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- PDB-6zza: Crystal structure of CbpB in complex with c-di-AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zza
タイトルCrystal structure of CbpB in complex with c-di-AMP
要素CBS domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / CBS / c-di-AMP
機能・相同性: / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Chem-2BA / Cyclic-di-AMP-binding protein CbpB
機能・相同性情報
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.491 Å
データ登録者Mechaly, A.E. / Covaleda-Cortes, G. / Kaminski, P.A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: The c-di-AMP-binding protein CbpB modulates the level of ppGpp alarmone in Streptococcus agalactiae.
著者: Covaleda-Cortes, G. / Mechaly, A. / Brissac, T. / Baehre, H. / Devaux, L. / England, P. / Raynal, B. / Hoos, S. / Gominet, M. / Firon, A. / Trieu-Cuot, P. / Kaminski, P.A.
履歴
登録2020年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22025年8月13日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBS domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6033
ポリマ－19,8491
非ポリマー7542
水86548
1
A: CBS domain-containing protein
ヘテロ分子

A: CBS domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2066
ポリマ－39,6972
非ポリマー1,5094
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area2700 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.830, 93.830, 33.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 CBS domain-containing protein / FIG042801: CBS domain containing protein


分子量: 19848.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
遺伝子: ykuL, C6N06_01440, D5F95_08070, DX05_08405, E8E04_03435, F5F86_02645, NCTC9828_00932, WA02_02795, WA05_04310
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076YWK5
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 200 mM ammonium sulfate, 20% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.491→31.05 Å / Num. obs: 6110 / % possible obs: 99.12 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1012 / Rpim(I) all: 0.04755 / Rrim(I) all: 0.1124 / Net I/σ(I): 9.79
反射 シェル解像度: 2.491→2.58 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6201 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 578 / CC1/2: 0.798 / CC star: 0.942 / Rpim(I) all: 0.2914 / Rrim(I) all: 0.6887 / % possible all: 93.21

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZZ9

6zz9


解像度: 2.491→31.05 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 --
Rwork0.186 --
obs0.189 6101 99.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 67.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.491→31.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1191 0 49 48 1288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01411269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.74961733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1015205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6535484
LS精密化 シェル解像度: 2.491→2.78 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3037 --
Rwork0.2115 1685 -
obs--96.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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