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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zza | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CbpB in complex with c-di-AMP | ||||||
![]() | CBS domain-containing protein | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / CBS / c-di-AMP | ||||||
機能・相同性 | CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Chem-2BA / CBS domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mechaly, A.E. / Covaleda-Cortes, G. / Kaminski, P.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CbpB in complex with c-di-AMP 著者: Mechaly, A.E. / Covaleda-Cortes, G. / Kaminski, P.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6zz9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19848.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ykuL, C6N06_01440, D5F95_08070, DX05_08405, E8E04_03435, F5F86_02645, NCTC9828_00932, WA02_02795, WA05_04310 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-2BA / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 20% w/v PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.491→31.05 Å / Num. obs: 6110 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1012 / Rpim(I) all: 0.04755 / Rrim(I) all: 0.1124 / Net I/σ(I): 9.79 |
反射 シェル | 解像度: 2.491→2.58 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6201 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 578 / CC1/2: 0.798 / CC star: 0.942 / Rpim(I) all: 0.2914 / Rrim(I) all: 0.6887 / % possible all: 93.21 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6ZZ9 解像度: 2.491→31.05 Å / 交差検証法: THROUGHOUT 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 67.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.491→31.05 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.491→2.78 Å
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