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- PDB-7a02: Bacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7a02
タイトルBacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-linked pili
要素DUF3992 domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Pilli / Endospore / Gram-Positive / Helical reconstruction / Disulphide bridge
機能・相同性Endospore appendages core / Endospore appendages / DUF3992 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pradhan, B. / Liedtke, J. / Sleutel, M. / Lindback, T. / Llarena, A.K. / Brynildsrud, O. / Aspholm, M. / Remaut, H.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
引用
ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: Endospore Appendages: a novel pilus superfamily from the endospores of pathogenic Bacilli.
著者: Brajabandhu Pradhan / Janine Liedtke / Mike Sleutel / Toril Lindbäck / Ephrem Debebe Zegeye / Kristin O Sullivan / Ann-Katrin Llarena / Ola Brynildsrud / Marina Aspholm / Han Remaut /
要旨: Bacillus cereus sensu lato is a group of Gram-positive endospore-forming bacteria with high ecological diversity. Their endospores are decorated with micrometer-long appendages of unknown identity ...Bacillus cereus sensu lato is a group of Gram-positive endospore-forming bacteria with high ecological diversity. Their endospores are decorated with micrometer-long appendages of unknown identity and function. Here, we isolate endospore appendages (Enas) from the food poisoning outbreak strain B. cereus NVH 0075-95 and find proteinaceous fibers of two main morphologies: S- and L-Ena. By using cryoEM and 3D helical reconstruction of S-Enas, we show these to represent a novel class of Gram-positive pili. S-Enas consist of single domain subunits with jellyroll topology that are laterally stacked by β-sheet augmentation. S-Enas are longitudinally stabilized by disulfide bonding through N-terminal connector peptides that bridge the helical turns. Together, this results in flexible pili that are highly resistant to heat, drought, and chemical damage. Phylogenomic analysis reveals a ubiquitous presence of the ena-gene cluster in the B. cereus group, which include species of clinical, environmental, and food importance. We propose Enas to represent a new class of pili specifically adapted to the harsh conditions encountered by bacterial spores.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Bacillus endospore appendages form a novel family of disulfide-linked pili
著者: Pradhan, B. / Liedtke, J. / Sleutel, M. / Lindback, T. / Llarena, A.K. / Brynildsrud, O. / Aspholm, M. / Remaut, H.
履歴
登録2020年8月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11591
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11591
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF3992 domain-containing protein
B: DUF3992 domain-containing protein
C: DUF3992 domain-containing protein
D: DUF3992 domain-containing protein
E: DUF3992 domain-containing protein
F: DUF3992 domain-containing protein
G: DUF3992 domain-containing protein
H: DUF3992 domain-containing protein
I: DUF3992 domain-containing protein
J: DUF3992 domain-containing protein
K: DUF3992 domain-containing protein
L: DUF3992 domain-containing protein
M: DUF3992 domain-containing protein
N: DUF3992 domain-containing protein
O: DUF3992 domain-containing protein
P: DUF3992 domain-containing protein
Q: DUF3992 domain-containing protein
R: DUF3992 domain-containing protein
S: DUF3992 domain-containing protein
T: DUF3992 domain-containing protein
U: DUF3992 domain-containing protein
V: DUF3992 domain-containing protein
W: DUF3992 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,74223
ポリマ－279,74223
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
DUF3992 domain-containing protein


分子量: 12162.675 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア)
遺伝子: B1995_14460, B2J90_04405, BACERE00183_02460, CNQ78_18995
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Y6A695
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ena1B / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: In vitro assembled Bacillus endospore appendage comprising the subunit Ena1B
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus cereus (バクテリア) / 株: NVH 0075-95 / Organelle: endospore appendage
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET28a
緩衝液pH: 7
緩衝液成分式: H2O
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 60000 X / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3500 nm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER
撮影電子線照射量: 64.66 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3000

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.2CTF補正
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: 3.43721 ° / 軸方向距離/サブユニット: 32.3504 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 100495
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65466 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 27.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00818952
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69425898
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.2072737
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0523335
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0023197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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