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- PDB-7a1h: Crystal structure of wild-type CI2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a1h
タイトルCrystal structure of wild-type CI2
要素Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
キーワードPROTEIN BINDING / Protease inhibitor
機能・相同性Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
機能・相同性情報
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Olsen, J.G. / Teilum, K. / Hamborg, L. / Roche, J.V.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF15OC0016360 デンマーク
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Synergistic stabilization of a double mutant in chymotrypsin inhibitor 2 from a library screen in E. coli.
著者: Hamborg, L. / Granata, D. / Olsen, J.G. / Roche, J.V. / Pedersen, L.E. / Nielsen, A.T. / Lindorff-Larsen, K. / Teilum, K.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Synergistic stabilization of a double mutant in CI2 from an in-cell library screen
著者: Hamborg, L. / Granata, D. / Olsen, J.G. / Roche, J.V. / Pedersen, L.E. / Nielsen, A.T. / Lindorff-Larsen, K. / Teilum, K.
履歴
登録2020年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5063
ポリマ－7,3141
非ポリマー1922
水54030
1
A: Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,06936
ポリマ－87,76312
非ポリマー2,30624
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_675-y+1,x-y+2,z1
crystal symmetry operation3_465-x+y-1,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_575-x,-y+2,z1
crystal symmetry operation5_455y-1,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_665x-y+1,x+1,z1
crystal symmetry operation7_467y-1,x+1,-z+21
crystal symmetry operation8_677x-y+1,-y+2,-z+21
crystal symmetry operation9_557-x,-x+y,-z+21
crystal symmetry operation10_667-y+1,-x+1,-z+21
crystal symmetry operation11_457-x+y-1,y,-z+21
crystal symmetry operation12_577x,x-y+2,-z+21
Buried area22740 Å2
ΔGint-419 kcal/mol
Surface area32930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.266, 68.266, 52.605
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A / CI-2A


分子量: 7313.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P01053
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
解説: Beautiful three dimensional crystals with clear hexagonal faces. Size of crystals ranging from a few micrometer to app. 1 mm. Become blue when soaked with "Izit".
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 40 % (NH4)2SO4, 50 mM Tris-Hcl, pH 8.0. Protein concentration app 75 mg/mL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Agilent SuperNova / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月9日 / 詳細: multilayer
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 6063 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 453 / CC1/2: 0.565 / Rpim(I) all: 0.332 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.9 Å13.56 Å
Translation1.9 Å13.56 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CI2

2ci2


解像度: 1.9→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.733 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2538 290 4.8 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.2053 5773 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.81 Å2 / Biso mean: 23.35 Å2 / Biso min: 10.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.74 Å2-0.37 Å2-0 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---2.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数513 0 10 30 553
Biso mean--50.81 25.98 -
残基数----64
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0732.018716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02831254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.607563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.04524.76221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.32815104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.012154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0298
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 21 -
Rwork0.248 399 -
all-420 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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