PDB-6zzb: Crystal structure of the Eimeria tenella surface antigen protein SAG19

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zzb

タイトル

Crystal structure of the Eimeria tenella surface antigen protein SAG19

要素

SAG family member (Sag19)

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Apicomplexa / Eimeria tenella / CAP proteins / SAG19

機能・相同性

SAG family member (Sag19)

機能・相同性情報

生物種

Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.322 Å

データ登録者

Dix, S.R. / Rice, D.W.

資金援助

マレーシア,

英国, 2件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: The structure of a major surface antigen SAG19 from Eimeria tenella unifies the Eimeria SAG family.
著者: Ramly, N.Z. / Dix, S.R. / Ruzheinikov, S.N. / Sedelnikova, S.E. / Baker, P.J. / Chow, Y.P. / Tomley, F.M. / Blake, D.P. / Wan, K.L. / Nathan, S. / Rice, D.W.

履歴

登録	2020年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6zzb.cif.gz	87.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6zzb.ent.gz	67.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6zzb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6zzb_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6zzb_full_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示
XML形式データ	6zzb_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	6zzb_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/6zzb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6pj8-d 7as2-d 3tfg-1 6pj5-d 3r6p-d 4es5-2 3tff-2 3tfg-2 3tff-1 3tfd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAG family member (Sag19)

ヘテロ分子

26.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.120, 108.120, 37.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	SAG family member (Sag19) / Surface antigen 19 分子量: 26090.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eimeria tenella (鶏盲腸コクシジウム) 遺伝子: sag19, ETH_00041510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta game 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q70CD0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3.15 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate buffer pH 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→23.411 Å / Num. obs: 49236 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.036 / R_pim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.32→1.34 Å / R_merge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2869 / CC_1/2: 0.535 / R_pim(I) all: 0.484

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.322→23.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 0.848 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.049 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1876	2494	5.065 %
R_work	0.1652	46742	-
all	0.166	-	-
obs	-	49236	96.731 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.507 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.071 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.071 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.141 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.322→23.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1431	0	10	259	1700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.596	1.649	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.529	1.576	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.672	5	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.587	26.032	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.338	15	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.563	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	644
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.084	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.16	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.59	1.572	764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.588	1.568	763
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.458	2.347	953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.457	2.352	954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.501	1.879	729
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.475	1.858	722
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.83	2.715	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.803	2.679	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.236	21.823	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.837	20.555	1692

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.322-1.357	0.273	154	0.287	2714	X-RAY DIFFRACTION	76.3172
1.357-1.394	0.317	158	0.274	3021	X-RAY DIFFRACTION	87.4312
1.394-1.434	0.242	183	0.235	3205	X-RAY DIFFRACTION	95.7333
1.434-1.478	0.237	159	0.227	3248	X-RAY DIFFRACTION	99.7365
1.478-1.527	0.225	155	0.197	3200	X-RAY DIFFRACTION	99.9107
1.527-1.58	0.23	174	0.187	3058	X-RAY DIFFRACTION	99.9073
1.58-1.64	0.199	146	0.177	2967	X-RAY DIFFRACTION	99.9679
1.64-1.707	0.197	138	0.181	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.707-1.783	0.182	141	0.171	2751	X-RAY DIFFRACTION	99.9654
1.783-1.87	0.178	124	0.164	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.971	0.174	147	0.165	2492	X-RAY DIFFRACTION	100
1.971-2.09	0.196	130	0.163	2340	X-RAY DIFFRACTION	99.9595
2.09-2.234	0.16	119	0.151	2211	X-RAY DIFFRACTION	99.9142
2.234-2.413	0.177	114	0.144	2047	X-RAY DIFFRACTION	99.8614
2.413-2.643	0.149	93	0.139	1954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.643-2.955	0.158	96	0.145	1709	X-RAY DIFFRACTION	99.8341
2.955-3.411	0.154	91	0.145	1540	X-RAY DIFFRACTION	99.9387
3.411-4.176	0.187	78	0.138	1290	X-RAY DIFFRACTION	99.0587
4.176-5.896	0.188	64	0.154	986	X-RAY DIFFRACTION	97.8565

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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