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万見
- PDB-7a15: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a15
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR GSK2224863A (COMPOUND 42)
要素Methionine aminopeptidase 2
キーワードHYDROLASE / METHIONINE AMINOPEPTIDASE-2
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding ...N-terminal protein amino acid modification / peptidyl-methionine modification / methionyl aminopeptidase / initiator methionyl aminopeptidase activity / metalloexopeptidase activity / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / protein processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / RNA binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Chem-QV5 / Methionine aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Thorpe, J.H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Structure-based optimisation of orally active & reversible MetAP-2 inhibitors maintaining a tight 'molecular budget'.
著者: Hirst, D.J. / Brandt, M. / Bruton, G. / Christodoulou, E. / Cutler, L. / Deeks, N. / Goodacre, J.D. / Jack, T. / Lindon, M. / Miah, A. / Page, K. / Parr, N. / Shukla, L. / Sims, M. / Thomas, ...著者: Hirst, D.J. / Brandt, M. / Bruton, G. / Christodoulou, E. / Cutler, L. / Deeks, N. / Goodacre, J.D. / Jack, T. / Lindon, M. / Miah, A. / Page, K. / Parr, N. / Shukla, L. / Sims, M. / Thomas, P. / Thorpe, J. / Holmes, D.S.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,71611
ポリマ－41,5101
非ポリマー1,20610
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area16110 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.282, 100.820, 99.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Methionine aminopeptidase 2 / MetAP 2 / Initiation factor 2-associated 67 kDa glycoprotein / p67eIF2 / Peptidase M


分子量: 41510.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METAP2, MNPEP, P67EIF2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P50579, methionyl aminopeptidase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-QV5 / 5-chloranyl-6-fluoranyl-3-(4-piperazin-1-yl-2-propan-2-yloxy-phenyl)-1~{H}-indole-2-carboxamide


分子量: 430.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24ClFN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 200mM potassium phosphate pH 7.4, 100mM MnCl2, 5mM dithiothreitol (DTT) and 25-50% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→31.67 Å / Num. all: 24256 / Num. obs: 24256 / % possible obs: 97.94 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 23.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2447 / Rpim(I) all: 0.248 / Rrim(I) all: 0.539 / % possible all: 99.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OAZ

2oaz


解像度: 2.15→31.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.216 / SU Rfree Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 1237 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.162 24256 98 %-
原子変位パラメータBiso max: 122.31 Å2 / Biso mean: 31.58 Å2 / Biso min: 12.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.7701 Å20 Å20 Å2
2--8.405 Å20 Å2
3---4.3651 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→31.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2868 0 67 358 3293
Biso mean--57.02 42.75 -
残基数----365
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1049SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes78HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes432HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3012HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion393SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3915SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3012HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4094HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.26
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 160 5.36 %
Rwork0.1762 2824 -
all0.1777 2984 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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