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- PDB-7a0v: Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a0v
タイトルCrystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 in complex with a nanobody
要素
  • Nanobody 13015
  • Synaptojanin-1
キーワードHYDROLASE / Inositol polyphosphate 5-phosphatase / Phosphoinositide / Parkinson's disease / Epilepsy
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endosome organization / phosphatidylinositol phosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol phosphate 4-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / clathrin coat of coated pit ...positive regulation of endosome organization / phosphatidylinositol phosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-4-phosphate phosphatase activity / phosphatidylinositol phosphate 4-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 3-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol-3-phosphate phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol phosphate metabolic process / clathrin coat of coated pit / synaptic vesicle uncoating / inositol-1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase activity / phosphoinositide 5-phosphatase / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 5-phosphatase activity / phosphatidylinositol metabolic process / membrane coat / phosphatidylinositol dephosphorylation / membrane organization / vesicle membrane / phosphatidylinositol biosynthetic process / neurotransmitter transport / synaptic vesicle priming / synaptic vesicle transport / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / synaptic vesicle endocytosis / learning / synaptic membrane / terminal bouton / SH3 domain binding / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synaptojanin-1, RNA recognition motif / Synaptojanin-1/2, RNA recognition motif / Domain of unknown function (DUF1866) / DUF1866 / SAC domain / SacI homology domain / Sac phosphatase domain profile. / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues ...Synaptojanin-1, RNA recognition motif / Synaptojanin-1/2, RNA recognition motif / Domain of unknown function (DUF1866) / DUF1866 / SAC domain / SacI homology domain / Sac phosphatase domain profile. / : / Inositol polyphosphate-related phosphatase / Inositol polyphosphate phosphatase, catalytic domain homologues / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Synaptojanin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Paesmans, J. / Galicia, C. / Martin, E. / Versees, W.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0D3317N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)1S04918N ベルギー
Research Foundation - Flanders (FWO)1S09120N ベルギー
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: A structure of substrate-bound Synaptojanin1 provides new insights in its mechanism and the effect of disease mutations.
著者: Paesmans, J. / Martin, E. / Deckers, B. / Berghmans, M. / Sethi, R. / Loeys, Y. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Verstreken, P. / Galicia, C. / Versees, W.
履歴
登録2020年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptojanin-1
B: Nanobody 13015
C: Synaptojanin-1
D: Nanobody 13015
E: Synaptojanin-1
F: Nanobody 13015
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,00516
ポリマ－163,2796
非ポリマー72610
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The complex was purified via gel filtration.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10800 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area52450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.874, 108.793, 100.974
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 120.718, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1141-

HOH

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要素

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タンパク質 / 抗体 , 2種, 6分子 ACEBDF

#1: タンパク質 Synaptojanin-1 / Synaptic inositol 1 / 4 / 5-trisphosphate 5-phosphatase 1


分子量: 39866.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNJ1, KIAA0910 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43426, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: 抗体 Nanobody 13015


分子量: 14559.901 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMESy4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6 / Variant (発現宿主): Su-

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非ポリマー , 4種, 369分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5, 10% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.980105 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980105 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.297→86.81 Å / Num. obs: 53823 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 38.08 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / Num. unique obs: 1511 / CC1/2: 0.512

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSMar 15, 2019 (BUILT 20190806)データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1i9y, 3n9v, 3mtc, 4cmn, 4nc2

1i9y

3n9v

3mtc

4cmn

4nc2


解像度: 2.3→86.81 Å / SU ML: 0.3193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.8898
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2523 2764 5.14 %
Rwork0.1964 51041 -
obs0.1992 53805 76.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→86.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10536 0 42 359 10937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001910851
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4814688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3211583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331895
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.97653886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.340.3588300.2746573X-RAY DIFFRACTION17.25
2.34-2.380.3252510.2834857X-RAY DIFFRACTION26.34
2.38-2.420.3671740.29281131X-RAY DIFFRACTION34.81
2.42-2.470.3144660.29261511X-RAY DIFFRACTION45.11
2.47-2.530.325990.28911947X-RAY DIFFRACTION58.57
2.53-2.590.35281310.27492329X-RAY DIFFRACTION70.59
2.59-2.630.35951000.2761803X-RAY DIFFRACTION79.26
2.7-2.720.3197620.2673986X-RAY DIFFRACTION89.19
2.72-2.80.36281730.26073279X-RAY DIFFRACTION98.97
2.8-2.890.32491910.24943282X-RAY DIFFRACTION100
2.89-30.2761760.24093317X-RAY DIFFRACTION100
3-3.120.27432100.22613277X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.260.28261820.22023330X-RAY DIFFRACTION99.97
3.26-3.430.25371980.20183286X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.650.24351800.17823325X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.930.21271660.17433333X-RAY DIFFRACTION99.97
3.93-4.320.20721820.1573333X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.950.18971630.14063360X-RAY DIFFRACTION99.97
4.95-6.230.21011840.17473351X-RAY DIFFRACTION100
6.23-86.810.25761460.19113431X-RAY DIFFRACTION99.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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