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- PDB-7a0q: Crystal structure of kievitone hydratase from Nectria haematococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a0q
タイトルCrystal structure of kievitone hydratase from Nectria haematococca (C2 SG)
要素CrtC domain-containing protein
キーワードLYASE / kievitone hydratase / kievitone
機能・相同性: / AttH domain / AttH-like domain superfamily / CrtC N-terminal lipocalin domain / Lipocalin-like domain / IMIDAZOLE / AttH domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pavkov-Keller, T. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Research Promotion Agency オーストリア
引用
ジャーナル: to be published
タイトル: Structural analysis and reaction mechanism of kievitone hydratase from Nectria haematococca
著者: Pavkov-Keller, T. / Steinkellner, G. / Engleder, M. / Schuermann, M. / Blasl, H. / Pichler, H. / Gruber, K.
#1: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Recombinant expression, purification and biochemical characterization of kievitone hydratase from Nectria haematococca.
著者: Engleder, M. / Horvat, M. / Emmerstorfer-Augustin, A. / Wriessnegger, T. / Gabriel, S. / Strohmeier, G. / Weber, H. / Mueller, M. / Kaluzna, I. / Mink, D. / Schuermann, M. / Pichler, H.
履歴
登録2020年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CrtC domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4786
ポリマ－38,5861
非ポリマー1,8925
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint25 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.327, 70.201, 51.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.546, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CrtC domain-containing protein


分子量: 38586.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium vanettenii 77-13-4 (菌類) / 遺伝子: NECHADRAFT_51190 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: C7ZKN4

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糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1_d6-f1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 340分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus 1-2 (0.06 M Divalents: 0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate; 0.1 M Buffer System 1: 1.0M Imidazole; MES monohydrate pH 6.5, 50% v/v Precipitant Mix 2: ...詳細: Morpheus 1-2 (0.06 M Divalents: 0.3M Magnesium chloride hexahydrate; 0.3M Calcium chloride dehydrate; 0.1 M Buffer System 1: 1.0M Imidazole; MES monohydrate pH 6.5, 50% v/v Precipitant Mix 2: 40% v/v Ethylene glycol; 20% w/v PEG 8000) protein conc. 13-28mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0396 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0396 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.41 Å / Num. obs: 63441 / % possible obs: 94.83 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 12.17
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / Rmerge(I) obs: 0.707 / Num. unique obs: 4943 / CC1/2: 0.602 / CC star: 0.867 / Rpim(I) all: 0.537 / Rrim(I) all: 0.894 / % possible all: 74

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5→43.41 Å / SU ML: 0.1883 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.4568
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2081 3170 5 %
Rwork0.1788 60229 -
obs0.1802 63399 94.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2566 0 125 338 3029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82613845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.37212176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.520.28411020.30661943X-RAY DIFFRACTION70.57
1.52-1.550.34471080.29842045X-RAY DIFFRACTION75.41
1.55-1.570.32281150.27232175X-RAY DIFFRACTION79.51
1.57-1.60.31191230.26172336X-RAY DIFFRACTION83.38
1.6-1.630.3211250.25012384X-RAY DIFFRACTION87.91
1.63-1.660.26481400.24752658X-RAY DIFFRACTION95.85
1.66-1.690.28971440.24382732X-RAY DIFFRACTION99.58
1.69-1.730.27731430.24112707X-RAY DIFFRACTION99.51
1.73-1.770.26081450.22542761X-RAY DIFFRACTION99.49
1.77-1.810.24941430.19852732X-RAY DIFFRACTION99.48
1.81-1.860.2261440.19012733X-RAY DIFFRACTION99.31
1.86-1.920.23411430.18952731X-RAY DIFFRACTION99.48
1.92-1.980.21121440.18112741X-RAY DIFFRACTION99.48
1.98-2.050.2191470.17692789X-RAY DIFFRACTION99.46
2.05-2.130.20321430.17182721X-RAY DIFFRACTION99.51
2.13-2.230.17451460.17622764X-RAY DIFFRACTION99.73
2.23-2.350.1671440.17662739X-RAY DIFFRACTION99.76
2.35-2.50.23281450.18242751X-RAY DIFFRACTION99.31
2.5-2.690.20431450.17842762X-RAY DIFFRACTION99.22
2.69-2.960.18641440.17672732X-RAY DIFFRACTION99.24
2.96-3.390.2191460.16472763X-RAY DIFFRACTION99.15
3.39-4.270.1721430.14852719X-RAY DIFFRACTION97.98
4.27-43.410.18511480.15612811X-RAY DIFFRACTION98.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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