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- PDB-6zy3: Cryo-EM structure of MlaFEDB in complex with phospholipid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zy3
タイトルCryo-EM structure of MlaFEDB in complex with phospholipid
要素
  • ABC transporter maintaining OM lipid asymmetry, cytoplasmic STAS component
  • Toluene tolerance protein Ttg2A
  • Uncharacterized protein
  • YrbD protein
キーワードLIPID TRANSPORT / phospholipid / phospholipid transport / ABC transporter / MlaFEDB / MlaFE / MlaD / MlaE / MlaF / MlaB / outer membrane / Mla transport pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transfer activity / intermembrane phospholipid transfer / phospholipid-translocating ATPase complex / phospholipid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / response to antibiotic / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain profile. / STAS domain ...: / Probable phospholipid ABC transporter-binding protein MlaD / ABC transport permease subunit MlaE, Proteobacteria / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / STAS domain / Mce/MlaD / MlaD protein / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / YrbD protein / Intermembrane phospholipid transport system permease protein MlaE / Intermembrane phospholipid transport system binding protein MlaB / Toluene tolerance protein Ttg2A / Anti-sigma factor antagonist
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli B185 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli 909945-2 (大腸菌)
Escherichia coli 2.3916 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Dong, C.J. / Dong, H.H.
資金援助 中国, 英国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)2017YFA0504803, 2018YFA0507700, 2017YFC0840100, 2017YFC00840101,31900039,81971974 中国
Wellcome TrustWT106121MA 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural insights into outer membrane asymmetry maintenance in Gram-negative bacteria by MlaFEDB.
著者: Xiaodi Tang / Shenghai Chang / Wen Qiao / Qinghua Luo / Yuejia Chen / Zhiying Jia / James Coleman / Ke Zhang / Ting Wang / Zhibo Zhang / Changbin Zhang / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / ...著者: Xiaodi Tang / Shenghai Chang / Wen Qiao / Qinghua Luo / Yuejia Chen / Zhiying Jia / James Coleman / Ke Zhang / Ting Wang / Zhibo Zhang / Changbin Zhang / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Xing Zhang / Haohao Dong /
要旨: The highly asymmetric outer membrane of Gram-negative bacteria functions in the defense against cytotoxic substances, such as antibiotics. The Mla pathway maintains outer membrane lipid asymmetry by ...The highly asymmetric outer membrane of Gram-negative bacteria functions in the defense against cytotoxic substances, such as antibiotics. The Mla pathway maintains outer membrane lipid asymmetry by transporting phospholipids between the inner and outer membranes. It comprises six Mla proteins, MlaFEDBCA, including the ABC transporter MlaFEDB, which functions via an unknown mechanism. Here we determine cryo-EM structures of Escherichia coli MlaFEDB in an apo state and bound to phospholipid, ADP or AMP-PNP to a resolution of 3.3-4.1 Å and establish a proteoliposome-based transport system that includes MlaFEDB, MlaC and MlaA-OmpF to monitor the transport direction of phospholipids. In vitro transport assays and in vivo membrane permeability assays combined with mutagenesis identify functional residues that not only recognize and transport phospholipids but also regulate the activity and structural stability of the MlaFEDB complex. Our results provide mechanistic insights into the Mla pathway, which could aid antimicrobial drug development.
履歴
登録2020年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02024年5月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11548
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YrbD protein
D: YrbD protein
I: YrbD protein
J: YrbD protein
K: YrbD protein
L: YrbD protein
B: ABC transporter maintaining OM lipid asymmetry, cytoplasmic STAS component
C: ABC transporter maintaining OM lipid asymmetry, cytoplasmic STAS component
F: Toluene tolerance protein Ttg2A
G: Toluene tolerance protein Ttg2A
E: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,92213
ポリマ－255,17812
非ポリマー7441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area37940 Å2
ΔGint-320 kcal/mol
Surface area96010 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
YrbD protein


分子量: 19593.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli B185 (大腸菌) / 遺伝子: ECDG_03382 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6IEA5
#2: タンパク質 ABC transporter maintaining OM lipid asymmetry, cytoplasmic STAS component / Lipid asymmetry maintenance protein MlaB / Phospholipid ABC transporter substrate-binding protein / ...Lipid asymmetry maintenance protein MlaB / Phospholipid ABC transporter substrate-binding protein / Phospholipid ABC transporter-binding protein / Putative anti-sigma factor antagonist / Putative phospholipid ABC transporter-binding protein MlaB


分子量: 11795.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: mlaB, yrbB, A6581_13415, A6592_14225, A6V01_00625, A8C65_02170, A9P13_02945, A9R57_12600, A9X72_02835, AC067_23675, ACN002_3282, ACN68_12355, ACN81_18445, ACU57_14445, ACU90_11565, AM270_ ...遺伝子: mlaB, yrbB, A6581_13415, A6592_14225, A6V01_00625, A8C65_02170, A9P13_02945, A9R57_12600, A9X72_02835, AC067_23675, ACN002_3282, ACN68_12355, ACN81_18445, ACU57_14445, ACU90_11565, AM270_15510, AM446_04320, AM464_08585, AMK83_06340, AML07_19340, APT94_23200, APZ14_04295, ARC77_12405, AU473_05735, AUQ13_03075, AUS26_18260, AW106_13275, AWB10_02850, AWG90_020620, AWP75_14100, B9M99_10250, B9T59_16250, BANRA_01811, BANRA_03804, BANRA_03999, BANRA_04207, BB545_09780, BE963_06830, BER14_09135, BHJ80_21985, BHS81_19200, BHS87_17970, BIQ87_18040, BIU72_05405, BJJ90_02770, BK292_10220, BK296_13050, BK373_10175, BK375_18740, BK383_15965, BMA87_01295, BMT49_25595, BMT91_11610, BOH76_04915, BON63_14235, BON66_12205, BON69_26555, BON71_25170, BON72_13935, BON75_23145, BON76_05525, BON83_09240, BON86_01565, BON87_18195, BON92_11035, BON94_12335, BON95_22020, BON96_06355, BTQ04_16475, BTQ06_11870, BUE81_19690, BvCms2454_04822, BvCms28BK_03527, BvCms35BK_01543, BvCmsHHP001_01202, BvCmsHHP019_05314, BvCmsKKP061_00888, BvCmsKSNP073_02163, BvCmsKSNP081_00287, BvCmsKSP011_02050, BvCmsKSP024_00283, BvCmsKSP026_00502, BvCmsKSP045_01650, BvCmsKSP067_01464, BvCmsNSNP036_02151, BvCmsNSP006_04640, BvCmsNSP047_04118, BvCmsNSP072_03187, BvCmsOUP014_03632, BvCmsSINP011_04458, BvCmsSIP019_00407, BvCmsSIP044_00137, BVL39_10130, BW690_19360, BWI89_22070, BWP17_10155, BXT93_02550, BZL31_05925, BZL69_07715, C2M16_04215, C5715_22795, C5N07_18070, C5P01_18835, C6669_12020, C7235_03225, C7B02_15875, C7B08_03565, C7B18_13830, C9098_07790, C9114_15455, C9141_00390, C9160_02340, C9162_04110, C9201_13875, C9306_00415, C9E25_11270, C9E67_03375, C9Z03_07490, C9Z28_00385, C9Z29_07190, C9Z37_14660, C9Z39_14275, C9Z43_00380, C9Z68_06245, C9Z69_11175, C9Z70_06765, C9Z78_03315, C9Z89_09065, CA593_10345, CDL37_12215, CF006_16665, CG692_07300, CI641_009255, CI693_03675, CI694_20835, CIG45_16045, CJU63_19140, CJU64_19020, CMR93_08835, CO706_14630, COD30_12915, COD46_10760, CQP61_03650, CR538_03070, CR539_21250, CRD98_04715, CRE06_06830, CRM83_23500, CRX46_03745, CVH05_10780, CWM24_22870, CWS33_08375, D0X26_09090, D2184_10505, D2185_00445, D2188_02580, D3821_08325, D3822_14575, D3O91_07625, D3P01_09160, D3Y67_18290, D4011_13725, D4074_02435, D4628_02655, D4636_02890, D4638_00790, D4660_02830, D4718_09085, D4L91_11950, D4M06_11225, D4U85_14330, D5H35_09780, D5I97_10670, D6004_08125, D6C36_14160, D6D43_15510, D6T60_15390, D6T98_02410, D6W00_14015, D6X36_05360, D6X63_01430, D6X76_04335, D7K33_12855, D7K63_12220, D7K66_04495, D7W70_15855, D7Z75_02945, D8Y65_13475, D9610_07810, D9C99_05120, D9D20_06275, D9D31_14515, D9D43_03615, D9D44_04410, D9E19_10400, D9E34_11740, D9E49_09595, D9F17_07200, D9F32_01240, D9F87_05870, D9G29_07025, D9G48_11290, D9G69_01100, D9G95_17085, D9H53_01195, D9H68_07560, D9I18_07175, D9I88_07240, D9J03_05150, D9J11_01130, D9J44_07850, D9J52_07915, D9J58_06110, D9J60_11185, D9J63_16910, D9J78_05130, D9K02_06080, D9K48_12255, D9L89_05370, D9S45_00255, D9X77_02330, D9X97_03120, D9Z28_03370, DAH18_20610, DAH26_17315, DAH30_12875, DAH32_13975, DAH34_01980, DAH37_04255, DAH43_16780, DBQ99_04040, DD762_13125, DEN86_08060, DEN89_09405, DEN97_16135, DEO04_19605, DEO19_06430, DIV22_02975, DJ503_19040, DK132_07375, DL257_05650, DL292_05795, DL326_06060, DL455_12700, DL479_06590, DL530_10055, DL705_01300, DL800_23275, DLT82_02655, DLU50_08550, DLU67_08375, DLU82_10330, DLW60_07490, DLW88_04795, DLY41_08155, DM102_15165, DM155_07645, DM267_03265, DM280_09055, DM296_04835, DM382_07360, DM820_04625, DM962_02640, DM973_04650, DMI04_04270, DMI53_12715, DMO02_15405, DMY83_09920, DN660_01330, DN700_04595, DN703_01080, DN808_01890, DNB37_13705, DNC98_07160, DND16_06535, DND79_01330, DNI21_03635, DNJ62_12070, DNK12_02835, DNQ45_01620, DNW42_05405, DNX19_05580, DNX30_11365, DOE35_12610, DOS18_13030, DOT81_04255, DOU81_12375, DOY22_14085, DOY56_12245, DOY61_04695, DOY67_01285, DP265_06555, DP277_10105, DQE83_16545, DQE91_01265, DQF36_08635, DQF57_03615, DQF71_07160, DQF72_06460, DQG35_02830, DQO13_01295, DQP61_01770, DRP48_13910, DRW19_01295, DS143_06770, DS721_11090, DS732_23695, DT034_01270, DTL43_04295, DTM10_06985, DTM45_14510, DTZ20_12090, DU309_11135, DU321_08670, DVB38_07395, DXT69_05520, DXT71_00440, DXX80_009590, E0I42_14340, E0K84_17700, E0L12_03915, E2119_05870, E2127_02575, E2128_02495, E2129_05760, E2134_15595, E2135_08080, E2855_04145, E2863_03970, E4K55_06660, E4K61_09280, E5P22_07075, E5P28_12910, E5P37_13135, E5S42_17100, E5S46_15725, E5S47_16890, E5S58_02935, E5S61_19420, EA214_08600, EA223_04825, EA225_07080, EA233_06175, EAI42_05495, EAI52_09890, EAM59_01020, EAN70_10745, EAX79_13230, EB476_09250, EB509_07200, EB510_12405, EB515_07025, EBA84_05830, EBJ06_06135, EBM08_05455, EC1094V2_454, EC3234A_53c00700, EC3426_04342, EC95NR1_02575, ECTO6_00563, ED225_04270, ED307_11785, ED600_09400, ED607_10425, ED611_04280, ED903_04655, ED944_07260, EEA45_06940, EEP23_06300, EF082_03990, EF173_17005, EG075_10110, EG599_06165, EG796_01190, EG808_04845, EGC26_04915, EGU87_04215, EH186_08760, EH412_00995, EHD45_17860, EHD63_05275, EHD79_13055, EHJ36_00995, EHJ66_06090, EHV81_00555, EHV90_06170, EHW09_05600, EHX09_11795, EI021_04065, EI028_15050, EI032_12380, EI041_02000, EIZ86_06785, EIZ93_11790, EJ366_25995, EJC75_15225, EKI52_18235, EL75_0496, EL79_0518, EL80_0509, ELT20_05045, ELU85_06925, ELV05_02275, ELV08_02985, ELV15_01830, ELV28_06345, EPT01_00415, EQ820_11545, EQ823_05050, EQ830_04520, ERL57_13435, ERS085365_00538, ERS085366_00551, ERS085374_01930, ERS085379_00371, ERS085383_00695, ERS085404_02185, ERS085406_02933, ERS085416_00356, ERS139211_02331, ERS150873_02331, ERS150876_01029, EST51_02745, EVY14_07725, EXM29_19995, ExPECSC019_00712, ExPECSC038_02702, EXX71_13400, EXX78_16730, EYD11_02645, EYX82_02455, EYY34_10615, F1E19_20375, F7F00_12170, F7F11_09035, F7F18_01205, F7F23_11445, F7F26_00405, F7F29_05115, F7G01_13980, F7G03_16150, F9Z74_11630, FAF34_018885, FE846_13735, FKO60_06240, FNJ69_14865, FNJ83_20565, FORC82_0569, FQ022_08190, FQ915_12490, FQR64_03035, FQZ46_16130, FTV92_21230, FV293_08375, FVB16_04440, FWK02_19645, FY127_07380, FZ043_22035, GHR40_07595, GII67_12750, GIY13_09305, GIY19_08335, GJ11_20810, GJD97_02885, GKE15_04665, GKE22_12205, GKE24_04655, GKE26_04130, GKE29_02675, GKE31_04620, GKE39_10535, GKE46_11210, GKE58_04575, GKE60_04100, GKE64_10535, GKE77_05005, GKE87_00910, GKE93_06185, GKF00_03235, GKF03_05520, GKF28_12045, GKF34_04640, GKF47_04635, GKF74_09220, GKF86_04260, GKF89_14375, GKG12_08325, GN312_06640, GNZ00_05080, GNZ02_01290, GNZ03_06110, GP654_17710, GP661_13045, GP664_12080, GP666_12960, GP689_13875, GP712_11385, GP935_13340, GP946_08670, GP950_18225, GQE30_02570, GQE34_13735, GQE51_04670, GQE64_09725, GQE68_06200, GQE88_20265, GQE93_14850, GQM06_05785, GQM09_11065, GQM13_09420, GQM17_12885, GQN16_09500, GRW42_15935, GRW80_12045, HmCmsJML074_04878, HmCmsJML079_04444, HmCmsJML204_02250, HMPREF3040_00351, HW43_20915, MJ49_14345, NCTC10082_02946, NCTC10090_03637, NCTC10418_00837, NCTC10764_03982, NCTC10766_02903, NCTC10865_00786, NCTC10963_00565, NCTC10974_00682, NCTC11022_03358, NCTC11341_01768, NCTC12650_00838, NCTC12950_00597, NCTC13127_00906, NCTC13216_01244, NCTC7922_03906, NCTC7927_00668, NCTC8179_06070, NCTC8500_00486, NCTC8622_00353, NCTC8960_03188, NCTC8985_05122, NCTC9007_04416, NCTC9044_01237, NCTC9050_03718, NCTC9055_02489, NCTC9062_02576, NCTC9077_00732, NCTC9111_00974, NCTC9117_00877, NCTC9701_00685, NCTC9702_00649, NCTC9703_05076, NCTC9706_02844, NCTC9777_02009, PGD_03924, RG28_21075, RK56_014610, RX35_04279, SAMEA3472043_01825, SAMEA3472047_01897, SAMEA3472055_00376, SAMEA3472070_01148, SAMEA3472080_00969, SAMEA3472090_00572, SAMEA3472110_01519, SAMEA3472112_01503, SAMEA3472114_00459, SAMEA3472147_01902, SAMEA3484427_00584, SAMEA3484429_00758, SAMEA3484434_03617, SAMEA3752372_01803, SAMEA3752553_01163, SAMEA3752557_01851, SAMEA3752559_03249, SAMEA3752620_02365, SAMEA3753064_02960, SAMEA3753164_02324, SAMEA3753290_00124, SAMEA3753300_02107, SK85_03504, UC41_09935, UN86_15380, WQ89_06640, WR15_24440, YDC107_1864
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8T4U6, UniProt: P64602*PLUS
#3: タンパク質 Toluene tolerance protein Ttg2A


分子量: 29128.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 909945-2 (大腸菌)
遺伝子: HMPREF1620_02486 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0AC37
#4: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 27885.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 2.3916 (大腸菌) / 遺伝子: EC23916_1052 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2X585
#5: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DOPE, リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1MlaFEDBCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2YrbD proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3ABC transporter maintaining OM lipid asymmetry, cytoplasmic STAS componentCOMPLEX#21RECOMBINANT
4Toluene tolerance protein Ttg2ACOMPLEX#31RECOMBINANT
5Uncharacterized proteinCOMPLEX#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli B185 (大腸菌)550676
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Escherichia coli 909945-2 (大腸菌)1269007
55Escherichia coli 2.3916 (大腸菌)869688
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
44Escherichia coli (大腸菌)562
55Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris-Cl, pH 7.8, 150 mM NaCl and 0.05% LMNG
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
120 mMTris-HCl1
2150 mMNaCl1
30.05 %LMNG1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97672 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 77 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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