発現宿主): NA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): NA / 組織 (発現宿主): NA / Variant (発現宿主): NA / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase

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非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-QWK / ~{N}-[6-(phenylmethyl)-7,8-dihydro-5~{H}-pyrido[4,3-d]pyrimidin-2-yl]propanamide / RA303


分子量: 296.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350 20% - Na2HPO4 200mM - pH7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→46.52 Å / Num. obs: 16891 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1138 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 1.76→33.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9382 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9181 / SU R Cruickshank DPI: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.125
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 840 5 %RANDOM
Rwork0.2001 ---
obs-16786 99.73 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9267 Å20 Å20 Å2
2--2.9267 Å20 Å2
3----5.8534 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→33.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1325 0 78 111 1514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011442HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.971951HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d525SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes40HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes216HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1442HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion184SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1793SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.87
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.88 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3681 146 5 %
Rwork0.2617 2775 -
obs--99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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