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- PDB-6zzx: Structure of low-light grown Chlorella ohadii Photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zzx
タイトルStructure of low-light grown Chlorella ohadii Photosystem I
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 6
  • (Photosystem I ...) x 13
  • Glutathione reductase
  • Lhca4
  • Lhca7
  • PSI-F
キーワードPHOTOSYNTHESIS / photosystem I / light stress
機能・相同性
機能・相同性情報


malate transport / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II ...malate transport / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / chlorophyll binding / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / response to light stimulus / photosynthesis / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / chloroplast / monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / cytoskeleton / protein kinase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3067 / Domain of unknown function (DUF3067) / Aluminum-activated malate transporter / Aluminium activated malate transporter / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic ...Protein of unknown function DUF3067 / Domain of unknown function (DUF3067) / Aluminum-activated malate transporter / Aluminium activated malate transporter / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / : / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / : / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Electron transport accessory-like domain superfamily / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / Acetyltransferase (GNAT) family / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / 4Fe-4S dicluster domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Leucine-rich repeat domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
benzene-1,3,5-triol / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Tripalmitoylglycerol / ASTAXANTHIN / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) ...benzene-1,3,5-triol / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / Tripalmitoylglycerol / ASTAXANTHIN / BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / beta,beta-caroten-4-one / Chem-LAP / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LPX / Chem-LUT / Chem-NEX / OLEIC ACID / Chem-P5S / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITIC ACID / PHYLLOQUINONE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-QTB / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / IRON/SULFUR CLUSTER / SPHINGOSINE / Chem-SQD / Chem-XAT / PSI subunit V / Photosystem I subunit O / Photosystem I reaction center subunit chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Glutathione reductase / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like / Photosystem I reaction center subunit III / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-G / PSI-K / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorella ohadii (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Caspy, I. / Nelson, N. / Nechushtai, R. / Neumann, E. / Shkolnisky, Y.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation569/17 イスラエル
German-Israeli Foundation for Research and DevelopmentG-1483-207/2018 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM photosystem I structure reveals adaptation mechanisms to extreme high light in Chlorella ohadii.
著者: Ido Caspy / Ehud Neumann / Maria Fadeeva / Varda Liveanu / Anton Savitsky / Anna Frank / Yael Levi Kalisman / Yoel Shkolnisky / Omer Murik / Haim Treves / Volker Hartmann / Marc M Nowaczyk / ...著者: Ido Caspy / Ehud Neumann / Maria Fadeeva / Varda Liveanu / Anton Savitsky / Anna Frank / Yael Levi Kalisman / Yoel Shkolnisky / Omer Murik / Haim Treves / Volker Hartmann / Marc M Nowaczyk / Wolfgang Schuhmann / Matthias Rögner / Itamar Willner / Aaron Kaplan / Gadi Schuster / Nathan Nelson / Wolfgang Lubitz / Rachel Nechushtai /
要旨: Photosynthesis in deserts is challenging since it requires fast adaptation to rapid night-to-day changes, that is, from dawn's low light (LL) to extreme high light (HL) intensities during the daytime. ...Photosynthesis in deserts is challenging since it requires fast adaptation to rapid night-to-day changes, that is, from dawn's low light (LL) to extreme high light (HL) intensities during the daytime. To understand these adaptation mechanisms, we purified photosystem I (PSI) from Chlorella ohadii, a green alga that was isolated from a desert soil crust, and identified the essential functional and structural changes that enable the photosystem to perform photosynthesis under extreme high light conditions. The cryo-electron microscopy structures of PSI from cells grown under low light (PSI) and high light (PSI), obtained at 2.70 and 2.71 Å, respectively, show that part of light-harvesting antenna complex I (LHCI) and the core complex subunit (PsaO) are eliminated from PSI to minimize the photodamage. An additional change is in the pigment composition and their number in LHCI; about 50% of chlorophyll b is replaced by chlorophyll a. This leads to higher electron transfer rates in PSI and might enable C. ohadii PSI to act as a natural photosynthesiser in photobiocatalytic systems. PSI or PSI were attached to an electrode and their induced photocurrent was determined. To obtain photocurrents comparable with PSI, 25 times the amount of PSI was required, demonstrating the high efficiency of PSI. Hence, we suggest that C. ohadii PSI is an ideal candidate for the design of desert artificial photobiocatalytic systems.
履歴
登録2020年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11588
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: PSI-F
G: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic
H: Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
O: Photosystem I subunit O
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
a: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Glutathione reductase
4: Lhca4
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
7: Lhca7
8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
9: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)827,344427
ポリマ－511,63224
非ポリマー315,712403
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem I ... , 13種, 13分子 ABCDEGHJKLMIO

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PSI-A / PsaA


分子量: 82125.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SY74, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PSI-B / PsaB


分子量: 81544.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SUA3, photosystem I
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8723.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SKM2, photosystem I
#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit chloroplastic


分子量: 15958.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TKF8
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7194.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6U4S6
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit chloroplastic


分子量: 10326.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TZI8
#8: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like


分子量: 10319.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TPU7
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / PSI-J


分子量: 4475.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SUD1
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit chloroplastic


分子量: 8725.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6U0J1
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI


分子量: 16501.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TC44
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3376.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SU98
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / PSI-I


分子量: 3856.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: W8SIP9
#14: タンパク質 Photosystem I subunit O


分子量: 9547.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6THB2

-
タンパク質 , 4種, 4分子 F347

#6: タンパク質 PSI-F


分子量: 18069.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TPV8
#16: タンパク質 Glutathione reductase


分子量: 26163.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TMT4
#17: タンパク質 Lhca4


分子量: 23010.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)
#20: タンパク質 Lhca7


分子量: 24016.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物)

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 6種, 7分子 1a56829

#15: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 19933.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TT36
#18: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 25371.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6U4K1
#19: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 25316.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TPR7
#21: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23612.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TZ50
#22: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 23618.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TMX4
#23: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 19911.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorella ohadii (植物) / 参照: UniProt: A0A2P6TMI2

-
糖 , 2種, 8分子

#35: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#36: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

+
非ポリマー , 29種, 494分子

#24: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#25: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#26: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#27: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#28: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#29: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#30: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#31: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#32: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#33: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#34: 化合物 ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#37: 化合物
ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#38: 化合物 ChemComp-LPX / (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル


分子量: 453.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44NO7P
#39: 化合物 ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#40: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#41: 化合物
ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#42: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#43: 化合物...
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#44: 化合物 ChemComp-AXT / ASTAXANTHIN / 3,3'-DIHYDROXY-BETA,BETA-CAROTENE-4,4'-DIONE / アスタキサンチン


分子量: 596.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O4
#45: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#46: 化合物 ChemComp-QTB / (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl]octa-3,5,7-trien-2-one


分子量: 260.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H28O
#47: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#48: 化合物
ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#49: 化合物 ChemComp-13X / benzene-1,3,5-triol / Phloroglucinol / フロログルシノ-ル


分子量: 126.110 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O3
#50: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#51: 化合物 ChemComp-4RF / Tripalmitoylglycerol / propane-1,2,3-triyl trihexadecanoate / トリパルミチン


分子量: 807.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C51H98O6
#52: 化合物 ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO10P
#53: 化合物 ChemComp-LAP / [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETHYL]-TRIMETHYLAMMONIUM / L-ALFA-LYSOPHOSPHATIDYLCHOLINE, LAUROYL


分子量: 440.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H43NO7P
#54: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#23 / 由来: NATURAL
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlorella ohadii (植物)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 49.05 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 4926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_3951精密化
PHENIXdev_3951精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
4CTFFIND4.1.13CTF補正
7PHENIXモデルフィッティングphenix.dock_in_map
9RELION3.0.7初期オイラー角割当
10RELION3.0.7最終オイラー角割当
11RELION3.0.7分類
12RELION3.0.7３次元再構成
13PHENIXモデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 553691
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 185138 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 74.16 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6IJO

6ijo


Accession code: 6IJO / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 30.18 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005559414
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.842983542
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.10196993
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.007516429
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d26.730616746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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